En el proceso de pacificaci�n de la Gran Chichimeca —nunca del todo concluido— hubo cuatro ingredientes principales: la diplomacia necesaria para atraer a las tribus n�madas al acuerdo de establecerse en paz; un intenso esfuerzo misionero que dio cohesi�n y un objetivo espiritual a la empresa; la pol�tica migratoria de enviar indios sedentarios a la frontera para poner ejemplo de otros modos de vida; y, finalmente, el aprovisionamiento de los n�madas y los colonos sedentarios con fondos de la Real Hacienda.
A pesar de la dificultad para sostener los arreglos de paz con las tribus chichimecas, para mediados de la d�cada de 1580 algunos capitanes de frontera hab�an logrado establecer acuerdos con diversas tribus que comenzaban a adoptar la vida pac�fica. Estos acuerdos estaban generalmente reforzados por la fuerza militar; sin embargo, la mejor forma de negociaci�n fue la que se estableci� a trav�s de los regalos de paz: principalmente ropa y alimentos, pero tambi�n se les promet�an buenas tierras, la entrega continua de cabezas de ganado, ma�z y ropa por un periodo indefinido, exenci�n de impuestos y cargas similares. Esto �ltimo caus� problemas a la poblaci�n espa�ola, pues no hab�a mano de obra gratuita para la construcci�n de las obras civiles y religiosas.
Los misioneros fueron importantes diplom�ticos de paz; su n�mero aument� en las d�cadas de 1580 y 1590. Para entonces, sus m�todos y objetivos ya eran conocidos en muchas de las tribus chichimecas. El conocimiento que estos religiosos pronto tuvieron de las lenguas nativas les dio grandes ventajas sobre los militares en las negociaciones de paz, y el empleo de ayudantes ind�genas convertidos fue valioso para atraer a otros. En algunas ocasiones, los ind�genas se negaron a tratar con los militares insistiendo, en cambio, en hablar con los frailes. El estudio y aprendizaje de las lenguas fue la llave que permiti� abrir el mundo de los nativos de la Gran Chichimeca, as� como de otras regiones. La ense�anza del espa�ol transform� el mundo simb�lico; el horizonte del nuevo idioma iba cargado de los hallazgos de ese otro nuevo mundo.
La diplomacia de la paz se hizo un poco menos dif�cil en la �ltima d�cada del siglo XVI, cuando las tribus chichimecas comprendieron que pod�an obtener ventajas de los tratados de paz. Una y otra vez, los propios indios iniciaron las conversaciones de paz, mostr�ndose dispuestos a abandonar su existencia n�mada y a asentarse en las planicies.
Desde los primeros a�os de contacto espa�ol con las tribus del norte, los frailes hab�an formado una vanguardia m�vil en la Gran Chichimeca. Los franciscanos fueron los m�s importantes en n�mero y en extensi�n de territorio, pero tambi�n los agustinos estuvieron activos entre los pames de las sierras orientales. En su mayor parte, estas primeras entradas de misioneros consistieron en largos viajes, desde bases que no eran atractivas para los indios hostiles a causa de una numerosa poblaci�n espa�ola que pod�a imponerles trabajos forzosos. S�lo a fines de la d�cada de 1570 y en la de 1580 empezaron los misioneros a diseminar sus casas lo suficiente como para entrar en contacto con las tribus aisladas. En los primeros a�os de esta actividad misionera expansiva hubo muchos m�rtires entre los frailes. Para fines de la d�cada de 1580, la lista de m�rtires franciscanos era ya larga; murieron con el crucifijo en la mano, bajo lluvia de flechas, cayeron en emboscadas por ir en compa��a de soldados, fueron capturados y torturados por los guerreros ind�genas.
A pesar de todo, la mayor�a de los frailes soport� los a�os dif�ciles hasta que el cambio de la pol�tica virreinal les dio mejores oportunidades con la disminuci�n de la acci�n militar y punitiva.
La pacificaci�n en las Salinas de Santa Mar�a del Pe�ol Blanco se debi� a fray Diego de la Magdalena. Las Salinas fueron descubiertas por Juan de Tolosa y el capit�n tarasco don Diego Tom�s Quesuchigua. A Tolosa se le llama conquistador, fundador y poblador de las villas de Llerena, San Mart�n y Avi�o y de las Salinas de Santa Mar�a.
Desde el gobierno del virrey Mart�n Enr�quez de Almanza (1568-1580), hasta la d�cada de 1590, los m�todos de pacificaci�n de los frailes muestran claramente el desarrollo del sistema de misiones que hab�a de llegar a ser una instituci�n de la frontera. Los frailes aprendieron sus lecciones y perfeccionaron sus t�cnicas durante su avance por la Gran Chichimeca. El favor real se combin� con los esfuerzos de los misioneros en otros aspectos de la pacificaci�n general de fines del siglo XVI y as� el sistema de misiones tuvo gran �xito.
El virrey Velasco (1590-1595) consideraba que la conversi�n de las tribus chichimecas era la base m�s importante para la paz. Inici� una expansi�n a gran escala de las actividades de los frailes antes de cumplir un a�o en su cargo. El 5 de julio de 1590 inform� al rey que hab�a enviado a todas las zonas y a todas las naciones frailes franciscanos para asegurar a los indios de que no habr�a peligro en el proceso de establecerlos. Pero el virrey tropez� con dificultades al tratar de extender el sistema misionero. Hab�a pocos frailes disponibles; los ind�genas reci�n pacificados no ten�an a�n aposento fijo, no cultivaban la tierra ni trabajaban de ning�n modo, lo que les imped�a dar limosnas o ayuda a los frailes.
Velasco se sinti� complacido al saber que los jesuitas hab�an enviado a cuatro frailes que eran ling�istas para ayudar en el proceso de pacificaci�n. A fines de 1590, el virrey inform� al rey que la labor de franciscanos y jesuitas estaba siendo favorecida. Entonces, se eleg�an sitios para construir iglesias y misiones alrededor de las cuales pudieran reunirse los indios y establecer pueblos, lo que nunca hab�an querido hacer en el pasado. Con su donaci�n permanente a los frailes, Velasco esperaba que los indios se decidieran a establecerse en paz y lograr una mayor estabilidad. Las casas de frailes y las iglesias se planeaban a escala modesta y con un costo moderado. El sistema de las misiones se iba consolidando como la forma viable de evangelizaci�n, colonizaci�n y conquista de los pueblos ind�genas del norte.
Desde el principio el virrey Velasco se mostr� a favor de los jesuitas, a quienes consideraba los mejores misioneros para los chichimecas: aprend�an con facilidad las lenguas nativas, trataban a los ind�genas con gran desprendimiento y gozaban del mayor aprecio entre los espa�oles y el clero secular. El virrey apoy� sus preferencias en la opini�n de Rodrigo del R�o, a quien su larga experiencia lo hab�a inclinado hacia la labor misionera de los jesuitas.
A los jesuitas se les encomend� la fundaci�n de San Luis, en el camino entre Quer�taro y las minas de San Luis Potos�. Velasco les dio autoridad para acomodar all� otom�es —con exenci�n de tributos— junto con los chichimecas pacificados, a quienes se prove�a con cantidades regulares de trigo y ma�z una vez por semana y de vestidos una vez al a�o; los caciques recibir�an los mejores presentes. Esta poblaci�n se llam� m�s tarde San Luis de la Paz, en honor de la pacificaci�n de los chichimecas.
Al mismo tiempo, los jesuitas desarrollaban otra empresa misionera en el extremo septentrional de los l�mites de la Gran Chichimeca, entre los zacatecos y en los bordes del nuevo pa�s: La Laguna. Esta colonizaci�n se inici� en febrero de 1598. San Luis de la Paz y Santa Mar�a de las Parras fueron los dos esfuerzos misioneros jesuitas m�s importantes entre las reci�n pacificadas tribus chichimecas.
Los esfuerzos misioneros de los franciscanos, principales trabajadores religiosos en la Gran Chichimeca, estuvieron apoyados por la Real Hacienda; los fondos proced�an de los llamados "gastos de guerra chichimeca". A expensas de la Real Hacienda se envi� a los franciscanos una gran variedad de art�culos. A fines del siglo XVI aun quedaban al menos 20, quiz� hasta 25 casas franciscanas en su provincia de San Francisco de los Zacatecas, adem�s del gran numero de conventos situados al norte de Guadalajara y los de la zona situada inmediatamente al norte de la ciudad de M�xico. En cuanto los chichimecas fueron acomodados por los frailes, abandonaron, por lo general, toda hostilidad en la regi�n de la meseta; de hecho, cuando la retomaron fue para sofocar las rebeliones de las tribus de las monta�as del oeste y del este.
Adem�s de la ayuda prestada por los frailes en la pacificaci�n general, se les acreditaron algunas actividades que no les correspond�an estrictamente, pero que fueron de ayuda en el desarrollo general de la frontera. Por obra de los frailes se registraron muchos descubrimientos de importantes dep�sitos minerales; los indios les dec�an d�nde se hallaban tales yacimientos cuando no se sent�an dispuestos a dar esa informaci�n a civiles o a militares. Los frailes tambi�n se mostraron frecuentemente interesados en el cultivo de la tierra; hicieron valiosas contribuciones a la expansi�n agr�cola, as� como a la construcci�n y el trabajo de los molinos de mineral.
Una vez establecidos los tratados de paz la ense�anza era el medio b�sico de incorporar a los chichimecas al modo de vida espa�ol. Para esta labor, el fraile era el mejor instrumento.
