El ascenso de L�zaro C�rdenas a la presidencia de la rep�blica en 1934 encontr� un importante apoyo en Saturnino Cedillo. El hombre fuerte de San Luis Potos� le facilit� el camino. Desde el inicio de su gobierno ejerci� una pol�tica que recordaba la que a�os antes llev� a cabo en la entidad Aurelio Manrique. C�rdenas estimul� el reparto de tierras y promovi� un movimiento obrero que se manifest� en las huelgas. La independencia que mostr� no tard� en confrontarlo con Calles: C�rdenas busc� el apoyo estrat�gico de dos hombres: Andreu Almaz�n y Saturnino Cedillo; ambos le ofrecieron su respaldo. C�rdenas emprendi� entonces el desmantelamiento del aparato gubernamental del callismo; adem�s del apoyo de los generales de Nuevo Le�n y San Luis Potos�, cont� con la Confederaci�n General de Obreros y Campesinos de M�xico (CGOCM) que dirig�a Vicente Lombardo Toledano y llev� a Portes Gil a la presidencia del PNR. C�rdenas invit� a Cedillo a su gabinete y lo nombr� secretario de Agricultura. En la disputa por el poder pol�tico y la forma en que �ste deb�a ejercitarse que enfrent� a C�rdenas y Calles, Cedillo volvi� una vez m�s a ser un factor decisivo al haber elegido respaldar al presidente L�zaro C�rdenas. Los callistas se quedaron sin aliados importantes y tuvieron que replegarse y dispersarse. Parad�jicamente, Saturnino Cedillo, el "cacique potosino", cumpli� un papel fundamental en el proceso de institucionalizaci�n que estaba viviendo el pa�s, un proceso ciertamente centralista, que no tard� en convertir al propio Cedillo en una de sus v�ctimas.
Calles dej� el pa�s y el camino libre al presidente C�rdenas, que emprendi� la reorganizaci�n del PNR al promover la creaci�n de la Confederaci�n de Trabajadores de Mexico (CTM) que centralizaba el control de los sindicatos obreros del pa�s. Su pol�tica obrera repercuti� en San Luis Potos�, donde mineros, ferrocarrileros y tejedores representaban el grueso de los obreros potosinos. En la capital del estado se form� el Frente �nico de Trabajadores Potosinos. C�rdenas tambi�n emprendi� la creaci�n de una nueva organizaci�n campesina, la Confederaci�n Nacional Campesina (CNC), para que formara parte del partido gobernante. Estas pol�ticas afectaban directamente a Cedillo. Ankerson escribe que "un nuevo sistema de paternalismo burocr�tico y militar, bajo el control de funcionarios del partido, sustituir�a al paternalismo pol�tico y m�s burdo que a�n sobreviv�a en San Luis Potos�". El poder central somet�a al poder regional. Cedillo, como miembro del gabinete del presidente, se vio alejado de su territorio de dominio y maniatado por los diversos intereses del poder central. Inc�modo en la ciudad de M�xico, su posici�n recordaba la de Zapata y Villa cuando en 1914 entraron al Palacio Nacional. Cedillo hab�a entrado a un terreno peligroso sin que su ej�rcito estuviera a su lado. La pol�tica era en la ciudad de M�xico otra forma de hacer la guerra. No contaba con los pertrechos del lenguaje urbano ni con el arsenal de una cultura pol�tica que le permitiera avanzar en el �mbito de los intereses nacionales e internacionales. Sus enemigos, como el general M�gica o el l�der obrero Vicente Lombardo Toledano, estaban al acecho; detr�s de ellos, esperaba Gonzalo N. Santos. A Cedillo se le identificaba como defensor de los cat�licos, y aunque la guerra cristera hab�a terminado, el anticlericalismo a�n estaba presente entre la clase pol�tica dominante. La aplicaci�n de la llamada educaci�n socialista volvi� a reanimar la resistencia de los cat�licos en varios lugares del pa�s a lo que se consideraba un atentado contra las libertades fundamentales. Cedillo facilit� la apertura de escuelas cat�licas en San Luis Potos�, de las que una de las m�s relevantes fue la de los maristas. Muchas familias cat�licas enviaron a sus hijos a educarse a la capital potosina. Para 1935, cerca del 25% de los sacerdotes del pa�s viv�an en San Luis Potos�.
Las diferencias entre el presidente C�rdenas y Cedillo se ahondaron debido a la reforma agraria. El dise�o y control de la misma por parte de la nueva burocracia central afect� directamente el poder de Cedillo en San Luis Potos�. Cedillo, seg�n Ankerson, "se opuso a la introducci�n de los ejidos colectivos, que consideraba ajenos a la naturaleza del campesinado mexicano y defendi� el sistema de parcelas e idales individuales" y dijo a su secretario: "una parcela que no es de uno, con maquinaria que hay que compartir y repuestos que s�lo se pueden obtener mediante soborno pagando cuotas a un patr�n mucho m�s voraz que sus antecesores, el funcionario agrario todo esto es mucho peor que el sistema que exist�a antes de la Revoluci�n".
Sin embargo, no fue el sector campesino el que evidenci� que su poder pol�tico comenzaba a erosionarse, sino el sector obrero. A fines de 1934, los trabajadores de la f�brica textil Atlas iniciaron un movimiento para demandar un aumento salarial, ya que sus salarios estaban por debajo de los que se pagaban en otras industrias establecidas en San Luis. El due�o de la f�brica era un cercano amigo de Cedillo, Jer�nimo Elizondo, quien no hab�a cumplido con las disposiciones para salarios m�nimos de los productores de fibra de yute. Las tensiones entre los obreros y el due�o fueron en aumento hasta fines de 1935, cuando los obreros decidieron irse a la huelga. Manuel de Lira, obrero de esa empresa, recordaba que "era la situaci�n de los trabajadores de la Atlas estar sujetos a salarios paup�rrimos y sin ninguna prestaci�n de car�cter social en donde imperaban el pago con vales que no aceptaba el comercio, multas y descuentos a quien llegara unos minutos tarde al trabajo, con verdaderos capataces que inclusive golpeaban a los trabajadores por la menor falta".
En enero de 1936, algunas agrupaciones de trabajadores de San Luis se solidarizaron con los obreros de la Atlas y convocaron a una huelga general. El gobierno de C�rdenas intervino y se orden� al due�o de la f�brica que pagara los adeudos y lo que correspond�a por ley a los trabajadores. Manuel de Lira cuenta que "Jer�nimo Elizondo cumpli� su palabra y nunca pag� un solo centavo por concepto de las sentencias condenatorias de adeudos a los trabajadores en salarios devengados dejados de percibir [...] su adeudo con el Sindicato de Tejedores y Similares de la F�brica Atlas fue muy alto y al declararse incapaz el gobierno del general L�zaro C�rdenas decret� la expropiaci�n [...] con ese motivo se organiz� la Sociedad Cooperativa F�brica de Fibras Duras Atlas".
La lucha de esos obreros potosinos se inici� desde 1932 cuando "surgen las primeras c�lulas comunistas en San Luis Potos�". El apoyo del gobierno de C�rdenas permiti� a los trabajadores lograr sus metas en esos d�as, sin que Cedillo pudiera intervenir. En 1936, tambi�n los mineros iniciaron un movimiento con el objetivo de mejorar sus condiciones salariales y de trabajo. Los mineros de la ASARCO de San Luis Potos� exigieron un aumento en sus sueldos as� como mayor seguridad en sus tareas que los obligaban a exponerse diariamente a los efectos negativos del ars�nico. La Fundici�n de Morales, como se conoc�a com�nmente a la ASARCO en San Luis, era la industria que produc�a la principal derrama econ�mica por concepto de salarios, calculada en un mill�n de pesos mensuales. La huelga iniciada por sus obreros tuvo un efecto inmediato sobre el comercio local cuyas ganancias mermaron. El conflicto fue solucionado otra vez por las autoridades de la ciudad de M�xico y Cedillo no s�lo qued� al margen de los acontecimientos, sino que adem�s fue acusado por la prensa nacional, cercana a la dirigencia obrera, de ser enemigo del proletariado del pa�s. Los trabajadores de la ASARCO tambi�n organizaron una cooperativa de transporte. El testimonio de Jos� I. Hern�ndez, obrero de la ASARCO, pintor y dirigente minero es por dem�s elocuente:
porque el pasaje era de cinco centavos [...] cinco de ida y cinco de regreso, el salario era de $1.25, quedaba $1.15. Los camioneros que eran los due�os de los camiones que eran los cedillistas, diputados, secretario de gobierno eran los que manejaban todo y acordaron aumentar el pasaje a diez centavos, diez de ida y diez de regreso, la sexta parte del salario. Acordamos formar una cooperativa de camiones, el capital fueron veinte mil pesos, yo fui el primer administrador de esa cooperativa y me toc� comprar los camiones a cinco mil pesos. Para eso tuvimos que luchar contra los cedillistas.
El movimiento obrero en San Luis Potos� se estructur� en estrecha alianza con el gobierno del presidente C�rdenas y pronto ocup� una posici�n estrat�gica frente a Cedillo. Seg�n Jos� I. Hern�ndez, "�ramos once mil mineros entonces aqu�: la secci�n 5, la de San Pedro, la de Charcas, la de Villa de la Paz, Kild�m en Matehuala [...] la secci�n 5 se fund� en 1934, despu�s del Sindicato Metal�rgico del 29, despu�s la Federaci�n Minera y en el 34 los Sindicatos de Industria que cre� L�zaro C�rdenas y como [�l] no ten�a seguridad en el ej�rcito, ten�a once mil armas para d�rnoslas a nosotros para combatir a Cedillo si se pon�a rejego."
Por otra parte, su estructura de control pol�tico electoral se puso a prueba una vez m�s en 1937, en v�speras de la nominaci�n de los candidatos al Congreso federal. Por primera vez Cedillo encontr� obst�culos para el nombramiento de los candidatos, ya que el comit� nacional del PNR quer�a participar en dicha selecci�n. Por otra parte, la CTM le disputaba los espacios pol�ticos apoyando candidaturas independientes. Aurelio Manrique retorn� a San Luis y organiz� el Partido Renovador Potosino para participar en el proceso electoral. Manrique, que contaba con el apoyo de sectores obreros y ten�a una afamada y fogosa oratoria, dirigi� sus discursos contra Cedillo y los gobiernos locales que "apadrinaba". Era la primera vez que un dirigente pol�tico en la plaza p�blica de la capital potosina acusaba de corrupto a Cedillo y "sus gentes". No era extra�o que fuera Manrique, el mismo que a�os atr�s se atrevi� a interrumpir el discurso del jefe m�ximo Calles para acusarlo de farsante. Pero el hecho de que en 1937 dirigiera sus palabras contra Cedillo en San Luis Potos� era un s�ntoma de los cambios que se avecinaban. Ciertamente, Aurelio Manrique no pas� la prueba inmune. Un testigo de la �poca describi� un famoso mitin de su campa�a:
en pleno mitin situado en un kiosco, que ya no existe, del andador poniente de la Alameda Juan Sarabia, lleg� un numeroso grupo de pistoleros gritando "abajo el barb�n" (Manrique usaba barba bastante larga) y a la vez que gritaban, penetraban en la multitud disparando sus armas, agrediendo e hiriendo [...] Lograron dispersar a la concurrencia; a dos cuadras de distancia ve�amos a mucha gente tirada en el piso del kiosco y lo menos que pens�bamos era que se trataba de muchos muertos, y es que toda la gente que estaba en el estrado se tir� al piso con Manrique abajo a manera de protegerlo [...] los pistoleros subieron al kiosco y golpeando a toda la gente, a empellones levantaron a Manrique al que hicieron grave afrenta al pelarlo y cortarle las barbas para luego exhibirlo [...] lo soltaron [...] ya que era un pol�tico con mucha influencia nacional en el r�gimen del general L�zaro C�rdenas [...] a los ocho d�as se volvi� a presentar p�blicamente pero con un fuerte resguardo de soldados.
No obstante, Cedillo, desde su puesto en el gabinete de C�rdenas, logr� imponer a sus candidatos y la campa�a de Manrique no dej� de ser m�s que una advertencia de que se iniciaba el fin de su cacicazgo.
Cedillo no tard� en dejar la Secretar�a de Agricultura. Un conflicto estudiantil suscitado en la Escuela Nacional de Chapingo que no pudo resolver provoc� que el presidente C�rdenas le pidiera su renuncia. Cedillo se sinti� agraviado por la conducta del presidente y, hasta cierto punto, traicionado. Sent�a que hab�a cumplido con lealtad su misi�n y que el presidente se hab�a dejado influir por sus enemigos: Francisco M�gica, el secretario de Comunicaciones, y Vicente Lombardo Toledano, el poderoso l�der obrero.
Cedillo retorn� a Palomas y se convirti� en centro de convergencia de los opositores a la pol�tica del presidente C�rdenas y su posible candidato independiente para las elecciones presidenciales de 1940.
El gobierno de C�rdenas sigui� de cerca los movimientos de Cedillo y traslad� a San Luis Potos� el 380 Regimiento para evitar que las fuerzas federales en la entidad se aproximaran al general potosino. A esta pol�tica militar agreg� una pol�tica agraria que promovi� el reparto de tierras entre campesinos que quedaban vinculados as� a la burocracia agraria.
Las fricciones entre los simpatizantes de Cedillo y sus enemigos se multiplicaron. En octubre de 1937 fue asesinado Vicente Tapia, diputado local y l�der agrarista que hab�a sido colaborador cercano de Cedillo. Tapia se hab�a distanciado durante los �ltimos meses del hombre fuerte de Palomas. Gonzalo N. Santos marc� en esos d�as su distancia con Cedillo y exigi� una investigaci�n del asesinato de Tapia. Saturnino Cedillo comenz� a comprar armas y parque en los Estados Unidos, pues sab�a que no iba a tardar en presentarse una confrontaci�n directa con el presidente C�rdenas.
A fines de 1937 se reestructur� el PNR y cambi� su nombre por Partido de la Revoluci�n Mexicana (PRM), organizado en cuatro sectores: el militar, el obrero, el campesino y el sector medio. Cedillo se sab�a excluido de ese poder central que, seg�n su punto de vista, d�a con d�a invad�a su territorio. La expropiaci�n petrolera que decret� el presidente L�zaro C�rdenas fortaleci� la cohesi�n a su alrededor de los diversos grupos pol�ticos, particularmente de los jefes militares.
El presidente de M�xico afirma Ankerson "decidi� aprovechar la oportunidad de la ventaja pol�tica que le daba la expropiaci�n petrolera y decidi� eliminar a Cedillo del abanico de fuerzas de la pol�tica nacional".
C�rdenas busc� que Cedillo aceptara plegarse a las decisiones del poder ejecutivo y abandonara sus intenciones de promover una ruptura y una nueva insurrecci�n; sin embargo, Cedillo prefiri� jugar con los tiempos esperando el pr�ximo proceso electoral de 1940 que, pensaba, aglutinar�a a diversos sectores, grupos y dirigentes afectados por la pol�tica cardenista.
El presidente decidi� obligar a Cedillo a definirse y evitar as� que se convirtiera en el eje de un movimiento de oposici�n que pod�a crecer ante la cercan�a de la renovaci�n del Poder Ejecutivo.
El 17 de mayo, C�rdenas se traslad� a la ciudad de San Luis Potos� para "encarar" a Cedillo. P�blicamente, en la capital potosina le exigi� que entregara sus armas y abandonara cualquier pretensi�n de rebeli�n. Desde su hacienda de Palomas, Cedillo respondi� con un llamado a la revuelta. Acompa�ado de 1 500 agraristas armados se dirigi� a la sierra. Orden� que dos de sus avionetas volaran sobre la ciudad de San Luis para lanzar cuatro bombas y cientos de copias del manifiesto en el que explicaba los motivos de su causa y el decreto del gobernador Hern�ndez Netro que desconoc�a al gobierno central. La rebeli�n de Cedillo, cercada tanto en lo militar como en lo pol�tico, no tuvo resonancia mas all� del �mbito de Palomas. El gobernador de San Luis renunci� a su cargo y su puesto fue ocupado por el presidente del Supremo Tribunal de Justicia del estado, licenciado Miguel �lvarez Acosta. D�as despu�s el senado declar� desaparecidos los poderes en el estado y nombr� al general Genovevo Rivas Guill�n gobernador provisional. Rivas Guill�n, leal servidor de C�rdenas, hab�a sido amigo de Cedillo e intent� en las semanas anteriores a la rebeli�n lograr un entendimiento que evitara un desenlace tr�gico. En las monta�as del oriente del estado, cada vez con menos hombres, Cedillo se mov�a sigilosamente, esperando resistir hasta el a�o de 1940. Desde la sierra intentar�a tener una presencia simb�lica hasta que llegaran mejores tiempos que le permitieran retornar.
El 11 de enero de 1939 cay� herido de muerte; hab�a sido traicionado: alguien delat� su paradero a una partida del ej�rcito federal. Este �ltimo cap�tulo de su vida pareci� borrar los primeros, los que lo describen en la misma tierra de Zapata y de Villa. Desde meses antes de su muerte su poder hab�a sido fracturado. Romana Falc�n se�ala: "Las autoridades centrales purgaron inmediatamente de cedillistas al gobierno estatal. La acci�n se inici� el mismo 18 [de mayo] y afect� hasta los carteros, pasando desde luego por la legislatura, los ayuntamientos, la burocracia, la polic�a, los militares y en general todo el personal pol�tico administrativo [...] C�rdenas intervino en la designaci�n del nuevo personal".
Las nuevas demarcaciones del poder pol�tico en el estado estaban definidas. Comenzaba tambi�n un lento tr�nsito que iba a modificar los centros de gravedad de las tomas de decisiones fundamentales: del medio rural al medio urbano; de peque�os propietarios agr�colas, jornaleros, ejidatarios a sectores medios de la ciudad: profesionistas, comerciantes, peque�os y medianos industriales, estudiantes, amas de casa y obreros. Ese tr�nsito tambi�n era generacional y ocurr�a dentro de un proceso de centralizaci�n pol�tica y de institucionalizaci�n autoritaria. Gonzalo N. Santos ocup� el lugar dejado por Saturnino Cedillo y represent� ese periodo de desplazamiento que exig�a un nuevo lenguaje pol�tico.