A finales de octubre de 1829 Yucat�n se sustrajo a la federaci�n con un r�pido triunfo del centralismo cuando, por medio del Plan de Jalapa, Anastasio Bustamante desconoci� la presidencia del general Vicente Guerrero. En Tabasco los diputados reafirmaron su fidelidad al sistema federal, pero los enemigos de Ruiz de la Pe�a se adhirieron a ese plan; Santiago Duque de Estrada y Sebasti�n L�pez Llergo ingresaron al estado encabezando un ej�rcito de 300 campechanos, en lo que se llam� la primera invasi�n de los chenes, al comienzo de 1830. Sin embargo, Francisco Puich, con la milicia armada local, la Compa��a de Dragones y la Primera Compa��a Activa, retom� San Juan Bautista y sus partidarios recuperaron Cunduac�n y Huimanguillo.
La escasez de presupuesto para cubrir los gastos de las tropas y los temores de un nuevo derramamiento de sangre fueron suficientes para dar al Ejecutivo facultades m�s extensas. Debido a los odios que la medida despert�, Jos� Antonio Arce, gobernador de Tabasco, pidi� al Congreso el cese de dichas facultades. En un discurso pronunciado el 21 de enero de 1830, aludi� al estremecimiento de la m�quina pol�tica por las agitaciones en los estados de Yucat�n y de Tabasco como consecuencia de la criminal declaraci�n del centralismo. Dec�a que:
El pronunciamiento del ej�rcito de reserva en la Villa de Jalapa y los movimientos consiguientes en la Capital de la Rep�blica y de algunos estados, hicieron subir de punto los temores y nadie dudaba de que la sangre de los mexicanos iba a derramarse a torrentes a la vista de tama�as ocurrencias; pero el supremo de los seres, que vela constantemente sobre la conservaci�n y buen nombre de la naci�n mexicana, en los mismos momentos en que parec�a que iba a hundirse en el abismo de su ruina, hizo cambiar del modo m�s portentoso la tremenda borrasca que la amenazaba...
En respuesta, Ignacio Garc�a de la Mora, presidente de la Asamblea, se expres� as� ante la posibilidad de una guerra civil, seg�n documentos del ramo de Gobernaci�n: "El Congreso se complace de la firmeza heroica con que su diputaci�n permanente sigui� el sendero constitucional en los momentos m�s apurados: aprecia mucho la majestuosa serenidad del poder judicial y considera los compromisos en que se hall� el ejecutivo". Y terminaba tajante: "... Quede pues abolido el funesto esp�ritu de divisi�n entre los hijos de un mismo suelo que prefieren el cruel suplicio a la servidumbre". El Congreso ratific� "sostener a todo trance la integridad de la constituci�n federal".
San Juan Bautista, capital del estado y elevada al rango de ciudad desde el 27 de octubre de 1826, fue sorprendida el 29 de marzo de 1830, y su cuartel fue tomado por "un perverso enemigo extranjero", haciendo varios prisioneros, que por fortuna fueron r�pidamente puestos en libertad. Las villas de Tacotalpa, Jalapa y Teapa —donde se estableci� la capital— se propusieron defender el sistema federal; para lo cual acordaron facilitar recursos al gobierno, con el prop�sito de conservar la integridad del territorio y repeler a las fuerzas invasoras; de no transigir con el caudillo centralista y "prestar el cuello al yugo antes de caer en una vergonzosa tiran�a".
Anastasio Bustamante, como vicepresidente, expidi� un decreto del Congreso, firmado, entre otros, por el cura tabasque�o Jos� Mar�a Alpuche e Infante, y alusivo a la situaci�n en las provincias que �ste representaba:
En las providencias que se tomen para restituir a los estados de Yucat�n y Tabasco al sistema Federal, no se causar�a perjuicio alguno a los comprometidos con ellos, por la conducta pol�tica que hayan observado desde el pronunciamiento hasta la vuelta al orden constitucional...
Pese a tal preocupaci�n, Bustamante ocup� la presidencia de la Rep�blica con tendencias claramente centralistas en agosto de 1830 y, aun con las divisiones internas en Tabasco, las elecciones de 1831 se realizaron para darle el triunfo a Rovirosa, quien el 15 de noviembre de ese mismo a�o hizo que la Legislatura del estado proclamara una nueva Constituci�n pol�tica, reformando la de 1825. Se inici� desde entonces un juego de relevos en el que se alternaron gobiernos simpatizantes del centralismo y del federalismo.
Cuando el levantamiento general de Antonio L�pez de Santa Anna depuso a Bustamante, los seguidores de �ste en Tabasco presenciaron de nuevo la intervenci�n por parte de Yucat�n y de 500 hombres de la guarnici�n de Campeche al mando de Jos� del Rosario Gil y de Manuel Lara Bonifaz, en lo que se llam� la segunda invasi�n de los chenes. Los invasores fueron derrotados y Rovirosa volvi� al gobierno, donde permaneci� hasta su muerte, ocurrida el 26 de septiembre de 1832. Entonces los liberales, con Manuel Buelta como gobernador, recuperaron el poder en el estado.
No es extra�o que en medio de tanta trifulca, y debido probablemente a las diferencias con el Yucat�n de tendencia centralista, el Congreso del estado de Tabasco promulgara, por medio del Decreto 24, la separaci�n del ramo eclesi�stico que depend�a de la sede episcopal de M�rida el 29 de febrero de 1829. Sin embargo, considerando que dicho Congreso no ten�a todas las facultades necesarias para emitir un decreto de tal envergadura, se propuso que dicho documento fuera redactado como iniciativa de las C�maras de la Uni�n.
Entre los aspectos fundamentales del decreto, de acuerdo con el mismo ramo de Gobernaci�n, se establec�a que Tabasco quedaba libre e independiente, en la parte de la administraci�n eclesi�stica, de la autoridad y el poder de Yucat�n. Adem�s, se establec�a que en Tabasco habr�a un vicario general y un teniente vicario, y propon�a para ocupar dichos cargos a Jos� Eugenio Quiroga y a Jos� Mar�a Alpuche e Infante. Asimismo, el gobernador tendr�a en exclusiva la provisi�n de los empleos eclesi�sticos. Los curatos interinos deb�an aportar a la tesorer�a general una tercera parte de la renta �ntegra perteneciente al p�rroco respectivo, para destinarla exclusivamente a la instrucci�n p�blica. Se nombrar�an mayordomos de f�brica para evitar los abusos cometidos con los fondos y caudales, que estar�an sujetos a la inspecci�n de los ayuntamientos. Se estableci� que los diezmos fueran impuestos a los pueblos para mantener el culto y a los ministros; que la junta de diezmos inspeccionara la recaudaci�n y aplicaci�n de los mismos, y que las actividades de dicha junta fueran normadas por una ley.
Sin embargo, el clero tabasque�o, compuesto principalmente por franciscanos y dominicos, alentaba al "gallinero" al ubicarse al lado de los centralistas, porque, seg�n explicaba el gobernador de Chiapas en 1832, "...todos son por instinto enemigos del actual orden de cosas y abusando del p�lpito y del confesionario, mueven el fanatismo a su placer".
La situaci�n en Tabasco, como el mismo Alpuche la calific�, era "an�rquica", y al gobierno de Buelta se le fue en sofocar levantamientos, como el de Evaristo S�nchez en San Antonio de los Naranjos, quien, derrotado, fue a refugiarse a Huimanguillo. Despu�s tuvo que expulsar del estado a los supuestos involucrados en el fallido intento de tomar la Casa Mata o de La P�lvora, entre ellos al c�nsul franc�s y a don Sim�n Sarlat Garc�a. Los diputados tuvieron que dirigirse luego a la capital del pa�s, denunciar la actuaci�n y pedir la destituci�n de Mart�nez de Lejarza, el comandante militar que hac�a de las suyas en el estado.
La conflictiva situaci�n pol�tica, as� como la inestabilidad militar causada por los continuos levantamientos con su secuela de muertos, heridos y hambruna, desencadenaron una epidemia de c�lera morbus que provoc� m�s de 4 000 decesos entre la poblaci�n tabasque�a. Las calles, plazas y mercados quedaron desolados; el silencio s�lo era interrumpido por los gritos de los dolientes, y la �nica botica, propiedad del doctor Francisco Corroy, no se daba abasto para atender a los enfermos quienes buscaban todo tipo de medicamentos, como infusiones de calahuala, huaco, cortezas de guayaba y cocohite, �rnica y palo mulato. Durante m�s de seis meses los pobladores se familiarizaron con las banderitas amarillas que marcaban las casas de los enfermos, negras donde hab�a muertos y blancas para los sanos.
En su Viaje pintoresco y arqueol�gico en la Provincia de Yucat�n, Federico de Waldeck narr� las dificultades que tuvo al tratar de ayudar a la poblaci�n tabasque�a, as� como los problemas que enfrent� cuando busc� salir del territorio de la epidemia en la primera semana del mes de diciembre de 1833:
Al pasar delante del fuerte Pedraza, supimos que el c�lera desolaba Frontera y toda la provincia; sin embargo desembarcamos en este pueblo. Ni un aduanero asisti� a nuestro desembarque; el terror deten�a en su casa a los mismos individuos a quienes su profesi�n obligaba a un servicio p�blico. Las calles estaban desiertas y silenciosas; el espanto y la desesperaci�n hac�an mudo a este pobre burgo al que la plaga visitaba de un modo inopinado y cuya poblaci�n segaba despiadadamente.
Y aun en medio de tanta desolaci�n, los problemas pol�ticos no tuvieron tregua. El 25 de marzo se supo que el ex inspector Maldonado atacar�a San Juan Bautista; como pudieron, sus habitantes se parapetaron en las construcciones m�s resistentes, y al d�a siguiente el agresor se encontraba dominando el barrio de Esquipulas a medio tiro de ca��n de la ciudad, con el consabido p�nico de los pobladores. Mariano Mart�nez, el comandante de armas, ofreci� dimitir si Maldonado y su gente se retiraban, lo cual no sucedi�, y el ataque dio comienzo. Ese mi�rcoles santo de 1834 las tropas agresoras perdieron la batalla por errores estrat�gicos. Se retiraron a Huimanguillo para intentar atacar de nuevo el d�a 28, pero un nuevo brote de c�lera los disuadi�.
Los ires y venires de los centralistas y federalistas en el �mbito nacional, as� como las salidas y llegadas de Santa Anna al poder, influyeron definitivamente en la organizaci�n pol�tica de Tabasco, aunque quiz� no operaron de manera tan n�tida los grupos que se identificaban con una y otra facci�n. Sin embargo continuaron conspirando en favor de los primeros Evaristo S�nchez y los hermanos Manuel y Eugenio Llergo. Santa Anna volvi� a la presidencia de la Rep�blica, y por medio del Plan de Cuernavaca dio el r�quiem al federalismo; con el lema de "religi�n y fueros" cancel� las iniciativas de Valent�n G�mez Far�as, y disolvi� el Congreso cuando en Tabasco resultaron electos Narciso Santa Mar�a y Eduardo Correa como gobernador y vicegobernador, respectivamente. Asimismo, los diputados electos demostraron la orientaci�n que prevalecer�a, porque todos eran connotados partidarios del centralismo, como Santiago Duque de Estrada, Vicente Gonz�lez, Sim�n Sarlat Garc�a y Juan Medrano.
El 8 de noviembre de 1834 el gobernador fue facultado por el Congreso del Estado para negociar un pr�stamo y sufragar los gastos de 800 pesos para su marcha a Chiapas, a cuenta, como en otros casos de expediciones militares, del adeudo a la federaci�n. El gasto militar se impon�a y poco importaba que no fluyeran los recursos hacia la poblaci�n para atacar la epidemia de c�lera que acab� con tantas vidas humanas. Por lo dem�s, hab�a escasez de alimentos, de modo que el gobierno estatal acept� de nuevo la introducci�n de v�veres comprados en el extranjero, lo que no se practicaba desde la prohibici�n impuesta luego de la Independencia.
La orientaci�n militar del gasto buscaba poner fin a los continuos enfrentamientos contra ese estado, protagonizados a veces por centralistas y en ocasiones por federalistas para, desde su territorio, incitar los levantamientos de Huimanguillo. El gobierno tambi�n inform� en diferentes ocasiones de las deserciones, que fueron castigadas retirando a los militares "por haber hecho armas contra el Estado". Incluso lleg� a dar las listas de oficiales, tropa y ciudadanos que participaron el 26 de marzo de ese a�o en los actos para repeler a la tropa venida de Huimanguillo.
A�n otro acontecimiento levantar�a los �nimos de los tabasque�os en favor de las armas. Se trataba del problema de Texas, provocado en gran parte por la prepotencia del presidente de la Rep�blica. A finales de septiembre de 1835 la Secretar�a de Relaciones Exteriores envi� circulares a los gobernadores y jefes pol�ticos del pa�s pidi�ndoles que conservaran la calma frente al alzamiento de los colonos en Texas. El coronel Orihuela respondi� desde Tabasco poni�ndose a las �rdenes para la campa�a contra aquel departamento y ofreciendo 800 hombres. Pero no fue sino hasta el a�o siguiente cuando, unidos, Cunduac�n y Comalcalco formaron la Compa��a de los Voluntarios de la Patria, que se puso a las �rdenes del comandante Ignacio Guti�rrez para hacer frente a quienes pretend�an desmembrar el territorio de la patria.
Cuando entre 1835 y 1836 se publicaron las Siete Leyes que fundamentaban el r�gimen centralista y organizaban a la Rep�blica en departamentos, distritos y partidos, las simpat�as por esa facci�n se afianzaron. Ello provoc� que disminuyera la fuerza del gobernador Santa Mar�a y se reforzara la tendencia del comandante y general Joaqu�n Orihuela. La situaci�n respond�a tambi�n a una ley emitida por el Congreso de la Uni�n el 31 de julio de 1835, mediante la cual se redujeron las milicias de lo estados que hab�an fungido como el brazo armado de los gobiernos estatales.
Eduardo Correa, quien hab�a sido vicegobernador durante el gobierno de Santa Mar�a, sustituy� a Orihuela, y a la muerte de �ste el comandante Ignacio Guti�rrez, apoyado en los Tratados de Tacubaya, tom� el poder luego de entrar en Tabasco el 10 de junio de 1836, para ser nombrado m�s adelante, el 15 de mayo del a�o siguiente, gobernador del departamento de Tabasco, cuando Bustamante era de nuevo presidente y Santa Anna se encontraba refugiado en su hacienda de Manga de Clavo.
Durante el gobierno de Guti�rrez se mantuvo cierta calma, pero no tanta, en cuanto que el cura Jos� Mar�a Alpuche e Infante tuvo que salir de Cunduac�n y de la Rep�blica a causa de la cruel persecuci�n militar en su contra. En febrero de 1837 se dirigi� al presidente solicitando garant�as para su regreso a M�xico. Lleg� al puerto de Tampico en la barca Anselmo, pero se impidi� su desembarco por s�lo unos d�as. Al parecer fue expulsado por Santa Anna, y su salida tuvo que ver con los desacuerdos con la mitra yucateca, que en connivencia con la metropolitana "... intentaron alucinar a este Gobierno y a la naci�n dando el testimonio m�s aut�ntico de mala fe, y de la m�s corrompida moral p�blica".
Alpuche e Infante negaba tener participaci�n en el hecho de que cuando fue presidente del Senado en 1834 se declar� vacante la mitra de Yucat�n; entonces lo declararon "cism�tico y sedicioso". Pese a los numerosos oficios en los que reclam� sus derechos y fij� su posici�n frente a la di�cesis en cuesti�n, pese a sus entradas y salidas del pa�s —que le hicieron viajar por Portugal, Texas y Nueva Orle�ns— Alpuche concluy� en una carta del 16 de noviembre de 1833, localizada en el ramo Justicia Eclesi�stica: "desclerigado, vend� sotana y compr� espada como ordena el evangelio para atacar de frente, y por las v�as legales al despotismo del alto clero".
Los federalistas intentaron de nuevo tomar posiciones en el estado cuando en todo el pa�s surgieron protestas contra el nuevo orden. En Yucat�n hubo pronunciamientos desde 1839, y en 1840 volvi� a separarse de la Rep�blica mientras no se restableciera el r�gimen federal. En ese mismo a�o continuaba en Tabasco el gobierno f�rreo y personalista de Guti�rrez cuando aparecieron acaudillando la revoluci�n federalista Fernando Nicol�s Maldonado, Francisco de Sentmanat y Juan Pablo Anaya. Despu�s de algunos descalabros, el �ltimo logr� llegar a San Juan Bautista en la goleta General Mej�a y el bergant�n Im�n, y tom� la plaza. Convoc� inmediatamente a formar la Junta Restauradora del Federalismo para nombrar un gobierno provisional que pudiera llamar a elecciones conforme la Constituci�n estatal de 1831.
El 13 febrero de 1841 el Congreso tabasque�o decidi� separarse de la Rep�blica mientras �sta estuviese en manos de los centralistas, y el 3 de septiembre anex� a su territorio el cant�n de Huimanguillo, que pertenec�a a Veracruz, convirti�ndolo en departamento. Algo similar har�a tambi�n respecto al de Pichucalco, que estaba adscrito a Chiapas. Hacia finales del a�o el gobernador Francisco D�az del Castillo y el comandante de las armas, Francisco de Sentmanat, tuvieron que recibir a un comisionado de Santa Anna para resolver las controversias. Como consecuencia de esta negociaci�n se estableci� un nuevo gobierno en el estado, encabezado por Justo Santa Anna, y, luego de devolver Huimanguillo a Veracruz, el 14 de noviembre Tabasco se reintegr� a M�xico.
Sin embargo, ni las Bases de Tacubaya ni el establecimiento de una junta departamental lograron poner fin a los conflictos. �sta envi� una terna al presidente de la Rep�blica para que nombrara gobernador, pero �ste la hizo a un lado y prefiri� otorgar el cargo a Sentmanat. Los federalistas volvieron a tomar posiciones en el pa�s, y en 1842 se reuni� el Congreso Constituyente de M�xico para elaborar un proyecto de Constituci�n con tendencias liberales, pero sin lograr ning�n avance.
El nuevo gobernador no continu� mucho tiempo en el cargo, por razones no muy
claras; aunque probablemente compart�a algunas ideas con los liberales, tuvo
que abandonar el territorio, asediado por las tropas del general en jefe de
Yucat�n, Pedro de Ampudia. Corri� el rumor en Tabasco de que sus fuerzas padec�an
del v�mito negro, y el gobernador se sum� al temor del pueblo. Por disposiciones
del supremo gobierno, 2 500 hombres desembarcaron en San Juan Bautista en 1843,
sin que aparentemente hubiese alguna explicaci�n. Sentmanat huy� e intent� rehacer
su ej�rcito, solicitando apoyo en los estados vecinos, incluso en La Habana
y Nueva Orle�ns. Volvi� con unos cuantos pertrechos para morir finalmente ejecutado
con 38 de sus hombres en junio de 1844. Santa Arma termin� por imponer sus decisiones
y por mucho tiempo Tabasco no encontr� la tranquilidad.
