La nueva Constituci�n del estado decretada por el Congreso el 13 de julio de 1861 fue sancionada por el gobernador S�stenes Escand�n, quien busc� que se respetara el federalismo; no obstante, las circunstancias de la guerra con las potencias extranjeras lo impidieron. Su gobierno fue constantemente suspendido por los estados de sitio declarados por el presidente Ju�rez, a lo que se sum� la amenaza que representaba Tom�s Mej�a en la Sierra Gorda a quien tuvo que combatir personalmente, con el consecuente relevo de sus funciones.
A mediados de junio, el Congreso general hab�a decretado la suspensi�n del pago de la deuda externa ya que las arcas del Estado se encontraban, tras la guerra de Reforma, completamente exhaustas. La respuesta de Inglaterra, Francia y Espa�a, principales acreedores de la naci�n, fue inmediata: en diciembre ya se encontraban en Veracruz las fuerzas de intervenci�n. La diplomacia mexicana logr� que Inglaterra y Espa�a se retiraran, no sucedi� lo mismo con Francia.
Frente al peligro inminente de la Intervenci�n francesa y la atomizaci�n de los grupos liberales, con su complejos intereses regionales, econ�micos y militares, Ju�rez opt� por fortalecer la figura presidencial e identificarla con el concepto de naci�n. Su elecci�n, el tiempo lo demostrar�a, no fue equivocada. Hay que entender en ese contexto los acontecimientos de San Luis Potos� acaecidos entre 1861 y 1863. La naci�n era ya una experiencia y, en esos d�as, una experiencia dram�tica. Los liberales potosinos se encontraban luchando entre sus aspiraciones regionales y nacionales. Intereses econ�micos, lazos familiares, experiencias comunes educativas, simpat�as personales, una gama de factores fueron configurando sus alianzas, sus grupos y sus acciones. Por su parte, los conservadores potosinos, que ya hab�an sido derrotados en lo militar, quedaron supeditados a la suerte que correr�a el general Tom�s Mej�a quien, al principio de la Intervenci�n francesa, parece haber dudado en aliarse a las fuerzas extranjeras; sin embargo, los hechos se�alan que al final se adhiri� a los ej�rcitos invasores. El poder regional que encarnaban los Ver�stegui busc� servir de puente entre liberales y conservadores. Paulo Ver�stegui, como diputado del Congreso, ejerci� el papel de mediador entre el presidente Ju�rez y Mej�a; aunque no logr� una m�nima conciliaci�n pol�tica entre las partes, consigui� el aseguramiento de sus intereses regionales.
A principios de enero de 1862, el presidente Ju�rez declar� en estado de sitio a San Luis Potos�, lo que significaba la suspensi�n de los poderes soberanos de la entidad. Destituy� a S�stenes Escand�n y nombr� al general Jes�s Gonz�lez Ortega comandante militar de los estados de San Luis Potos�, Zacatecas y Aguascalientes.
Gonz�lez Ortega suprimi� las jefaturas pol�ticas de los partidos y los ayuntamientos; en su lugar estableci� unas oficinas llamadas agencias de la comandancia militar, a las que otorg� facultades administrativas y judiciales. Aument� el ej�rcito con soldados potosinos, orden� la destrucci�n del templo de la Merced, convirti� en ca�ones y metralla las campanas de los templos del Carmen, San Francisco, San Agust�n, La Merced y la mayor de Catedral. Poco tiempo despu�s, Jos� Mar�a Aguirre ocup� la gubernatura y la comandancia militar, restableci� el ayuntamiento de la ciudad, el Tribunal de Justicia y las jefaturas pol�ticas, agreg� las villas de los suburbios al municipio de la capital y suspendi� la acu�aci�n de moneda de cobre.
Al levantarse el estado de sitio, Escand�n tom� de nuevo el cargo de gobernador constitucional, pero tuvo que ausentarse para dirigir la campa�a de Sierra Gorda. Lo sustituy� Ambrosio Espinosa quien, con objeto de fortalecer las arcas del gobierno, oblig� imprudentemente a los mineros de Catorce a remitir un tributo de plata para su acu�aci�n. A prop�sito de este incidente, Ignacio Gama, originario de Rioverde, le escribi� a Paulo Ver�stegui que "los due�os de la plata fueron vejados en sus personas e intereses hasta el grado de que nunca, aun en medio de la revoluci�n, se hab�a visto cosa igual; hicieron una representaci�n al gobierno general" y esto acab� de decidir la declaraci�n de este estado en estado de sitio. Los agraviados son los m�s espa�oles y ricos, hab�an levantado el grito hasta el cielo, le importa al gobierno general no perder el poco cr�dito que tiene en el extranjero, de este modo explico yo la conducta del gobierno en este asunto". Y, ciertamente, como lo advirti� a�os despu�s Justo Sierra, durante los primeros meses de 1862 el principal temor del gobierno de Ju�rez era la amenaza armada de una intervenci�n espa�ola. Sus esfuerzos por evitarla lo obligaban a atender con prontitud y firmeza los reclamos de los espa�oles residentes en M�xico.
Durante el estado de sitio decretado en San Luis se nombr� gobernador a Vicente Chico Sein en febrero de 1863. Permanecer�a poco tiempo en el cargo pues perdi� la raz�n y muri� en septiembre de 1863. El comandante militar Francisco Alcalde asumi� entonces el mando pol�tico.
Desde 1862, la tropas francesas hab�an penetrado el territorio mexicano desde las costas del Golfo en su camino hacia la ciudad de M�xico. Las distintas guarniciones de San Luis Potos� contribuyeron con destacamentos y pertrechos en la batalla cerrada que Ju�rez hab�a establecido para defender su gobierno.
Convertida en un importante reducto liberal, la ciudad de San Luis Potos� vivi� el drama de la guerra de intervenci�n en sus facetas m�s opuestas, desde la celebraci�n que sigui� a la victoria mexicana del 5 de mayo de 1862 a la consternaci�n provocada por la ca�da de Puebla en 1863 y el avance definitivo de las tropas francesas sobre la ciudad de M�xico.
Los potosinos celebraron, seg�n el Bolet�n Oficial del Ej�rcito del Interior, la victoria del 5 de mayo:
desde las seis y media de la tarde, hora en que lleg� el extraordinario participando el triunfo de nuestras armas sobre los invasores imperiales; recorrieron las calles bandas de m�sica, clarina y tambores de los cuerpos de la divisi�n de Zacatecas [...] Las pocas campanas que han quedado en las torres de las iglesias, suficientes para el servicio del culto, porque el resto se ha convertido en ca�ones y metralla [...] repicaron a todo vuelo cerca de cuatro horas [...] multitud de lindas j�venes liberales, se nos ha dicho que paseaban [...] los paseantes se retiraron a sus casas, sin haber proferido el m�s leve insulto a los franceses que est�n avecindados en esta poblaci�n, sus mueras se dirig�an a sus invasores.
La estrategia pol�tico militar del gobierno de Ju�rez fue fortalecer la capital del pa�s y dar ah� la batalla definitiva. Se pidieron a los distintos gobiernos estatales contribuciones de tropa y pertrechos; sin embargo, la decisi�n del gobierno federal tuvo un giro sustancial. El presidente Ju�rez decidi� trasladar los poderes de la rep�blica a San Luis Potos�. All� pensaba organizar desde el centro del pa�s la resistencia republicana y nacional. Sab�a que en esos momentos la estrategia m�s importante consist�a en protegerse de caer en manos del enemigo, ya que encarnaba a la rep�blica y, por lo tanto, la �nica garant�a de su pronto restablecimiento. Los principales jefes militares republicanos se hab�an rendido, pero el presidente de M�xico era un civil, y pod�a establecer una clara diferencia entre la capitulaci�n militar y la sobrevivencia de la rep�blica constitucional. El 9 de junio de 1863 Ju�rez lleg� a la ciudad de San Luis Potos� y al d�a siguiente emiti� un manifiesto: "Reconcentrado el enemigo en un punto, como ahora, ser� d�bil en los dem�s; diseminado, ser� d�bil en todas partes. �l se ver� estrechado a reconocer que la rep�blica no est� encerrada en las ciudades de M�xico y Zaragoza". Puede vislumbrarse tras sus palabras una estrategia que muy posiblemente se derivaba de la experiencia pol�tica y militar de la guerra contra los Estados Unidos, el planteamiento inicial del manifiesto indica con toda claridad la propuesta de una guerra de guerrillas.
Ju�rez permaneci� siete meses en San Luis. Durante ese tiempo intent� normalizar las funciones de gobierno emitiendo cargos militares y pol�ticos. Form� varios gabinetes integrados por Manuel Doblado, Higinio N��ez, Felipe Berriozabal, Ignacio Comonfort, Miguel Negrete, Sebasti�n Lerdo de Tejada, Jes�s Ter�n y Jos� Mar�a Iglesias. Manuel Mar�a de Zamacona se encarg� de la publicaci�n del Diario Oficial del Supremo Gobierno, y Francisco Zarco del peri�dico La independencia mexicana.
El clima pol�tico y militar del pa�s impidi� que las funciones del gobierno republicano se desarrollaran con eficiencia y sin fricciones. San Luis se hab�a convertido en refugio de las tropas derrotadas en Puebla as� como de otras fuerzas liberales. La capital potosina era tambi�n un notable centro de compra y distribuci�n de armamento destinado al apoyo de las fuerzas republicanas, tal como lo muestra, entre muchas otras operaciones, la registrada por el escribano p�blico Gabriel Aguirre, suscrita al calce por Francisco Zarco, el 31 de julio de 1863:
Cesare Merighi, italiano, natural de Bolonia [...] y transe�nte en esta ciudad [de San Luis] digo: que para facilitar al gobierno la adquisici�n de [...] armamento [...] para hacer frente al invasor, le propongo el siguiente convenio: 1� Vende al Gobierno Constitucional Mexicano 15 mil fusiles de percusi�n, armados de bayonetas, al precio de doce pesos cada uno. 2� Este armamento lo situar� el vendedor en el puerto del Pac�fico que el mismo gobierno le designe. 3� Luego que se embarque el armamento en San Francisco de California [...] recibir� el vendedor 10 mil pesos [...] 4� Situados que sean los fusiles en el puesto designado, y recibidos por las personas que para esto nombre el gobierno, el vendedor recibir� 90 mil pesos en efectivo [...] 5� Los 80 mil pesos faltantes para el completo del valor del armamento, ser�n pagados con valores de los bienes del clero desamortizados que se encuentran en los estados sometidos a la obediencia del gobierno de la rep�blica.
La presencia de las tropas en el territorio potosino produjo fuertes tensiones entre la poblaci�n a causa de la leva y los grav�menes necesarios para el sustento de los ej�rcitos. Durante la estancia de Ju�rez llegaron, entre otros, el general Jes�s Gonz�lez Ortega, jefe de las operaciones militares de Puebla, y el general Patoni. El general Ignacio de la Llave, que ven�a con ellos, fue emboscado y asesinado en el camino.
Los principales jefes militares que acompa�aban al presidente Ju�rez abandonaron San Luis para dirigirse a sus localidades, desde donde organizar�an la resistencia; por ejemplo, Gonz�lez Ortega en Zacatecas y Patoni en Durango. El general Comonfort muri� en una emboscada en Molino de Soria, camino a Guanajuato.
Por su parte, los conservadores, con el apoyo del mariscal Forey, establecieron una junta suprema de gobierno en la ciudad de M�xico. Las fuerzas militares conservadoras, con ayuda del ej�rcito franc�s, se organizaron en cuatro divisiones a las �rdenes de los generales Miram�n, M�rquez, Mej�a y Woll; Miram�n se situ� en M�xico, M�rquez se dirigi� a Michoac�n, Mej�a a San Luis y Woll a Jalisco. La junta del gobierno conservador resolvi� el 10 de julio de 1863 que la naci�n mexicana adoptar�a como forma de gobierno la monarqu�a moderada, hereditaria, que recaer�a en un pr�ncipe cat�lico. El soberano tomar�a el t�tulo de emperador de M�xico. Los conservadores ofrecieron la corona al archiduque de Austria, Fernando Maximiliano.
El avance de los ej�rcitos de Mej�a oblig� a que Ju�rez y su gobierno dejaran San Luis para dirigirse hacia el norte, rumbo a los territorios de influencia del general Santiago Vidaurri. A cinco d�as de la salida del presidente, el 27 de diciembre 1863 un regimiento de 4 000 soldados, comandados por el general Miguel Negrete, ministro de Guerra, y el general Francisco Alcalde, intentaron infructuosamente recuperar la ciudad. La batalla tuvo lugar en el centro de San Luis y tras la derrota de los liberales la ciudad qued� bajo el dominio conservador. El general Tom�s Mej�a, cuya esfera de influencia se hab�a mantenido en la demarcaci�n de la Sierra Gorda, ampliaba su espacio de poder a todo el estado.
