En su camino hacia Saltillo, el presidente Ju�rez pas� por Venado, Charcas, Villa de Guadalupe y se detuvo unos d�as en Matehuala de donde parti� el 5 de enero de 1864.
El general Mej�a se hizo cargo del gobierno en San Luis Potos�. Sustituy� a los jefes pol�ticos por prefectos y nombr� encargado de la capital, en calidad de gobernador, a Dar�o de los Reyes.
A finales de enero, Mej�a abandon� San Luis Potos� para enfrentar, cerca de Matehuala, a las fuerzas de Doblado y Gonz�lez Ortega. Mej�a fue reforzado por el ej�rcito franc�s y obtuvo una victoria total sobre los liberales.
Mientras el presidente Ju�rez, en su marcha rumbo a la frontera, hac�a esfuerzos denodados por mantener entre sus seguidores el proyecto republicano, los conservadores llevaban a cabo el prop�sito de la monarqu�a. El presb�tero Ignacio Montes de Oca y Obreg�n, que algunos a�os m�s tarde ser�a obispo de San Luis y figura muy relevante del clero potosino, recibi� el juramento de Maximiliano como emperador de M�xico el 10 de abril de 1864, en el castillo de Miramar, en las orillas del Adri�tico. Dos meses despu�s, Maximiliano entr� en la ciudad de M�xico, Montes de Oca fue nombrado capell�n honorario de la Corte y a la recepci�n del emperador asistieron algunos representantes del departamento de San Luis, como Manuel Espinosa y Cervantes, Francisco J. Berm�dez, Jos� Mar�a Tornel, Francisco Ontiveros, Octaviano Cabrera, Jos� Sebasti�n Segura y Jos� Mar�a Flores.
Desde su gobierno itinerante, el presidente Ju�rez nombr� gobernador a Juan Bustamante, propietario de la hacienda de el Salado en la regi�n del Altiplano. Dos a�os atr�s, Bustamante hab�a negociado en el este de los Estados Unidos la compra de armamento para las fuerzas liberales. Justo Sierra comentaba que "el encargo de Bustamante era tanto m�s dif�cil cuanto que, por falta de recursos, pretend�a comprar a cr�dito, y M�xico, que carec�a de muchas cosas, lo menos que ten�a era cr�dito. Con todo, la habilidad mercantil de Bustamente, hombre de fortuna y de mucha influencia en su patria, sobre todo en San Luis Potos�, hizo el milagro de la improvisaci�n del cr�dito mexicano".
Durante el Imperio, San Luis Potos� fue dividido en dos departamentos de acuerdo con la ley del 3 de marzo de 1865: Potos� y Matehuala. Posteriormente, por ley de 16 de marzo de 1865, se dividi� el territorio del imperio en ocho grandes distritos de �ndole militar, de los que uno fue el de San Luis Potos�. Un mes despu�s, el 10 de abril de 1865, se expidi� el Estatuto provisional del Imperio mexicano que divid�a el territorio nacional en ocho grandes divisiones y en 50 departamentos.
Para el imperio, San Luis era de nueva cuenta un centro estrat�gico de abasto militar. A mediados de julio las tropas del general Castagny llegaron a la ciudad para emprender, con Tom�s Mej�a, la campa�a de la frontera en persecuci�n de Ju�rez. Castagny avanz� rumbo a Monterrey por el camino de Venado y Mej�a se dirigi� a Matamoros, por lo que Ju�rez se retir� a Chihuahua.
Si bien es cierto que los triunfos militares del ej�rcito de intervenci�n mostraban la consolidaci�n del Imperio, la confusi�n en el �mbito pol�tico crec�a velozmente debido a la aplicaci�n de las medidas liberales, conciliatorias, establecidas por el propio emperador Maximilano: la revalidaci�n de las leyes de Reforma y el decreto de la tolerancia de cultos, entre otras.
Para 1866 se hab�a generalizado el repudio a las tropas extranjeras en San Luis. As� lo expresa el conservador Francisco Estrada en su libro Recuerdos de mi vida:
Fui llamado a desempe�ar la prefectura [de San Luis Potos�] que ya se titulaba Alcald�a Municipal. Siete meses y d�as estuve desempe�ando ese cargo [...] Lo desempe�� en una �poca demasiado penosa, porque, por una parte, las exigencias de los jefes y oficiales franceses que quer�an buenos y c�modos alojamientos, mientras los vecinos quer�an eximirse de proporcion�rselos; ya por la repugnancia que causaba alojar a soldados extranjeros o ya tambi�n por los abusos que varios de ellos comet�an.
Las fuerzas liberales continuaron luchando en peque�os grupos por la causa de la rep�blica. Para el estado de San Luis tienen particular importancia los pronunciamientos sostenidos de Aureliano Rivera en Rioverde, Bustamante en Valle del Ma�z y Alaquines y el general Mariano Escobedo en Matehuala.
Manuel Ver�stegui fue sentenciado a muerte por su relaci�n con los republicanos; sin embargo, las complejas relaciones regionales establecidas por �l y su familia en distintos periodos pol�ticos impidieron la ejecuci�n de la sentencia. La revocaci�n fue conseguida por el propio general Tom�s Mej�a y el prefecto del departamento, Dar�o de los Reyes.
El general Escobedo se convirti� en la figura prominente de las fuerzas republicanas en el estado de San Luis y en el centro-norte de M�xico. El mariscal Bazaine se traslad� a San Luis Potos�, en donde concentr� las principales fuerzas militares de la regi�n con el objeto de enfrentar a los republicanos. En los �ltimos meses de 1866 se multiplicaron los combates en Cedral, Matehuala, Santa Mar�a del R�o, Peotillos y Guadalc�zar. Escobedo recuperaba terreno gracias a su capacidad militar y al abasto que, proveniente de los Estados Unidos, gestionaba el gobierno de Ju�rez.
A medida que los republicanos ganaban posiciones, las tropas francesas comenzaron a reconcentrarse en la ciudad de M�xico para evacuar el territorio.
Las tropas conservadoras que en escaso n�mero quedaron en San Luis Potos� abandonaron la plaza y se refugiaron en Quer�taro. A fines de diciembre de 1866 los republicanos ocuparon nuevamente la ciudad de San Luis Potos� y qued� restablecido el gobierno estatal al frente de Juan Bustamante.
La posici�n del emperador Maximiliano era insostenible pero, al mismo tiempo, insostenible. Por un lado, el apoyo pol�tico y militar de las potencias europeas se hab�a desvanecido y las propias fuerzas internacionales en pugna le cerraban el camino de regreso. Por otra parte, ante el fracaso de su pol�tica de acercamiento a los liberales, los conservadores, encarnados en las figuras militares de Mej�a y Miram�n, eran su �nica y desesperada alternativa.
El general Escobedo entr� en San Luis al frente de sus tropas en enero de 1867. Miram�n se apoder� por las armas de la ciudad de Zacatecas, por lo que Escobedo parti� a recuperar la plaza. Entretanto, Ju�rez sali� de Zacatecas y se dirigi� una vez m�s a San Luis Potos�. La presencia de Ju�rez ratificaba la situaci�n estrat�gica que esta ciudad ten�a para la causa republicana. Aunque se hicieron preparativos para una visita del emperador, �ste nunca lleg� a territorio potosino. Ju�rez, en cambio, conoc�a muy bien la ciudad a donde regres� el 21 de febrero de 1867. El historiador Jos� Francisco Pedraza registra parte de la relaci�n de las festividades que tuvieron lugar al arribo del presidente Ju�rez: "El pueblo y las autoridades se esforzaron en demostrar al se�or presidente su alta estimaci�n y todos los actos tuvieron una se�alada participaci�n popular; entre ellos caus� regocijo que la fuente del centro de la Plaza de Armas fuera llenada completamente de colonche en un original obsequio que se hizo a todo el pueblo que quiso gustar la t�pica bebida potosina".
Sin prestar mucha atenci�n a los consejos del mariscal Bazaine, Maximiliano, en un �ltimo intento por combatir a la rep�blica, reconcentr� sus fuerzas y parti� hacia Quer�taro, a mediados de febrero, al frente del ej�rcito imperial. Ju�rez orden� a los generales de sus fuerzas el asedio de esta plaza, con una dotaci�n de 15 000 soldados a los que se unieron otros tantos en las afueras de Quer�taro. El sitio se prolong� 70 d�as hasta el 15 de mayo, cuando la ciudad de Quer�taro fue tomada por los liberales a cuyo frente estaba el general Mariano Escobedo. Maximiliano se entreg� y qued� prisionero junto con la mayor parte de sus generales y tropa. Maximiliano, Miram�n y Mej�a fueron condenados a muerte y ejecutados la ma�ana del 19 de junio de 1867. La sentencia produjo una fuerte pol�mica nacional e internacional; en la ciudad de San Luis, donde Ju�rez neg� el indulto a los prisioneros de Quer�taro.
Ju�rez mantuvo su posici�n hasta el final; sin embargo, la enorme afluencia de personas y correspondencia que solicitaban el indulto lo llev� a escribir un documento de 45 p�ginas, fechado el 17 de julio de 1867 en San Luis Potos�, titulado Manifiesto justificativo de los castigos nacionales en Quer�taro. Este texto expresa un sincretismo en el que confluyen ideas pol�ticas modernas y credos tradicionales que remiten tanto al Antiguo Testamento como a las mitolog�as ind�genas: "�l solo excelente, �l solo justo y todopoderoso y tierno, es el que ha dispersado las naciones que como buitres cayeron sobre M�xico [...] para que sepan los monarcas que el mismo que libr� a Israel de todo mal, es el Dios que santifica y guarda la porci�n del An�huac". El poeta italiano Carducci —que obviamente desconoc�a el contenido de este documento— escribi� un poema que recoge y traduce Primo Feliciano Vel�zquez. Este texto ofrece una visi�n que dramatiza, que busca una interpretaci�n del sacrifico de Maximiliano con la figura del dios Huitzilopochtli invocando desde su pir�mide:
Ven. Ha mucho que te espero. Destruy� mi reino, derrib� mis templos, la ferocidad de los blancos. Ven, devota v�ctima, nieto de Carlos V. No a tus infames abuelos, de consunci�n corrompidos; a ti quer�a yo y te atrapo, florido reto�o de Habsburgo; y a la grande alma de Cuauht�moc, reinante en la tienda del sol, de ti hago ofrenda, oh puro, oh fuerte, oh bello Maximiliano.
El fusilamiento de Maximiliano y los principales jefes conservadores dio fin a lo que estos �ltimos llamaron el "sue�o del Imperio". Tanto en lo pol�tico como en lo social y lo material, esta gesti�n conservadora redund� en muy pocos saldos positivos, entre ellos la instalaci�n de algunas l�neas telegr�ficas como la que iba de San Luis a M�xico y la terminaci�n de la catedral de San Luis.
