En 1880 el general Porfirio Díaz cedió la presidencia a Manuel González, lo que dio ocasión a la reincorporación a la vida pública de Joaquín Baranda, después de su forzado retiro luego de su oposición al movimiento de Tuxtepec. El destino volvió a sonreírle, ya que en 1881, cuando se desempeñaba como magistrado de circuito con residencia en Mérida, renunció para ocupar el sitial de senador de la República por el Distrito Federal, escaño del que tuvo que separarse, favorecido por la fortuna, para ocupar la Secretaría de Justicia el 15 de septiembre de 1882. Iba de salto en salto apoyado en la pértiga del poder cuando en junio de 1883 se efectuaron las elecciones para renovar el Ejecutivo de Campeche, y resultó electo por cuarta ocasión, para el cuatrienio del 16 de septiembre de ese año a la misma fecha de 1887. No renunció al Ministerio de Justicia, sino que solicitó una licencia para hacerse cargo del gobierno de Campeche y, ya en plena euforia de poder, el 15 de noviembre de 1883, a dos meses de haber vuelto al Palacio, regresó a justicia nombrando interino a Juan Montalvo, con quien tenía cercano parentesco.
Las elecciones del 5 de junio de 1887 favorecieron al licenciado Pedro Montalvo, hermano de Juan; sin embargo, un quebranto en su salud obligó a que con premura se convocara a elecciones para el 4 de septiembre, en las que salió electo el doctor José Trinidad Ferrer para el cuatrienio de 1887 a 1891. Como Ferrer no mostró la docilidad que esperaban los grupos de poderosos, éstos no dejaron de criticarlo y él, avizorando días con problemas, prefirió la renuncia y se retiró a la vida privada. El Congreso declaró interino a Onecíforo Durán —previa consulta con los Baranda— y otorgó la ciudadanía campechana al general tamaulipeco Joaquín Z. Keerlegand para que, ya habilitado con los requisitos necesarios, ocupara la gubernatura hasta 1891. Durante su régimen nació la explotación del recurso natural que volvió a dar renombre internacional a Campeche. El 7 de agosto de 1890, en el informe tradicional dijo:
Me parece oportuno llamar la atención a esta H. Cámara sobre la necesidad de dictar las disposiciones convenientes para desarrollar en el estado la industria que tiene por objeto la extracción del chicle, que se implantara recientemente en el Partido del Carmen. Promete ser en breve tiempo una de las más importantes de la localidad.
Fue el comienzo de una empresa que florecería por más de siete décadas.
Por la interminable influencia del secretario de Justicia, de nueva cuenta otro amigo fue designado gobernador constitucional para el periodo de septiembre de 1891 a 1895: el coronel Leocadio Preve, quien expidió el decreto del 16 de octubre de 1892, declarando que en lo sucesivo la capital del estado se denominaría Campeche de Baranda, en memoria del general Pedro Baranda. En materia de economía, informó que en 1891 el palo de tinte seguía siendo la principal exportación, junto con el chicle, sobre el cual expidió una disposición impositiva el 13 de noviembre de 1893:
Los que introduzcan a esta capital, a el Carmen, a Champotón o a Palizada, chicle extraído de los montes del estado, pagarán a las oficinas recaudadoras de Hacienda respectivas una contribución de cuatro centavos por cada kilo.
Métodos semejantes se usaron para elegir a Juan Montalvo para el lapso de 1895 a 1899, quien sólo alcanzó a añadir, el 28 de noviembre de 1896, a la villa de Bolonchenticul el genitivo "de Montalvo" para hacer honor a su propia familia. No tuvo tiempo de realizar mayores obras, ya que falleció el 1° de diciembre de 1898.
Como gobernador interino se designó a Carlos Gutiérrez MacGregor, quien luego ganó las elecciones para el periodo de 1899 a 1903, pero inesperadamente el ministro Baranda tuvo dificultades con el poderoso secretario de Hacienda, José Ives Limantour, y cayendo de la gracia del dictador cesó su influencia en Campeche. En consecuencia, el 2 de abril de 1902 el Congreso aceptó la renuncia de Gutiérrez MacGregor y designó en escrutinio secreto como gobernador interino a José Castellot, quien de inmediato comenzó a desmantelar el edificio barandista cancelando el 7 de agosto el decreto que había dispuesto que la capital del estado se denominara Campeche de Baranda, y asimismo dispuso que Bolonchén de Montalvo retomara su antiguo nombre de Bolonchencahuich. El 23 de agosto de 1902 se reivindicó la memoria de uno de los fundadores del estado, declarándose Benemérito al licenciado Tomás Aznar Barbachano por iniciativa de Manuel A. Lanz.
Durante todo el siglo XX ha habido diferendos territoriales con Quintana Roo, siempre sujetos a discusiones y controversias. La historia se inició cuando el régimen de Porfirio Díaz puso atención a la riqueza silvícola de aquella alejada región, la menos poblada, y pensó que por ser el confín de la rebeldía maya y por donde los ingleses de Belice se dedicaban al contrabando, era necesario crear un territorio federal, de manera que el gobierno controlara directamente la región y evitara, de paso, cualquier intento separatista. Fue así como el Congreso de la Unión expidió el decreto del 24 de noviembre de 1902 que afectó la jurisdicción de Yucatán. Desde ese momento surgió el llamado punto "Put", lugar que probablemente fue en su origen el nombre de una vivienda de cierta importancia y dio la referencia para establecer nominalmente el vértice de la intersección de los estados de Yucatán y Campeche y el territorio de Quintana Roo. Campeche admitió las cosas sin mayores comentarios.
Castellot se desempeñó poco tiempo como interino ya que al convocar a elecciones para cumplir constitucionalmente el periodo de Gutiérrez, en septiembre de 1903, él mismo resultó electo. Su informe del 7 de agosto cerró el ciclo iniciado en 1870, y en dos materias importantes para la entidad —agricultura y educación— fue terminante. De la agricultura, señaló los elementos que la mantenían postrada, con lo cual puso de manifiesto el fracaso de todo lo intentado, entre otras cosas la falta de agua para la irrigación oportuna y suficiente. Las gestiones de los gobiernos con la participación de las juntas de agricultura para alentar la inmigración agrícola no consiguieron ningún resultado positivo. El jornal reducido y pagadero en plata no fue aliciente para los trabajadores, y las condiciones higiénicas de los campos no atraían a los hombres de otras latitudes.
Chicle, henequén y maderas, explotados por unos cuantos privilegiados o por empresas extranjeras, aseguraban un futuro poco halagüeño. La propia Aduana Marítima de El Carmen, incluyendo los puntos de Isla Aguada y Palizada, informó en 1903 que sólo había esperanzas de prosperar en la agricultura y el comercio. La primera se consideraba incipiente, pues hacían falta brazos y capital. De las especies prometedoras, solamente el coco rendía algunos resultados, y se calculaba que en la isla podían existir más de un millón de plantas. El administrador Montero Souza insistió en la instalación de las compañías extranjeras para la madera, sin darse cuenta de que era entregar la riqueza a manos diferentes de las nacionales.
Otro fracaso fue la educación. El gobernador Castellot señaló que las escuelas primarias, montadas a la antigua, regidas de forma rutinaria y con los antiguos métodos escolares que la pedagogía racional condenaba, no podían ofrecer resultados. El censo de 1895 arrojó una población de 89 000 habitantes, de los cuales sólo sabían leer y escribir 15 441. El censo de 1900 mostró que de una población de 86 546 habitantes, únicamente sabían leer y escribir 15 909, lo que demostraba, según Castellot, que "la instrucción pública no puede ser más deplorable, que se ha perdido lastimosamente el tiempo y es necesario hacer grandes esfuerzos y verdaderos sacrificios para salir de tal situación".
A su parecer, el error fue sostener escuelas superiores, preparatorias y profesionales sin estar en condiciones de montarlas dignamente y dedicando para su sostenimiento esfuerzos y recursos que, destinados a la instrucción primaria que era obligatoria, hubieran producido mejores resultados.
