Reducidos los indios a las haciendas, los encomenderos les quitaban a los hijos, mientras los padres y las madres realizaban sus faenas diarias. Las mujeres se ocupaban tambi�n en buscar hierbas y ra�ces para alimentar a sus maridos y a sus hijos, seg�n testimonio de Juan Esteban de Ballesteros, de 1712. Igualmente sol�an ser puestas a trabajar en el servicio dom�stico o haciendo tejidos.
Por la noche, cuando dejaban los arados, "el que m�s bien los trata les da dos o tres mazorcas que, desgranadas, har�n una embarrada poco m�s de ma�z". Concluidas las tareas del d�a eran encerrados en galeras, para evitar su fuga. Quienes hab�an cometido alguna falta, por leve que fuese, eran castigados con prisi�n o puestos en cepos de pies y manos, o "de pescuezo".
Otros amos imped�an el matrimonio de las indias a su servicio y atemorizaban a los indios que las pretend�an. Pero, si llegaban a casarse, era como si no lo estuvieran, porque las manten�an en las cocinas y a los indios fuera, impidi�ndoles la vida marital. Como las casas no eran muy grandes y viv�an en ellas padres e hijos, era frecuente que las indias vivieran en mal estado con el amo o con los hijos de �ste.
Los gobernadores, personalmente o por medio de comisionados, ten�an por obligaci�n visitar peri�dicamente las estancias y haciendas, a fin de cerciorarse de si eran bien tratados, vestidos, alimentados y doctrinados. Los encomenderos, sin embargo, s�lo presentaban al visitador aquellos indios que sab�an las cuatro oraciones (el credo, el padrenuestro, el avemar�a y la salve) o a los del servicio dom�stico o nacidos en casa, pero no a los dem�s.
Las cr�nicas e informes oficiales o religiosos de la �poca hacen m�s sombr�o este cuadro. Un humanista de la �poca, el cronista Alonso de Le�n, censura la encomienda. No obstante que como militar fue uno de los que hac�an entradas a capturar indios y ser uno de los encomenderos, en su obra concluida en 1649, se ven constantes expresiones contra sus abusos y excesos.
Eran los misioneros los �nicos que abogaban por el indio. Algunos fueron a pie a M�xico o viajaron a Espa�a para plantear el problema. En el �ltimo tercio del siglo XVII y en el primero del XVIII, fueron frecuentes las disposiciones para aliviar esta situaci�n. Los t�tulos de las reales c�dulas existentes en el Archivo General de la Naci�n son muy elocuentes.
Que se ordene la reducci�n y administraci�n de los indios de Coahuila y Nuevo Reino de Le�n (1675); Prohibiendo averiguar por indios a las puertas de la iglesia; Que se ponga remedio a la reducci�n de los indios del Nuevo Reino de Le�n; que se averig�e lo maltratados que son los indios por los due�os de las haciendas, de las provincias de r�o Verde, Tampico y Nuevo Reino de Le�n (1689); Que se averig�en los excesos cometidos por los gobernadores de Coahuila y Nuevo Reino de Le�n (1703); Encargando se cuide mucho la manutenci�n y buen tratamiento de los naturales (1709).
Una de las disposiciones reales m�s eficaces fue la del 9 de mayo de 1672, de la reina gobernadora do�a Mariana de Austria. Ordenaba:
que no se consienta que los indios puedan hacerse esclavos con pretexto alguno, ni venderse, ni enajenarse, lo que no debi� consentirse sin castigarse serenamente [y que] la conversi�n de los indios se haga en predicaciones congreg�ndolos en pueblos y reparti�ndoles tierras.