El gobierno federal de Guadalupe Victoria consiguió terminar su cuatrienio constitucional con cierta tranquilidad, y esa situación repercutió en los estados. Pero cuando se inició la violencia de facciones, también sacudió a Campeche. La guarnición militar a cuyo frente estaban Ignacio de la Roca y José Segundo Carvajal levantó un acta el 6 de noviembre de 1829 para admitir el centralismo y segregar Yucatán hasta que se adoptase generalmente el referido sistema federal. Asonadas y motines fueron el ritmo constante en la península: gobernadores y comandantes militares se pasaban la estafeta creando un ambiente de incertidumbre con el pretexto de respaldar corrientes ideológicas que ocultaban los intereses económicos de prominentes ciudadanos de Campeche y Mérida. En noviembre de 1832 Roca y Carvajal fueron desplazados por el jefe de la guarnición de Mérida, Sebastián López de Llergo, y el de Hecelchakán, Francisco de Paula Toro, quienes reconocieron a las autoridades locales de corte federalista derrocadas en 1829. En el año de 1833 se efectuaron elecciones, de las que resultaron los líderes Juan de Dios Cosgaya y Santiago Méndez como gobernador y vicegobernador, respectivamente; pero poco tiempo después, en 1834, los desplazaron y alcanzó la gubernatura Francisco de Paula Toro, quien el 1° de septiembre de 1835 admitió otra vez el sistema centralista, que habría de derrumbarse al año siguiente. El general Toro fue un personaje en Campeche no solamente por sus andanzas en la política, sino porque realizó mejoras materiales que los habitantes recordaron durante mucho tiempo, entre ellas (y que ha sobrevivido) se encuentra el teatro que lleva su nombre, elegante escenario de actos culturales y de la vida política de la entidad. El teatro se inauguró en 1834, y se han presentado obras como Orestes o Agamenón vengado, zarzuelas, óperas y bailes como el que Parish Robertson describió en 1849:
El Teatro de Campeche, tan bonito como cualquier teatro de cualquier ciudad provinciana de Europa, lo convirtieron en un espléndido salón de baile para atraer a todas las bellezas campechanas [...] toda la hilera de palcos bajos la llenaba la élite, la flor y nata de Campeche, además había sillas en el propio salón para los danzantes. Todas vestían a la europea.
A partir de 1838, en la vorágine militarista, empezó a discutirse con mayor insistencia la corriente política afín al federalismo, lo que vino a dificultar las relaciones del estado con el ejecutivo centralista. Además, en 1840 se levantó el general Santiago Imán, que contó con apoyo de grupos simpatizantes de la corriente federal. La rebelión de Imán tuvo como resultado que, ocupado Valladolid, se firmara un documento que restablecía la Constitución de 1824. Al recibir, entre otras, la adhesión de la guarnición de Mérida, admitió la exigencia de separar Yucatán del gobierno central hasta el restablecimiento del federalismo. Secundado el movimiento, tuvo éxito y regresaron como gobernador y vicegobernador Cosgaya y Santiago Méndez, que habían sido derrocados en 1834. El Congreso estatal declaró la vigencia de la Constitución de 1824 y la separación de Yucatán de la república. Con las nuevas elecciones Santiago Méndez se elevó a la gubernatura y siguieron las negociaciones para reincorporar el territorio a la nación, lo que significa que las fuentes de la soberanía no alimentaron una postura ni de rivalidad ni tan definitiva que no considerara la unión al país. Se trató de una controversia de partidos más que de ideologías. Así, se llegó a la trágica década de 1840, cuando las cuestiones públicas se agitaron todavía con más fuerza, como los acontecimientos que continuaron; y después de la independencia se suprimió la partícula San Francisco de su nombre, y en cambio se le concedió el título de Heroica el 2 de septiembre de 1834 en reconocimiento al pueblo campechano por su esfuerzo en apoyo de la Constitución y el federalismo. El 8 de septiembre de 1840 se le otorgó la facultad de hacer anteceder las palabras Muy Heroica y Liberal.
La Constitución de 1841 tenía notables innovaciones, como el juicio de amparo. En 1842 Santa Anna, dictador versátil, conminó a la región a la reincorporación, dejándose sentir vientos de guerra: como no se llegó a una conciliación, los líderes Méndez en Campeche y Barbachano en Mérida establecieron las medidas necesarias para enfrentar a las tropas centralistas que en agosto de 1842 ocuparon el Carmen y avanzaron sobre Champotón, Seybaplaya y Lerma con 1300 hombres y cuatro barcos de guerra y tres transportes, todos al mando del general Juan Morales. El sitio a Campeche inició con una fuerza que ya entonces se dijo que componían 4 000 hombres; el cerco se prolongaría por varios meses. Refiere Joaquín Baranda que la verdadera campaña por Yucatán se inició en Campeche. Toda la suerte quedó al abrigo de sus murallas, y la guerra contra las tropas de México se hizo popular y entusiasta, de manera que blancos e indígenas unieron fuerza y ánimo para combatir a quienes consideraban invasores. Figuró entre los defensores de la plaza Cecilio Chi, quien años después acaudilló a los mayas en la Guerra de Castas, que a su grito se inició el 30 de julio de 1847.
Hubo momentos de epopeya y de oscuridad, como por ejemplo la traición del general Pedro Lemus hacia los peninsulares cuando hizo fracasar una posible victoria en la Eminencia. En febrero de 1843 se libró una batalla en Chiná, donde muertos y heridos no justificaron la acción, pues la conjugación de valor y denuedo de ambas partes las privó de la victoria, pero ahí mismo se escribió un hecho memorable cuando el 3 de febrero el ejército mexicano acampó para interrumpir las comunicaciones con las fincas productoras de víveres. El coronel López de Llergo, jefe de las fuerzas campechanas, le ordenó al teniente coronel Manuel Oliver que con 500 hombres y dos piezas de artillería los fuera a combatir en la noche. El guía que marcaba la ruta de Oliver con los batallones 16 y el ligero permanente se extravió de tal manera que desorientado condujo mal a los campechanos, quienes de improviso se dieron cuenta de que se encontraban sobre los bordes de las trincheras del enemigo. Era el amanecer del 4 de febrero y, pasada la sorpresa de los dos bandos, entraron en lucha cuerpo a cuerpo. Después de algunas horas de combate Oliver dispuso la retirada, abandonando una pieza de artillería cargada de metralla. Los soldados mexicanos persiguieron a los que se retiraban y fueron hacia el lugar donde estaba el cañón, pero antes de que llegaran a la pieza abandonada fueron vistos por el joven Esteban Paullada, quien rápidamente regresó para prender la mecha, lo cual hizo que los perseguidores se lanzaran a la tierra para defenderse del fuego. Pero la mecha no cumplió su fin y los soldados volvieron a ponerse en pie para atacar con bayoneta calada. En esos momentos Paullada disparó su carabina sobre el oído del cañón, ardió la estopa y el estruendo cobró sus víctimas entre ellas el mismo comandante Andrade de las fuerzas mexicanas. López de Llergo recibió en el campamento a los soldados con hachones y toques de fanfarria, y Paullada se hizo acompanar del cañón como trofeo a su temeridad. La autoridad dispuso que en la recámara del cañón se grabara la inscripción El Paullada. Finalmente, las tropas mexicanas capitularon en el lugar conocido con el nombre de Tixpehual, cerca de Mérida, el 9 de mayo de 1843. Hubo designación de comisionados que llegaron al acuerdo, entre otros, de reincorporar Yucatán a la república. El 14 de diciembre de ese año convinieron la reanexión y otros puntos respecto al régimen interior, comercio, aranceles y demás asuntos necesarios para la continuación de la vida política y económica de Yucatán.
Violaciones y desacuerdos hicieron de la reintegración del estado una ficción, y éste volvió a invocar la soberanía estatal, de modo que el 8 de diciembre de 1846 se produjo una rebelión en Campeche. La reintegración volvió a posponerse durante el conflicto contra los Estados Unidos.
Llegó un momento en que el gobierno estatal aceptó la reincorporación a la república sobre bases federalistas, siempre y cuando se respetaran los convenios de 1843. Pero el estado no participó en los conflictos de México con los Estados Unidos, ya que la posición de Campeche como puerto comercial importante lo hacía vulnerable a un enfrentamiento bélico. Por esto el 8 de diciembre de 1846 el Ayuntamiento se pronunció por el aplazamiento de la reincorporación, acontecimiento que finalmente tuvo efecto en 1848.
