La Iglesia cat�lica fue una parte muy importante en la organizaci�n social y pol�tica del imperio espa�ol, y en no pocas ocasiones desempe�� tambi�n funciones econ�micas. El gobierno espa�ol impuls� la organizaci�n de la Iglesia en los territorios colonizados, tanto entre los indios como entre los pobladores no ind�genas. Durante el siglo XVI
fue muy d�bil la organizaci�n eclesi�stica en el noroeste y s�lo hasta la �ltima d�cada llegaron los jesuitas a fundar las misiones. En estas provincias el firme establecimiento de la Iglesia aconteci� en el siglo XVII
tanto entre los indios por medio de las misiones como entre los colonos por medio de las parroquias.
El responsable de la organizaci�n y funcionamiento de la Iglesia entre la poblaci�n no ind�gena era el obispo de la jurisdicci�n. Al principio, las provincias del noroeste pertenecieron al Obispado de Guadalajara que, adem�s de la Nueva Galicia, comprend�a los territorios del norte de Nueva Espa�a; era tal la extensi�n de la di�cesis que el obispo poco pod�a hacer para administrarla. Al fin de aminorar el problema, en 1620, el papa aprob� la erecci�n del obispado de Durango, que de hecho fue establecido el a�o siguiente cuando lleg� a la ciudad de Durango el obispo Gonzalo de Hermosillo y Rodr�guez. Las provincias del noroeste quedaron incluidas en esta di�cesis, incluso Culiac�n, aunque en lo pol�tico siguiera dependiendo de la Nueva Galicia.
Para la administraci�n eclesi�stica el territorio se divid�a en parroquias a cargo de un cura p�rroco, cuya principal funci�n era prestar servicios espirituales a la poblaci�n de su territorio parroquial, exceptuando a los indios de misi�n.
En la provincia de Sinaloa, los misioneros jesuitas ejercieron funciones de p�rrocos de los colonos, y s�lo hasta 1685 se cre� la parroquia de �lamos para la atenci�n de la ya crecida poblaci�n del real de minas. En la villa de San Miguel de Culiac�n hubo un cura p�rroco desde el siglo XVI
y continu� durante el XVII.
En la parte serrana de la provincia de Culiac�n los misioneros jesuitas atend�an a los colonos, y en 1602 se erigi� la parroquia de Cosal�. En las tres provincias de Copala, Maloya y El Rosario hubo por a�os una sola parroquia en la villa de San Sebastian, cuyo p�rroco y sacerdotes auxiliares visitaban las comunidades de la zona. M�s tarde, en 1660, se cre� la parroquia de El Rosario. Aunque formalmente qued� establecida la iglesia diocesana, de hecho su presencia entre los colonos fue d�bil, debido a los pocos cl�rigos y a la dispersi�n de las comunidades que deb�an atender.