Otro problema interno fue el enfrentamiento entre los poderes Ejecutivo y Legislativo del estado; el primero defensor de un federalismo puro y extremista; el segundo, de una postura moderada. Durante la guerra, el gobernador Manuel Gonz�lez Cos�o asumi� facultades extraordinarias que pretendi� conservar concluida aqu�lla, pero en 1849 la legislatura resolvi� obligarlo a acatar sus disposiciones. Con actitud desafiante, Gonz�lez Cos�o decidi� actuar por encima del Congreso, hecho que desemboc� en su destituci�n y reemplazo por Antonio Garc�a Salinas, identificado con los federalistas moderados.
Una nueva fractura aparecer�a dentro del grupo gobernante cuando se lanz� el Plan de Hospicio en 1851 y algunos oficiales zacatecanos manifestaron su adhesi�n. En los pr�ximos a�os, esta fractura dividir�a al grupo en liberales y conservadores.
Con el regreso de Santa Anna al poder y la instauraci�n de una dictadura en 1853, nuevamente el sistema federal fue combatido y los estados se transformaron en departamentos sin autonom�a del gobierno nacional. Zacatecas repiti� su reacci�n de a�os atr�s: la resistencia, de la que fueron protagonistas el gobernador Jos� Gonz�lez Echeverr�a y Marcos de Esparza, activo y congruente como siempre con su ideario pol�tico. Los civiles se organizaron en contra de los militares, que intentaban consolidarse como grupo �nico de poder.
La revoluci�n de Ayutla provoc� una adhesi�n generalizada en todo el pa�s: representaba los reclamos de autonom�a y participaci�n de los estados en las cuestiones de inter�s nacional que durante varias d�cadas fueron permanentes, as� como para el restablecimiento de la rep�blica representativa y popular. En Zacatecas, los militares intentaron impedir su propagaci�n, pero los grupos revolucionarios se multiplicaron y la poblaci�n les brind� apoyo. De entre los l�deres de estos grupos surgi� la nueva generaci�n de liberales zacatecanos, que hered� la tradici�n legalista y los proyectos nacionales de la primera generaci�n de federalistas.
El 16 de agosto de 1855, el ayuntamiento de la capital y dos batallones se adhirieron al Plan de Ayutla. Encabez� el movimiento Victoriano Zamora, quien durante los a�os previos se mantuvo como defensor del federalismo y ocup� m�s tarde la gubernatura del estado. La �ltima ca�da de Santa Anna fue recibida con j�bilo y su sucesor provisional, Mart�n Carrera, fue reconocido en Zacatecas como centro de unidad de la Rep�blica.
