La división territorial ocasionó discrepancias locales que se manifestaron en la prensa, aunque le correspondía la responsabilidad al Congreso de la Unión del pronunciamiento definitivo. Los periódicos de la ciudad de México acogieron artículos remitidos en favor y en contra de la creación de un nuevo estado. La dirección del problema se puso en manos, como correspondía, de los diputados federales que resultaron electos en 1861, cuyos nombres se publicaron el 10 de febrero: por el primer distrito electoral, Tomás Aznar Barbachano, propietario y, suplente, Rafael Dondé; por el segundo, Juan Carbó, propietario, y, suplente, Joaquín Gutiérrez de Estrada. Sin embargo, conforme a la ley electoral vigente las diputaciones de Campeche eran el cuarto y el quinto distritos del estado de Yucatán, y no primero y segundo de Campeche. Esta cuestión fue la primera dificultad, pues el 30 de mayo de 1861 se aprobaron sus credenciales; y en la sesión del 1° de junio Aznar Barbachano solicitó a la asamblea la rectificación de la mención que se hacía de su persona como diputado por Yucatán, cuando lo era por Campeche. De inmediato el diputado Suárez Navarro señaló que la Constitución Federal no reconocía al estado de Campeche, por lo que no había lugar a la corrección solicitada. Aznar Barbachano replicó que la separación de Campeche era un hecho consumado que el gobierno mismo había reconocido en distintas ocasiones, y, a mayor abundamiento, indicó que los representantes populares no lo eran del estado, sino del pueblo del distrito que les había otorgado el voto. También dijo que ya que no se le reconocía como diputado por Campeche, no se dijera que lo era por Yucatán.
Aznar Barbachano no esperó mucho tiempo para obtener respuesta. La Secretaria de la Cámara procedió a dar lectura al dictamen de la Comisión de Poderes por el que se aprobó su elección, pero como representante por el estado de Yucatán. Nuevamente subió a la tribuna Suárez Navarro para decir que el gobierno no tenía facultad constitucional para admitir nuevos estados en la Federación y expuso que la erección del de Campeche había sido obra del gobierno conservador de Félix Zuloaga. El presidente de la Cámara, Gabino Bustamante, dio por terminada la discusión y se aprobó el acta de la sesión del 30 de mayo de 1861, por la que la diputación campechana pertenecía formalmente a la representación yucateca. En la sesión del 5 de julio, los diputados Aznar Barbachano y Carbó hicieron una proposición, también suscrita por las diputaciones de Chiapas, Tabasco y Oaxaca, solicitando se erigiese en estado el distrito de Campeche, iniciativa que fue turnada a la Comisión de Puntos Constitucionales. Parecidas gestiones siguió realizando la diputación de Campeche para agrupar simpatías en busca de un dictamen favorable. Pero la representación yucateca, formada por los diputados Nicolín, Suárez Navarro y Arredondo, hacía gestiones diferentes, y en la sesión del 19 de julio presentó una proposición para que se hiciera una proclamación declarando anticonstitucional y violenta la escisión de Campeche del estado de Yucatán. Consecuencia de todo lo anterior fue que en la sesión del 30 de julio, al nombrarse la diputación permanente con un representante por cada estado, se excluyó a Campeche.
El segundo periodo de sesiones ordinarias se inició el 30 de agosto de 1861. Para ese entonces el Ministerio de Gobernación tenía en su poder una obra compilada por Aznar Barbachano y Carbó: Memoria sobre la conveniencia, utilidad y necesidad de erigir constitucionalmente en estado de la confederación mexicana al antiguo distrito de Campeche. Fue un trabajo de carácter histórico y esencia política sobre las diferencias que desde la época colonial habían tenido los dos estados, sustentado en 59 documentos. Tuvo tendencia orientadora, aunque tampoco fue tomado como testimonio único, por lo que el secretario de Gobernación, Francisco Zarco, solicitó el 9 de marzo de 1861 al general y diputado Juan Suárez y Navarro que formulara un estudio sobre el problema peninsular según tres consideraciones: la escisión, las causas de los frecuentes cambios políticos y la venta de indígenas a Cuba como esclavos. El siguiente 12 de abril Suárez entregó al ministro Zarco un Informe sobre las causas y carácter de los frecuentes cambios políticos ocurridos en el Estado de Yucatán y medios que el gobierno de la Unión debe emplear para la unión del territorio yucateco, la restauración del orden constitucional en la Península y para la cesación del tráfico de indios enviados como esclavos a la isla de Cuba. Fue un punto de vista diferente, pero que tampoco satisfizo al gobierno de la Federación, pues lo estimó como unilateral. Por ello, en un intento de agotar las fuentes de consulta, el Ministerio de Gobernación pidió el 12 de julio de 1861 la opinión de la Legislatura de Yucatán, la que respondió el 2 de agosto reprobando el reconocimiento, pues además de que Campeche no reunía el censo poblacional que exigía la Constitución, no era conveniente una decisión favorable por la Guerra de Castas y no existían tampoco las rentas suficientes para el sostenimiento de dos entidades.
Gobernación remitió el voluminoso expediente el 31 de agosto al Congreso, haciendo saber a los diputados que el Ejecutivo no había reconocido la erección de Campeche en estado ni a los que lo representaban como autoridades.
Las discusiones no se limitaron al intercambio de escritos y documentos, sino que también en la prensa de la capital de la República aparecieron artículos, correspondencia y documentos. Por ejemplo, el periódico El Movimiento dio cabida a una serie de colaboraciones escritas por Juan Carbó en favor de Campeche; El Siglo XIX reprodujo el informe redactado por el general Juan Suárez y Navarro y difundió el 30 de octubre de 1861 un remitido de Anselmo Cano sobre las dificultades que sostuvieron por el mando político Agustín Acereto y Liborio Irigoyen, así como las intenciones del primero de derrocar a García. El Siglo XIX, pendiente de toda cuestión política, publicó el 20 de noviembre una carta de Francisco M. de Arrredondo sobre las desgracias padecidas a consecuencia de la guerra civil y la de castas, que con estilo sutil decía que mucho había contribuido a la desgracia de la península la escisión del distrito. Le respondieron en la misma publicación el 25 de noviembre, acusándolo de un ciego espíritu de localismo, odio contra Campeche y de haber publicado un tejido de palabras huecas y de hechos inciertos, injurias y calumnias a los habitantes de Campeche. Arredondo respondió calificando a Tomás Aznar de ambicioso y provocador. En el mismo El Siglo XIX, Aznar justificó su conducta en esa polémica diciendo que la había seguido sólo "porque creo que el correctivo de los abusos de la prensa, es la prensa misma".
Arredondo se expresó con ligereza de la vida de hombres distinguidos de la península de Yucatán. Tomás Aznar puntualizó los hechos:
El que en nada los ayudó entonces, no tiene derecho a evocar hoy su memoria, mucho menos para ponerlos en ridículo. El pueblo campechano los ama, porque peleó con ellos, y sobre todo, nunca olvidará a Ocampo y Lerdo, que comprendieron bien la cuestión entre Yucatán y Campeche, y sirvieron siempre de apoyo. Respeto la memoria del Dr. Sierra, y lamento su pérdida, grande, irreparable, para la literatura y las ciencias, pero rechazo con indignación la injuria que se hace a Campeche, atribuyéndole su muerte. Todo mundo sabe que una enfermedad constitucional minó su existencia, y le abrevió los días de una manera inevitable [...]
La discusión pasó del salón de sesiones a las hojas de la prensa, con lo cual el asunto obligó a una solución que no podía demorarse, en medio de la invasión extranjera.
El 5 de diciembre de 1861 la Comisión de Puntos Constitucionales presentó una exposición de motivos redactada por los diputados Ignacio Altamirano, Ignacio Mariscal y Manuel Romero Rubio, señalando que habían estudiado con detenimiento todos los documentos aportados así como la situación real de las dos entidades y, en consecuencia, presentaban un proyecto de ley que pedía la conversión en estado de la Federación del distrito de Campeche, con los límites que tenía.
Concluyeron la discusión y la incertidumbre legal. Lo que siguió fue el formulismo jurídico de legalización para que las legislaturas estatales ratificaran la disposición. El dictamen no fue discutido en ninguna sesión, pero fue básico para la expedición del decreto del 19 de febrero de 1862 del presidente Juárez que reconoció el nuevo estado. Juárez procedió de esa manera en virtud a la Ley del 11 de diciembre de 1861, que le confirió amplias facultades en todas las ramas de la administración pública sin más restricciones que la salvación de la Independencia, la conservación de las instituciones políticas y las Leyes de Reforma. El decreto definitivo, ya que se había obtenido la sanción de la mayoría de las legislaturas de los estados, fue un cumplido legal y tuvo el carácter de ratificación. Se expidió el 29 de abril de 1863, con lo que terminó el largo itinerario que se había propuesto alguna vez en el Congreso Nacional en una sesión de 1824.
Por su parte, la Constitución del estado de Yucatán expedida el 21 de abril de 1862, al mencionar las partes de su territorio no se refirió al distrito escindido, sino únicamente a los partidos de Mérida, Ticul, Maxcanú, Valladolid, Tizimín, Espita, Izamal, Motul, Tekax, Peto, Sotuta, Bacalar y Cozumel, de lo que se sigue que ya aceptaba la separación de Campeche. El dictamen del 5 de diciembre de 1861, que reiteramos nunca fue discutido, tenía de alguna manera esa prevención implícita, pues aunque el proyecto se presentó sujeto a deliberación, consideraciones económicas determinaron que fuera remitido a las legislaturas de los estados para que ofrecieran su dictamen, es decir, prácticamente se consideró discutido.
