La historia de nuestra región durante el siglo XVI está ligada a la historia de un puñado de hombres, ya que tanto la conquista como la colonización se efectuaron con el beneplácito del rey, pero con el esfuerzo de los particulares. Hombres como Juanes de Tolosa, Diego de Ibarra, Hernando Martel y su hijo Hernando Gallegos, fueron los que pusieron los cimientos de esta nueva sociedad. Serían secundados por muchos otros aventureros que tenían los viejos ideas de la reconquista: religión, gloria y riqueza.
Juanes de Tolosa en 1550 presentó, ante el visitador Hernán Martínez de la Marcha, toda la información necesaria para que se premiara su esfuerzo. Tenía en su haber su participación en la guerra del Mixtón y, como hecho más importante, el descubrimiento de las minas de Zacatecas en el año de 1546, para lo que puso en peligro su vida, pues estaban localizadas en tierra de guerra poblada por gente belicosa e indómita. Pasó hambre y frío, porque para lograr su empeño caminó por muchos lugares, cruzó las sierras de Juchipila, llegó a Tepezalá, en donde descubrió y cateó ciertas minas, se hizo amigo y protector de los naturales que vivían en esta serranía y sufrió los ataques de los indios guerreros. Sin duda, Juanes de Tolosa, por lo mucho que recorrió, conoció bien las tierras de nuestro estado, deshabitadas aún en esos años. Ya muchos de los nombres que enumera en sus recorridos son frontera de nuestro territorio.
Hernando Martel continuó la obra emprendida por Tolosa: recorrer infatigablemente las tierras chichimecas. Participó en la guerra del Mixtón en calidad de soldado bajo las órdenes del capitán Juan de Villalba. Ayudó a sofocar otras rebeliones en lugares tan lejanos como Compostela. Para premiar sus servicios se le dieron en encomienda la mitad de los indios del Tepeque. De regreso en tierras chichimecas, las recorrió infatigablemente, acompañado de veinte o treinta soldados españoles pagados a sus expensas. Pronto concentró sus esfuerzos en proteger de los ataques chichimecas las tierras comprendidas entre Nochistlán, el peñón del Tecuán, lugares de Comanja, la villa de Teocaltiche, y el camino que iba de Zacatecas a Guadalajara por el lado de los llanos. Su conocimiento del terreno lo llevó a proponer a la Audiencia de Guadalajara la utilidad de fundar una villa de españoles en un lugar por donde pasaban con frecuencia tribus de chichimecas. Así nació la villa de Lagos en el año de 1562. Con esta fundación Hernando Martel confirmó su preeminencia sobre estas tierras y durante largos años disfrutó de los empleos de alcalde mayor de la villa de Lagos y de los llanos del Tecuán y corregidor de Teocaltiche.
Acompañado de sus soldados y, en cuanto tuvo edad a los —15 o 16 años— , de su hijo don Hernando Gallegos, Martel aseguró caminos, dio protección a colonos y viandantes. Entró a los campamentos chichimecas para rescatar a españoles secuestrados y para sacar a los niños infieles y entregarlos a familias españolas que les dieran educación cristiana. Se preció de haber llevado a la fe cristiana, por este medio, a 1 500 infantes y reconoció como otro de sus méritos haber matado en guerra mucha gente salteadora y aprehendido muchos indios enemigos, juzgándolos según la ley. Invirtió, según su decir, toda su fortuna y la de su hijo en servir de esta forma al rey, lo que lo llevó a declararse en bancarrota en 1571 y a pedir a su majestad que en alguna forma recompensara sus servicios para rehacer su hacienda.
El dominio de Martel sobre estas tierras fue trasladado a su hijo don Hernando Gallegos, quien también durante largos años fue corregidor de Teocaltiche, extendiendo su gobierno hasta la recién fundada villa de Nuestra Señora de la Asunción de las Aguascalientes.
Por mucho que Martel, Gallegos y sus hombres hicieron para terminar con el acoso chichimeca, la guerra duró más de lo que nadie se esperó. Los medios utilizados para acabar con la agresión de los desnudos daban pobres resultados. Todos los interesados en lograr la paz lo reconocieron. La guerra, la venganza, la esclavitud no daban sino alivio momentáneo. No faltó quien criticara los medios usados, sobre todo el de la esclavitud, y llevara su queja ante el rey para detener las mil injusticias que, con pretexto de la fe, se ejercían sobre los indígenas. Destacan las expresadas por Gonzalo de las Casas, quien escribió un informe titulado Noticia de los chichimecas y justicia de la guerra que se les ha hecho por los españoles, que se sumó a las cartas que envió al rey como informes de sus servicios como general de la frontera. El virrey Martín Enríquez de Almanza también mostró preocupación por la legalidad de esta guerra y por la cuestión de la esclavitud. También los misioneros franciscanos y de otras órdenes, dadas las características de esta guerra, cuestionaron su validez y sus métodos.
Poco a poco se fue creando consenso sobre la necesidad de utilizar otras formas para terminar con la rebeldía chichimeca. En nuestra región los ataques se sucedían: en las minas de Comanja mataron a todos los residentes, incluido un monje; en el Paso de Ojuelos un grupo chichimeca cayó sobre una caravana de 60 carretas y se llevó mercancía por 30 000 pesos. En el Paso de Bocas una pequeña fuerza chichimeca mató a los 50 soldados que defendían este punto.
Los estancieros, diseminados por tierra chichimeca, hartos de sufrir los embates de los antiguos dueños, escribieron una representación al rey en estos términos:
la insolencia y atrevimiento de los indios ha crecido tanto que no solamente han continuado los daños, pero se han hecho tan fuertes y mañosos que han dejado sus tierras y las sierras y quebradas que tenían por su defensa y se han bajado a lo llano, y de pocos días a esta parte han dado muchos asaltos a los pueblos de paz y muerto mucha gente, ansí en ellos como en los caminos y estancias, ejecutando en ellas sus acostumbradas crueldades, desollándoles las cabezas y sacándoles vivos los corazones y entrañas y quemado y profanado iglesias, y aun les está aprobado comer carne humana de las personas que matan...
