Como secuela de la permanente discusi�n entre liberales y conservadores, entre 1846 y 1866 el estado vio interrumpido su transcurrir, porque qued� en la mira de los dos grandes invasores del siglo; primero los Estados Unidos, con su ambici�n expansionista, y despu�s Francia, con su ef�mero sue�o de construir un imperio en ultramar.
Aunque Tabasco se encontraba lejos de lo que ser�a el punto de mayor atracci�n para los invasores estadounidenses, �stos buscaron interrumpir el comercio entre ese estado y Yucat�n, lo cual fue posible porque tomaron posiciones en el puerto de Veracruz despu�s del descalabro sufrido en Alvarado. As�, el 21 de octubre de 1846 se encontraron en la desembocadura del Grijalva los barcos de la escuadrilla al mando del comodoro Mathew C. Perry, compuesta por los vapores Mississipi y Vixen, y por las goletas Bonita, Reefer y Nonata. Conduciendo a varias centenas de soldados, se apoderaron de Frontera dos d�as despu�s, y cuando la flotilla fue avizorada desde San Juan Bautista, el gobernador Juan Bautista Traconis hizo todos los preparativos para rechazarla.
Cuentan que cuando una bala de ca��n parti� por la mitad el asta de la bandera, �sta se vino abajo, por lo que el fuego ces� de inmediato; un comisionado de Perry se present� ante los defensores para indagar si eso significaba la rendici�n. Seg�n uno de los veteranos de esa guerra, expone Gil y S�enz, Traconis respondi�:
...diga Ud. al Sr. Comodoro Perry, que la plaza no se rinde ni se rendir� jam�s; que por azar la bandera se ha venido abajo; que no tengo otra asta para tremolarla de nuevo, pero que la voy a fijar en la torre de la iglesia, que por fortuna tengo tan cerca; que se lo aviso para que si quiere dirigir sus fuegos sobre dicha torre, lo haga, con la seguridad de que, o soy muerto en aquel sitio o pongo la bandera de mi patria en la cruz de hierro que est� en el remate de la torre.
Los invasores no lograron tomar la capital, pero dejaron dos buques en Frontera, con lo que el estado permaneci� asediado por varios meses. Mientras tanto, un nuevo movimiento pol�tico se realizaba con el nombramiento de Justo Santa Anna como gobernador, ante la renuncia "forzada" del comandante de la plaza. Como acus� a Traconis de desp�tico y usurpador, �ste lo ret� a duelo, que pudo evitarse gracias a la intervenci�n de los amigos. En junio de 1847 San Juan Bautista volvi� a ser blanco del fuego, esta vez de los vapores Scorpi�n, Spit Fire y Washington, la bombardera Etna y los bergantines Vesubio y Stromboli; conducidos tambi�n por Perry. En esta ocasi�n la ciudad capital cay�, y permaneci� durante 35 d�as en poder de los invasores. Cuando el comandante estadunidense abandon� la ciudad, dej� en su guarnici�n 420 hombres al mando de un gobernador provisional y sali� para Frontera. Las guerrillas tabasque�as no dejaron ni a sol ni a sombra a los agresores y el transcurrir de la vida se alter�, y de acuerdo con la s�ntesis realizada en Tabasco. Textos de su historia, Di�genes L�pez Reyes cont�:
En vista de que el comercio en su mayor parte cerr� sus establecimientos mercantiles, el invasor los oblig� a abrir y muchos tuvieron que forzar las puertas y candados. Los campesinos no llevaban sus frutas, aves, pescados, leche, etc., como lo acostumbraban para abastecer su ciudad, lleg�ndose a padecer grandemente por falta de bastimentos.
Como consecuencia de esa guerra, y por las torpezas del presidente Santa Anna respecto de los territorios de Texas y de la Alta California, M�xico perdi� m�s de la mitad de su territorio, pero finalmente la paz lleg� con los Tratados de Guadalupe Hidalgo, firmados el 28 de febrero de 1848. De Tabasco, los invasores se fueron como llegaron, pero su salida estuvo asociada a un fuerte contrabando de cacao, que sacaron del estado subrepticiamente escudados en las fragatas de guerra.
Terminado en 1846 el periodo de las constituciones centralistas, se restableci� la vigencia de la de 1824; y en Tabasco se expidi� la tercera Constituci�n, el 13 de agosto de 1850, que reafirmaba la convicci�n de que el gobierno ser�a republicano, representativo y popular. Debido a la reciente invasi�n, iniciaba declarando:
El Estado de Tabasco es libre e independiente de toda otra potencia, y de los dem�s Estados Unidos de la Naci�n Mexicana, con los cuales conservar� las relaciones que establece la confederaci�n nacional de todos ellos.
Hab�a suficientes razones para suponer debilitado el gobierno de L�pez de Santa Anna, pero a�n contaba con simpatizantes. Sin embargo, los problemas llegaron al l�mite cuando el 1� de marzo de 1854 surgi� la Revoluci�n de Ayutla, encabezada por Juan �lvarez, el viejo insurgente que buscaba elegir un presidente interino y convocar a un Congreso que diera al pa�s la organizaci�n de Rep�blica representativa y popular. En Tabasco, Victoriano Due�as, del pueblo de Jalpa, se levant� inmediatamente en armas apoyando el plan de esa revoluci�n; aunque su liderazgo no result� plenamente aceptado y su elecci�n fue dif�cil, con el fin de lograr la paz, ofreci� garant�as, as� como seguridades personales y de intereses a todos los tabasque�os.
El 5 de febrero de 1857 se proclam� la nueva Constituci�n, eminentemente liberal, que incluy� algunas de las Leyes de Reforma proclamadas en los a�os previos, con la presidencia del capit�n Ignacio Comonfort, quien cont� con el licenciado Benito Ju�rez en la Suprema Corte de Justicia.
En Tabasco, la nueva Carta Magna fue jurada el 5 de abril, y un mes m�s tarde se realiz� la elecci�n de Victoriano Due�as, quien con visi�n apoy� el Plan de Ayutla. Posteriormente cont� con la ayuda del presidente de la Suprema Corte para hacerse de una posici�n s�lida en San Juan Bautista. El pa�s pronto ser�a sorprendido con una especie de dualidad de poderes, porque el 11 de enero de 1858 F�lix Zuloaga era designado presidente en la capital de la Rep�blica que, mientras Benito Ju�rez se proclamaba presidente desde el estado de Guanajuato. En Tabasco se reflej� esa situaci�n porque coexistieron dos gobernadores, y no fue sino hasta despu�s de vencer muchos problemas cuando Due�as logr� retomar San Juan Bautista el 8 de noviembre de 1858.
La guerra continu�, y apenas tres a�os despu�s la Armada Tripartita, compuesta por ingleses, espa�oles y franceses tomaba las playas veracruzanas con el fin de cobrar los adeudos de pr�stamos, cuyos pagos Ju�rez hab�a suspendido; pero, sobre todo, el objetivo era lograr posiciones en ultramar para Napole�n III llamado el Peque�o este inter�s llev� a los otros pa�ses, en violaci�n de los acuerdos preliminares de La Soledad, a una aventura que costar�a muchas vidas. Para 1862, las tropas francesas hab�an conquistado algunas posiciones, pese a los continuos ataques de los guerrilleros. Los tabasque�os pronto se aprestaron a la defensa de su territorio cuando conocieron los avances de los invasores, quienes ya hab�an tomado Alvarado y Tlacotalpan en diciembre de ese a�o. El 7 de enero de 1863, las tropas del conde de Lorencez se posesionaron del puerto de Veracruz como parte de una estrategia destinada a apoyar la instauraci�n del Imperio, ofrecido a Maximiliano, de la casa austriaca de los Habsburgo.
El buque de guerra Darien, como otrora los barcos estadounidenses, fonde� frente a la poblaci�n de Frontera. El 9 de marzo de ese a�o el ayuntamiento se reuni� para tomar una decisi�n, seg�n report� un testigo:
Que hace como quince o veinte d�as que tenemos situado en la barra un vapor de guerra franc�s que ha establecido el bloqueo y hasta la fecha ha conducido para el Carmen tres buques que ven�an dirigidos a este puerto: Que �ltimamente ha sabido por unos se�ores que vinieron de Laguna, que el d�a nueve o diez del presente, deb�an venir algunos lanchones y ca�oneras con el fin de invadir esta Villa.
El 18 de junio lleg� a aguas tabasque�as un vapor procedente de Laguna del Carmen con 80 hombres a bordo comandados por Eduardo Gonzalo Ar�valo, de origen espa�ol. Les llamaron los "colorados" porque llevaban uniforme de chaquet�n rojo. Despu�s de bombardear durante varias horas lograron desembarcar y tomar la capital. Ar�valo trat� de llegar a alg�n acuerdo con el gobernador Due�as, pero �ste no acept� y decidi� marchar con su Batall�n Ju�rez rumbo a la regi�n de la Sierra, para evitar la destrucci�n de San Juan Bautista.
Don Gregorio M�ndez, de Comalcalco, estar�a destinado a ser una de las figuras paradigm�ticas de la resistencia a la invasi�n francesa, porque tuvo la capacidad y la inteligencia para hacerle frente, a pesar de que todos ve�an en �l solamente al comerciante en peque�o, propietario de "La flor comalcalque�a", y al profesor de m�sica interesado en formar una banda y en difundir sus ense�anzas. Sus actividades lo llevaron a coincidir con el coronel de la Chontalpa, Andr�s S�nchez Magallanes, y juntos se propusieron rebelarse en los primeros d�as de octubre de 1863 contra Ar�valo y las autoridades nombradas por �l. Lino Merino se levant� en Tacotalpa, y los hermanos Rosario y Jos� Mar�a Bastar en Teapa. En Macuspana, Comalcalco y Cunduac�n fueron tomando posiciones los republicanos. A este �ltimo lugar lleg� M�ndez el 29 de octubre, despu�s se uni� a las tropas de S�nchez Magallanes y juntos consiguieron la ca�da de Ar�valo en una emboscada en El Jahuactal; con esta victoria la Rep�blica se apunt� un triunfo significativo.
El avance sobre San Juan Bautista se hab�a iniciado. Despu�s de tomar los pueblos que encontraron a su paso, las tropas libertarias se fortalecieron. Para el 14 de enero se encontraron en Esquipulas y el 18 ocuparon la Plazuela del �guila, en el centro. Un mes despu�s, Gregorio M�ndez, coronel en jefe de la brigada de operaciones del estado, se dirigi� a "sus leales y valientes compa�eros" para agradecerles su participaci�n en la liberaci�n del estado:
Por fin, despu�s de tantos y tan nobles esfuerzos, de tan grandes y heroicos sacrificios, brilla la luz de la libertad para Tabasco; el enemigo, los aventureros y traidores, no pudiendo rendir ni cansar vuestra bravura, han tenido que retirarse, a pesar de sus vapores, de sus buques y lanchas de guerra, a pesar de los formidables atrincheramientos desde donde ha estado, hace hoy cuarenta y tres d�as, escombrada la capital del Estado.
El 27 de febrero de 1864 los franceses dejaron el suelo tabasque�o, aunque tuvieron el cuidado de controlar las recaudaciones de la aduana en la Barra de Frontera. Sin embargo, su aventura continu� en el resto del pa�s, y �ste no se ver�a librado de los invasores sino unos a�os despu�s. Todav�a cuando el 28 de mayo lleg� a playas mexicanas el archiduque Maximiliano declarado emperador de M�xico por los conservadores, acompa�ado de la bella archiduquesa Carlota, los representantes por el estado de Tabasco Justo F. Santa Anna, Eleuterio P�rez Andrade, Benito C. Sastr�, Manuel S�nchez M�rmol y Carlos Zepeda dieron a conocer una protesta que, entre otras cosas, dec�a:
El gran crimen est� consumado; la farsa intervencionista ha realizado el m�s descabellado de sus planes; el inicuo proyecto de una pol�tica obcecada y perversa, parece tocar ya a su t�rmino [...] Os anunciamos este gran suceso, con el coraz�n estremecido de indignaci�n [...] No necesit�is decirnos una palabra sobre lo que sent�s y pens�is de ese horrible atentado que perpetran en el suelo de la Patria la traici�n y la perfidia [...] El Archiduque Austriaco est� entre nosotros. Tanto mejor; as� podr� convencerse por sus propios ojos de que el pueblo mexicano detesta, con soberana detestaci�n, ese gran retroceso que se llama la monarqu�a [...] .
En 1866, Napole�n III retir� sus tropas dejando a Maximiliano a la deriva en un pa�s que nunca entendi�, y en junio de 1867 los liberales lograron vencer a los partidarios del Imperio. Ju�rez fue restablecido como presidente y Sebasti�n Lerdo de Tejada fue electo presidente de la Suprema Corte y, por lo tanto, vicepresidente de la Rep�blica. A los grupos de juaristas y lerdistas se agregaba uno que respond�a al liderazgo de otra persona destacada en las operaciones de guerra contra la intervenci�n: los adictos al coronel Porfirio D�az. En Tabasco se convoc� a elecciones, en las cuales Felipe de Jes�s Serra fue declarado triunfador; el general M�ndez, en tanto que gobernador y comandante militar, le transfiri� el mando el 1� de enero de 1868.
Hubo, sin embargo, nuevos conflictos locales, como el levantamiento del teniente coronel Eduardo R. Bastar Zozaya. Patriota juarista y jefe de la Brigada Zaragoza, se distingui� en el asalto al Principal, en lo que los tabasque�os consideraron la epopeya del 27 de febrero del a�o contra el gobernador Serra. Otros movimientos alteraron la tranquilidad, pero ya no resultaron tan significativos para la historia local.
Luego vino la reelecci�n de Ju�rez y el levantamiento de D�az, quien con la bandera de la No reelecci�n se le opuso por medio del Plan de la Noria. Al morir el l�der de la Reforma el 18 de julio de 1872, Lerdo asumi� la presidencia de la Rep�blica por cuatro a�os y el pa�s conoci� una paz precaria que fue interrumpida cuando trat� de reelegirse. Con la proclama del Plan de Tuxtepec, D�az enarbol� su antigua consigna de respeto a la Constituci�n de 1857, obteniendo el �xito que no logr� cuando lo intent� contra el prestigio de Ju�rez.
Despu�s de vencer a las fuerzas defensoras del gobierno de Lerdo, el 23 de noviembre de 1876 D�az entr� triunfante en la ciudad de M�xico. Tres meses despu�s asumi� provisionalmente la presidencia de la Rep�blica y el 5 de mayo de 1877 inaugur� su primer gobierno constitucional. M�xico comenzaba un periodo de estabilidad pol�tica y de paz cuando el r�gimen logr� imponer orden, aun en las regiones m�s apartadas del pa�s, bajo el esquema de una concentraci�n pol�tico-administrativa. Sim�n Sarlat Nova fue elegido gobernador de Tabasco el 1� de julio de 1877. Con la etapa que terminaba, caracterizada por el desorden pol�tico y la inmadurez de las instituciones, Tabasco hab�a tenido aproximadamente 150 gobernadores, en el transcurso de su vida independiente, sin dejar de considerar que varios de ellos ocuparon el cargo en repetidas ocasiones.
A pesar de todo, en aquel violento periodo Tabasco se convirti� en Estado Soberano
e Independiente y se integr� al sistema pol�tico republicano, representativo
y federal. Se consagr� en su territorio la abolici�n de la esclavitud y se establecieron
las libertades de los ciudadanos, y se reglamentaron las elecciones para los
poderes estatales, la creaci�n de los ayuntamientos, la regulaci�n de las funciones
de los jefes pol�ticos y las rentas particulares del estado.