La guerra no detuvo la colonización, sólo la retrasó y le impuso ciertas reglas. Obligó al gobierno a construir presidios, a los poblados a amurallarse, a los colonos a convertirse en soldados. La avanzada no paró, sobre todo a partir de 1546, año del descubrimiento de las minas de Zacatecas, y se aceleró en 1550, el año de su primera bonanza. Esto se entiende por la importancia que tuvo para el español la adquisición de riquezas. La colonización se volvió asunto de Estado: se trataba de facilitar el abastecimiento de rico mineral y de asegurar el envío de la plata obtenida Lo que faltaba eran hombres y mujeres, brazos que hicieran producir estas tierras vírgenes. Para abastecer a Zacatecas se traían bastimentos desde muy lejos: Michoacán, Querétaro, Guadalajara, y el azogue venía desde el puerto de Veracruz. Las minas se trabajaron con brazos indígenas, libres y esclavos, y cuando éstos no fueron suficientes, se recurrió al trabajo de los esclavos negros.
Poblar la tierra fue más difícil, aunque se dieran terrenos a manos llenas, porque aquí no había pueblos indígenas que la reclamaran, siempre y cuando se respetara la tramitación reglamentaria. No hay que olvidar que en la España de esos años, y por consiguiente en el Nuevo Mundo, era obligado respetar la jerarquía. Así, un señor, por serlo, tenía derecho a obtener más tierras que un peón. Con el fin de poblar, la Corona española repartió mercedes de tierras a todo aquel que las demandaba. Los llanos de Aguascalientes tuvieron dueños antes de ser habitados y trabajados. Fueron repartidos numerosos sitios a principales, hijosdalgo, conquistadores, que prestaban al rey múltiples servicios. Diego Fernández de Proaño, Hernán Flores de la Torre, Jerónimo de Orozco, conquistadores y beneméritos de la Nueva Galicia, recibían mercedes de tierras hacia 1555, en lugares que años después formarían parte de la alcaldía mayor de Aguascalientes, pero que todavía por estos años estaban comprendidos en el distrito de Nochistlán. Por ese entonces aparecieron Morcinique, Guentitlán, Xiconaque.
A los pobres labradores enrolados como soldados en las huestes de los capitanes, sólo les dieron pequeñas parcelas, suertes de huerta y solares de casa, como correspondía a su posición. Los indígenas, aparte de los de Teocaltiche y de algunos asentados en Tepezalá a instancias del capitán Juanes de Tolosa, quedaron por el momento fuera de las mercedaciones y tuvieron que esperar épocas más favorables para recibir tierras.
