CON EL INICIO DEL SIGLO XIX la jurisdicción de Campeche aceptó renovadas influencias, de acuerdo con un tiempo social que comenzaba a ser diferente del pasado inmediato. Los prolegómenos en otros lugares de la Nueva España se desarrollaron en un ambiente diferente, es decir, rápidamente y con vientos intranquilos; en la península de Yucatán sucedieron de otra manera. Los colegios franciscanos fueron receptores iniciales de ideas novedosas provenientes de Europa a través de impresos. Miembro connotado en esta corriente fue Pablo Moreno, quien desde 1802 hizo públicos los conceptos racionalistas. Maestro de filosofía cuya personalidad comprendió en términos cabales Lorenzo de Zavala al decir que había sido el primer hombre en atreverse a introducir la duda sobre las doctrinas más respetadas por el fanatismo, encabezó con el capellán José María Velásquez al grupo denominado sanjuanista, ya que se reunían en la ermita de San Juan en Mérida. A esta agrupación de tendencia liberal se asociaron personajes destacados en la sociedad, como Andrés Quintana Roo y el propio Zavala, entre otros. Se inclinaron por la supresión del servilismo indígena, las obvenciones parroquiales y otros privilegios. Los sanjuanistas enfrentaban a un grupo opositor, contrario a los principios que sustentaban, conocido con el nombre de rutinero, proclive a la conservación del sistema monárquico y, desde luego, a la sobrevivencia de los privilegios coloniales.
Los intereses de los grupos políticos se avivaron al advertir la llegada de cambios y oportunidades de aprovecharlos. No de otra manera se podría comprender la presión de los sanjuanistas en 1812 para que se adoptara la Constitución liberal de Cádiz, expedida el 18 de marzo, y se designara Diputación provincial, además de que llevaron al campo de la polémica la interrupción de las obvenciones parroquiales que los indígenas entregaban al clero. Sin embargo, cuando en 1814 volvió al trono Fernando VII y se desconoció el código, los sanjuanistas fueron perseguidos y encarcelados.
En Campeche la situación nunca fue tan violenta, si bien es cierto que el franciscano Juan José González expresaba desde la cátedra del Colegio de San José ideas radicales que lo identificaron como sanjuanista. Se definieron las dos tendencias que poco a poco irían entrando en el palenque de la rivalidad. Los sacrificios de Hidalgo y Morelos, la persecución realista en contra de los hombres afiliados a la libertad y la independencia estuvieron lejos de la región, pero no por ello dejaron de conocerse y despertar sentimientos de simpatía o desacuerdo. Pero los tiempos comenzaban a ser diferentes y la política se alejaba de las rígidas fórmulas coloniales.
El año de 1820 fue crucial por el cambio de sistema político, ya que ante la resistencia de las autoridades sujetas a la Corona española, los sanjuanistas movieron los resortes populares para obligar a la jura y publicación de la Constitución de Cádiz el 8 de mayo, y reunir al Ayuntamiento que había sido electo en 1812 y después despojado de sus funciones. Se aludió en el acta respectiva que era llegado el tiempo de la jura de la Constitución conforme a los deseos monárquicos. Los asistentes acordaron que se procediera a la observancia, para cuya ceremonia fue colocado en la mesa un Santísimo Crucifijo, y con misal se inició el acto y, en el orden prescrito por la Constitución, prestaron juramento los concurrentes. Casi inmediatamente el teniente del rey Juan José de León fue destituido a consecuencia de representar intereses contrarios al constitucionalismo. Esta primera etapa culminó al proclamarse la independencia el 17 de septiembre de 1821 en la ciudad de Campeche, como consecuencia inmediata del Plan de Iguala. Las rivalidades de partido no llegaron a fracturar la autoridad existente, ya que se dispuso "que continuarán regenteando sus empleos y autoridades, las mismas personas que los desempeñaban".
La región y sus pobladores fueron aceptando de buen grado los cambios, lejos del estruendo de las armas realistas o del cañón de Cuautla de Amilpas; ajenos casi al sacrificio de Allende y al fusilamiento de Mina. La distancia, que añadía lentitud a las comunicaciones, hizo posible que los cambios políticos se efectuaran con cierta parsimonia.
Poco después comenzaron los enfrentamientos de rutineros y sanjuanistas con motivo de la llegada a la península de Melchor Álvarez como delegado del imperio de Iturbide. Pero este problema y otras diferencias que fueron poco a poco calando en las conciencias de los pobladores de las dos principales ciudades se desvanecieron aparentemente en 1823 con la caída de Iturbide. Cuestiones de intereses económicos desvirtuaron las tendencias políticas, republicanas y federales, como fue el caso de la guerra con España en la que la península de Yucatán sostuvo un criterio diferente al no querer participar, debido a que su comercio principal era con la isla de Cuba, posesión española. En términos formales, la Constitución Federal de 1824 estableció el estado de Yucatán con las jurisdicciones territoriales que tradicionalmente le habían correspondido con Campeche y el Carmen.
Todas las divergencias entre los grupos de Campeche y Mérida, mayores unas, menores otras, estimularon a los diputados Joaquín Casares y Armas, Escalante y Marín a presentar en la sesión del Congreso General del 6 de septiembre de 1824 una proposición para que se dividiera la península de Yucatán en dos entidades, una con la denominación de Mérida, y otra con el nombre de Campeche. Nunca se presentó a discusión, pero el planteamiento abrió el juego en la mesa de los intereses económicos y políticos, y aparecieron líderes y caudillos de una y otra parte que originaron crisis y discusiones entre federalistas y centralistas, como, por otra parte, ocurría en todo el país.
Las transformaciones en la vida social partieron de los grupos que se fueron formando alrededor de aspiraciones financieras y ambiciones comunes de alcanzar el poder político en una etapa distinta de la acostumbrada. La ideología había sido, casi en todo tiempo, de perfiles liberales, como correspondió a un puerto de vida y trabajo constante, como era el de Campeche. Conflictos que trastornaron el país, en Yucatán estaban resueltos, como la desamortización de bienes eclesiásticos, que se ejecutaron desde 1782 bajo la directriz del obispo Piña. En 1813 se abolieron los servicios de los indígenas y en 1820 se cerraron 25 conventos de religiosos menores observantes de San Francisco. La extinción de fueros y la tolerancia eran signos de un tiempo abierto y menos rígido. Entonces tanto ahí como en Campeche, vinculada a Yucatán por lazos fuertes, como se demostró en los problemas de piratería y amurallamiento, únicamente quedaron inclinaciones e inquietudes políticas, y las sogas de donde cuelgan anhelos no siempre legítimos.
