La alianza hispano-tlaxcalteca surgida en la etapa de conquista militar, as� como la lealtad jurada al rey de Espa�a como suprema autoridad de Tlaxcala, fueron factores decisivos para que �sta tuviera una administraci�n pol�tica y de gobierno privilegiada, en comparaci�n con el resto del virreinato. La organizaci�n ind�gena tradicional fue respetada en gran medida, aunque se combin� con algunas formas de gobierno castellanas. Desde muy temprano se instituy� el cabildo como m�xima autoridad, pero otorg�ndole el derecho de que quedara compuesto exclusivamente por ind�genas tlaxcaltecas. Tambi�n se cre� el cargo de gobernador indio y el de gobernador espa�ol, aunque la autoridad de ambos era muy limitada; casi nada pod�an hacer sin la colaboraci�n del cabildo, salvo ciertas excepciones. Ambas autoridades tuvieron como lugar de residencia dos bellos edificios en la plaza central de la reci�n fundada ciudad de Tlaxcala, los mismos que hoy en d�a siguen albergando a algunos poderes p�blicos de la entidad.
Como una gran prerrogativa, los tlaxcaltecas depend�an directamente del rey, y a esta alta instancia de gobierno ten�an derecho de apelar sin que mediara ninguna otra autoridad de la pen�nsula ib�rica ni de la colonia novohispana. Esto es, Tlaxcala era una "poblaci�n realenga". Con base en las ordenanzas promulgadas por la Corona en 1545 se consolid� jur�dicamente la organizaci�n pol�tico-administrativa y territorial de Tlaxcala, y, en lo sustancial, con esa misma estructura permaneci� el resto del periodo virreinal, lo cual dio al pueblo tlaxcalteca una s�lida cohesi�n, una prolongada permanencia y un alto grado de autonom�a.
Todo el conjunto de pueblos y se�or�os de la antigua Tlaxcallan quedaron unificados dentro de una entidad pol�tico-administrativa a la que se denomin� Provincia de Tlaxcala, una "rep�blica de indios" gobernada por el cabildo de su ciudad capital. �sta, que recibi� el mismo nombre que el de la provincia en su conjunto, fue fundada en 1525 por disposici�n del papa Clemente VII en una planicie hasta entonces casi deshabitada, en la ribera izquierda del r�o Zahuapan, muy cerca de donde se encontraban las cabeceras de los cuatros principales se�or�os ind�genas. A diferencia de otras ciudades que comenzaban a surgir en la Nueva Espa�a, la de Tlaxcala no fue construida sobre los restos de un centro prehisp�nico.
Los l�mites territoriales de la provincia fueron mucho m�s definidos que lo acostumbrado en el mundo prehisp�nico para establecer fronteras, y tambi�n fueron un poco m�s amplios de los que Tlaxcala pose�a en la �poca anterior. Sin embargo, la delimitaci�n no fue lo suficientemente precisa como para evitar problemas. Durante todo el periodo colonial los linderos entre Tlaxcala y Puebla fueron objeto de constantes conflictos, ya que los poblanos acusaban a los tlaxcaltecas de aprovecharse de sus prerrogativas regias para expandir sus fronteras. El problema continu� hasta finales del siglo XIX, cuando por fin el gobierno federal estableci� los l�mites precisos de la entidad.
El cabildo de Tlaxcala estaba conformado en igual n�mero por miembros de los cuatro principales se�or�os: Ocotelulco, Tizatl�n, Quiahuiztl�n y Tepeticpac; los tlahtoque o caciques de los mismos eran reconocidos como regidores vitalicios, y la gubernatura india tocaba de manera rotativa a cada una de estas cabeceras, primero por periodos de dos a�os, y a partir de 1591 de manera anual. El gobernador indio y los que ocupaban algunos otros cargos de car�cter temporal eran seleccionados por medio de un cuerpo de electores compuesto por 220 personas, que por lo general eran los principales de los pueblos de indios. Los funcionarios de menor importancia, como alguaciles, mayordomos y recolectores de tributos, eran nombrados por el cabildo. Esta instituci�n de gobierno, si bien era de origen hispano, vino a fortalecer la estructura pol�tica y social de los antiguos se�or�os, al incorporar a los indios principales en cargos de similar importancia a los que ya ten�an antes de la llegada de los espa�oles. De esta manera, las casas se�oriales continuaron teniendo el control y la autoridad sobre tierras, trabajo y hombres de sus respectivos pueblos. En ello radic� sobre todo el car�cter de excepci�n que tuvo Tlaxcala en relaci�n con el resto de la Nueva Espa�a.
No obstante, esa estructura legal aparentemente arm�nica sufri� un proceso de descomposici�n desde el mismo siglo XVI. Algunos desajustes pudieron ser corregidos gracias a la s�lida base jur�dica en que descansaba el gobierno ind�gena; pero otros, al no poder ser frenados, produjeron cambios irremediables. Entre estos �ltimos, los m�s importantes se originaron por la paulatina p�rdida del monopolio de la nobleza ind�gena sobre las tierras y sobre los puestos de gobierno ante el sobrado inter�s de espa�oles, de indios macehuales y luego de mestizos por incidir y participar en estas dos esferas fundamentales. Los matrimonios con indias nobles fueron una importante puerta de acceso al poder y a la propiedad de la tierra para quienes antes no lo ten�an, al mismo tiempo que generaron cierto debilitamiento de las casas se�oriales. Uno de los casos m�s sonados al respecto fue el del se�or�o de Ocotelulco, que a fines del sigo XVI fue legado por v�a femenina a un hombre descendiente de la nobleza de Texcoco y ya no de Tlaxcala, y m�s tarde al yerno de �ste, que adem�s era mestizo. Este heredero fue Diego Mu�oz Camargo hijo, el cual tambi�n lleg� a ser, por ese conducto, gobernador de Tlaxcala.
El mismo efecto de descomposici�n sobre las casas se�oriales tuvo la intensa mortandad de indios como consecuencia de las innumerables epidemias, ya que al generarse una notable p�rdida en el valor y en el control de las tierras no trabajadas, muchos caciques decidieron rentarlas o venderlas a gente ajena a su estirpe, principalmente a los espa�oles, a pesar de las medidas que tom� el cabildo ind�gena para evitarlo.
Aun cuando la ley estipulaba que el gobernador indio deb�a ser elegido cada a�o por el cuerpo de electores, desde los inicios del siglo XVII varios fueron nombrados por el propio virrey, y no pocos permanecieron en el cargo por periodos muy prolongados, de hasta m�s de 20 a�os. Este tipo de intervenci�n estuvo motivada por la necesidad de garantizar una mejor recolecci�n de tributos, y por el deseo de frenar los casos de corrupci�n que se hab�an presentado entre las autoridades de la provincia, protagonizados principalmente por gobernadores indios. Sin embargo, esta medida virreinal no solucion� el problema, sino que, al contrario, en algunos casos lo empeor�, pues a la deshonestidad de ciertos gobernadores se sum� el enfrentamiento de �stos con el cabildo ind�gena.
Con el prop�sito de sanear la autoridad de Tlaxcala, el cabildo consigui� a principios de 1680 una real c�dula que prohib�a la reelecci�n de los gobernadores indios por m�s de dos a�os seguidos, los somet�a a juicio de residencia al final de su mandato y limitaba ese cargo a ind�genas puros y principales, no mestizos. Fue un intento para que el gobernador indio volviera a representar los intereses de los naturales de Tlaxcala y dejara de ser un mero agente fiscal del gobierno virreinal, as� como un socio favorito del gobernador espa�ol y de los m�s ambiciosos labradores hispanos de la provincia.
Otro esfuerzo de depuraci�n de los linajes ind�genas se dio en 1701, cuando nuevamente el cabildo consigui� una disposici�n real por medio de la cual s�lo los indios que demostraran ser principales tendr�an derecho al voto activo y pasivo en los altos cargos del gobierno provincial, adem�s de que ser�an los �nicos exentos de tributos. Sin embargo, para esas fechas, am�n de que los descendientes de los antiguos se�ores ya eran muy numerosos, resultaba dif�cil tener y comprobar pureza de sangre. Esta situaci�n se complicaba por el hecho de que la ciudad de Tlaxcala como tal, aunque era la sede de los poderes, no pose�a una nobleza propia, pues estaba gobernada por un cabildo compuesto por miembros procedentes de los antiguos se�or�os, cuya territorialidad no abarcaba a esta ciudad de fundaci�n colonial. El requerimiento administrativo de que ah� vivieran los indios principales que ocupaban puestos p�blicos deriv� con el tiempo en la costumbre de que buena parte de la nobleza ind�gena residiera precisamente en la capital, lo cual provoc� cierto desarraigo de las casas se�oriales.
La paulatina concentraci�n de la nobleza en la ciudad de Tlaxcala, las diversas crisis de autoridad por las que pasaron tanto el cabildo como la gubernatura india, adem�s de la reorganizaci�n que se present� en algunos pueblos a ra�z de la secularizaci�n de las parroquias eclesi�sticas (asunto que se ver� m�s adelante), originaron que muchos pueblos reafirmaran su poder local y que m�s de uno intentara su autonom�a frente al gobierno central. Este fen�meno se ligaba al hecho de que la legislaci�n virreinal conced�a la categor�a de pueblo a toda localidad que reuniera un m�nimo de 30 tributarios o familias, con lo cual ten�a derecho a terrenos de comunidad y a elegir a sus propias autoridades, incluyendo un alcalde; es decir, pod�a "formar rep�blica". De ah� que muchas de esas localidades, en especial durante el siglo XVIII, cuando hubo un incremento demogr�fico, buscaran convertirse oficialmente en pueblos para obtener cierta autonom�a pol�tica y econ�mica. A pesar de que no se rompieron del todo los lazos de dependencia que hab�a entre los pueblos de Tlaxcala y el cabildo de la ciudad, s� se mermaron, y en algunas ocasiones de manera considerable. Esto explica, en parte, por qu� durante el siglo XIX y aun durante el fuerte centralismo porfirista varios pueblos tlaxcaltecas se enfrentaron a la autoridad de la capital, presidida entonces por un gobernador republicano.
Un ejemplo de este proceso fue lo que pas� con el pueblo de Huamantla, que en dos ocasiones intent� separarse junto con sus barrios y pueblos sujetos, esto es, el partido completo, de la jurisdicci�n gubernativa de la ciudad de Tlaxcala, pero sin perder por ello los privilegios de que gozaba la provincia en su conjunto. Con ese objetivo, la oficialidad de Huamantla, apoyada por los labradores espa�oles m�s poderosos y algunos indios macehuales, emprendi� ante la autoridad virreinal una gesti�n a mediados del siglo XVII y otra cien a�os despu�s. En ambas fracasaron los separatistas, a pesar de que ofrec�an dar a la Corona una fuerte suma de dinero si su petici�n resultaba favorable. Huamantla hab�a logrado un importante desarrollo debido a su floreciente actividad agr�cola y ganadera, adem�s de estar penetrada por un creciente n�mero de hacendados espa�oles que miraba m�s hacia Puebla que hacia la ind�gena ciudad de Tlaxcala. De ah� que desearan convertirse en un corregimiento y elevar al pueblo de Huamantla a la categor�a de villa con cabildo propio, compuesto por espa�oles, claro est�. El cabildo de Tlaxcala no estaba dispuesto a permitir la desintegraci�n de la provincia, ya que con certeza detr�s de Huamantla los otros partidos en que estaba dividida dicha provincia seguir�an el mismo ejemplo. Para entonces los partidos eran: Apizaco, Chiautempan, Huamantla, Ixtacuixtla, Nativitas, Tlaxcala y Tlaxco. El cabildo tampoco pod�a compartir los privilegios otorgados a la ciudad de Tlaxcala con una poblaci�n que estar�a fuera de su tutela, y que una vez aut�noma probablemente ser�a anexada a Puebla. Ceder a la petici�n de Huamantla hubiera significado un debilitamiento del poder del cabildo ind�gena frente a la presencia espa�ola en Tlaxcala, una provincia orgullosamente india. Tambi�n estaban implicados en esta pugna problemas de tributos y repartimientos de fuerza de trabajo ind�gena, como se ver� m�s adelante.
Si bien el centralismo del cabildo ind�gena de la ciudad de Tlaxcala, concedido por el propio rey de Espa�a, fue muy �til para preservar la unidad y los privilegios de la provincia, tambi�n fue motivo de un n�mero creciente de conflictos, en particular durante la �ltima etapa del periodo colonial, cuando la sociedad tlaxcalteca ya estaba conformada por una gran cantidad de mestizos, criollos y espa�oles, que no se encontraba tan dispuesta a depender de un gobierno indio. Las leyes en que se basaba la autoridad del cabildo hab�an sido elaboradas en el siglo XVI para una poblaci�n exclusivamente ind�gena que manten�a gran parte de su estructura social, pero dos siglos despu�s no era f�cil aplicarlas de igual manera, ya que las circunstancias hab�an cambiado. Por esta raz�n, y para evitar que el cabildo concentrara toda la fuerza, muchas veces la autoridad virreinal procur� que algunos asuntos pasaran de hecho a la jurisdicci�n del gobernador espa�ol. El cabildo toler� ciertos casos, pero otros no, pues legalmente segu�a conservando todas sus prerrogativas. No fueron pocos los pleitos que se dieron entre el cabildo y la autoridad espa�ola, en especial cuando �sta se entromet�a en el nombramiento y reelecci�n de gobernadores indios o cuando alteraba la rotaci�n de las cuatro principales cabeceras en su derecho a ocupar ese puesto, para favorecer a su clientela.
Una de las pruebas de fuego m�s importantes por las que pas� el cabildo ind�gena, en la cual se demostr� su enorme poder y, en general, el valor de los privilegios auton�micos que pose�a Tlaxcala, sucedi� a finales del siglo XVIII. Como parte de las c�lebres "reformas borb�nicas", en diciembre de 1786 la Corona orden� reorganizar en intendencias la divisi�n pol�tico-administrativa de la Nueva Espa�a. Entonces se dispuso que la provincia de Tlaxcala pasara a formar parte de la intendencia de Puebla, con lo cual aqu�lla corr�a el riesgo de que se modificaran su estructura de gobierno y sus privilegios. De inmediato el cabildo ind�gena, esta vez contando con el total apoyo del gobernador espa�ol de la provincia, pidi� al monarca que se anulara tal disposici�n, pues contrariaba las propias ordenanzas regias que hab�an concedido a Tlaxcala una categor�a especial por m�s de 200 a�os. Aunque llegaron a aceptar que se les organizara como una intendencia, pusieron como condici�n que Tlaxcala fuera la capital de la misma y que Puebla quedara bajo su control, formando uno de sus partidos internos. Ante la rotunda negativa del cabildo poblano a aceptar tal proposici�n, surgi� el proyecto de crear dos intendencias separadas, pues a todas luces ninguna de las dos provincias parec�a estar dispuesta a quedar sujeta a la otra.
A Tlaxcala le sobraban argumentos hist�ricos y legales para defender su autonom�a y sus privilegios, y por ellos luch� con vehemencia. La batalla involucr� y enfrent� intereses de indios y espa�oles, de tlaxcaltecas y poblanos, de autoridades virreinales y metropolitanas, actitudes tradicionalistas y reformistas. Por fin, despu�s de haber estado parcialmente sujeta a Puebla entre 1787 y 1793, el rey orden� mediante varios decretos que, tomando en cuenta los valiosos servicios prestados a la Corona, "La Muy Noble, Insigne y Siempre Leal" ciudad de Tlaxcala no formar�a parte ni quedar�a en nada sujeta a la intendencia de Puebla, con lo que permanec�an a salvo sus prerrogativas de elegir a sus propias autoridades y depend�a s�lo y en forma directa de la autoridad virreinal. Este contundente triunfo, que colocaba a Tlaxcala como una clara excepci�n entre todas las provincias de la Nueva Espa�a convertidas entonces en intendencias, mostraba el evidente respeto y aprecio que la Corona ten�a hacia Tlaxcala, as� como el deseo de honrar los compromisos adquiridos para con ella.
