Umbral y proceso de la Conquista, de la cual ha dicho Gallen Kamp:
Así comenzó la supremacía española en el Nuevo Mundo. En Yucatán, miles de mayas fueron puestos en encomienda y se les impuso tributo; con implacable formalismo se dedicaron a desarraigar la cultura y las tradiciones, destruyendo edificios y templos, esculturas, etcétera; instruyeron a los indígenas en la religión cristiana y se les enseñó el español, para registrar asuntos que preocupaban o interesaban a los conquistadores; y la civilización maya fue destruida y borrada del escenario de los sucesos humanos, quedando relegada al olvido.
El siglo XVI aparece como tiempo radical, son años de transformación, cuando el mestizaje inicia su tránsito, incluyendo el posicionamiento de los mayas, quienes en su vasallaje se resistieron a la conquista total, y refugiándose en su lengua, contuvieron el embate del idioma español, sucediendo lo inesperado: la lengua maya penetró con usos, costumbres y vocablos, obligando, desde entonces, a que la comunicación verbal tenga que emplear términos de raíces indígenas. Es desde entonces que se emplea el mayañol, es decir, frases con palabras de la lengua maya y del idioma español.
En 1547, terminados los tiempos necesarios para el asentamiento, la Capitanía General de Yucatán se dividió en cuatro distritos: el de Mérida, el de Valladolid, el denominado Salamanca de Bacalar y el de San Francisco de Campeche, comenzando este último a delimitar su jurisdicción. Su plaza principal fue el centro de la antigua población y de la nueva villa española, asentada a una milla del pueblo indígena que entonces fue llamado Campechuelo por los conquistadores, y hoy corresponde al barrio de San Francisco. El centro de la villa fue poblado por españoles, el barrio de San Román fue destinado a los aztecas que acompañaron a Montejo, y el de Santa Ana fue habitado por negros y mulatos que participaron en la conquista; en este sentido, es preciso señalar que el puerto fue enriqueciendo su fuerza comercial al habilitársele para el desembarco de esclavos negros.
Un suceso notable fue la llegada, el 5 de enero de 1545, de Bartolomé de las Casas, obispo de Chiapas, Campeche y Yucatán, quien arribó acompañado de 40 sacerdotes dominicos. La recepción no careció de simpatía por parte de los pobladores, y el padre residente Francisco Hernández, frente al puerto, entabló una plática con los frailes que le acompañaban y censuró los abusos de los españoles para con los naturales; el relato del clérigo permite conocer el medio físico que su mirada contempló:
El lugar de Campeche era de 500 casas de indios y cerca de él estaba una villa de españoles de hasta trece vecinos [...] Venían también muchas canoas de indios desnudos con sólo los mástiles que es una faja con que se cubren, y como era la primera vez que los padres veían gente de aquella librea causóles algún horror. Algunos principales que allí se hallaron, que eran bautizados, tenían camisa y greguescas de manta de algodón y un paño de manos revuelto al cuello con una punta sobre el pecho al lado del corazón y la otra a la espalda que le corresponde. Sacaron los indios al señor obispo y a los religiosos a tierra con gran contento [...] entreteníanse los padres como nuevos en la tierra en saber algunas cosas de ella, y teniendo por muy cierto que toda aquella fue antiguamente mar, y que retrayéndose las aguas del centro del océano, dejaron aquella parte descubierta [...]
Fenómeno que data de hace siglos y que conocemos como vaciante, es decir, cuando el mar se retira de la playa más de mil metros y deja al descubierto tierra que, en los años modernos, permitió sanear y construir avenidas, edificios y casas.
La transformación no sólo no fue lenta, sino que los acontecimientos se presentaron con rapidez, a tal grado que para el 12 de febrero de 1549 se tasaron los pueblos en la audiencia de Santiago de Guatemala: a beneficio de la Corona española se fijó a Campeche 630 mantas, 400 gallinas, 3 arrobas de miel y 100 de pescado seco; más adelante, en 1643, la villa citada tendría como tributo 1652 mantas y tres piernas, entendiéndose por cada manta cuatro varones casados u ochos personas, según dijo Cogolludo.
El ámbito económico de Campeche se explicó al Consejo de Indias en 1664 en los términos siguientes:
[...] que la provincia de Campeche en la estimación es la tercera en las Indias que no produce oro ni plata, que se conserva con sus frutos y a maniobras de los naturales, que tiene una gran trabazón su comercio con toda la Nueva España e islas del dominio de V.M. mediante la contratación del palo de Campeche (o de tinte) que se cría allí silvestre, que en la labor y corte de él consiste el alimento de aquellos naturales, que en cambio de este género les llevan de otras partes de las Indias el cacao y otros frutos de que se necesita para su sustento y vestuario, que de España los llevan asimismo el vino, el aceite y otros géneros que se cambian en trueque del palo [...].
El puerto resultó deslumbrante y dinámico por las actividades propias de su privilegiada situación, en la ruta del comercio marítimo, pero también los pueblos del interior desempeñaban jornadas habituales: en Tinún, Bolonchén, Sacabchén y Champotón se cultivó tabaco, caña de azúcar, añil y grana, aunque también había maíz y arroz, así como explotación salinera.