A partir del ahorcamiento de Teporame dio inicio un periodo de paz en la zona situada al norte de Parral, territorio de tarahumaras y conchos. Ello permitió que los españoles empeñaran sus mejores esfuerzos bélicos en la lucha contra los tobosos, al oriente del Valle de San Bartolomé. En esas condiciones, los españoles repoblaron lentamente los asentamientos que habían abandonado desde el inicio de las hostilidades en 1645. Al mismo tiempo, se fundaron nuevas poblaciones y misiones; nuevas minas atrajeron pobladores y el ganado ocupó terrenos nuevos. Las misiones franciscanas del Valle de San Bartolomé habían sido reconstruidas desde 1649, mientras que San Francisco de Conchos no se repobló sino hasta 1667. Las misiones jesuitas en territorio tarahumara fueron ocupadas nuevamente 20 años después, en la década de 1670.
En 1659 los franciscanos fundaron la misión de Nuestra Señora de Guadalupe (más tarde Paso del Norte), y en 1660 la misión de Casas Grandes. Con el tiempo, estas dos misiones ganarían fama por la cantidad y calidad de sus producciones agrícolas. También entre 1660 y 1668 nacieron las misiones de Bachíniva, Namiquipa, Babonoyava y Santa Isabel. Junto con este avance misional, algunos pobladores civiles se arriesgaron a internarse en estas tierras en cierto modo reconquistadas, llevaron sus ganados, establecieron pequeñas explotaciones agrícolas y mineras. Fue en este tiempo cuando los mineros hicieron descubrimientos de vetas prometedoras en zonas aledañas a los asentamientos tarahumaras conocidos como San Bernabé.
La expansión franciscana contrastaba con una cierta resignación de los jesuitas, quienes parecían contentarse con su trabajo en la Baja Tarahumara, es decir, en las misiones de Huejotitán y Balleza. Para 1673, sin embargo, había surgido un conflicto de intereses entre jesuitas y franciscanos, sobre todo por una disputa en torno al dominio del fértil valle del Papigochic. Los franciscanos habían comenzado a trabajar con tarahumaras en esa zona, cosa que los jesuitas reclamaron como una invasión jurisdiccional. Alegaban que ellos habían iniciado el trabajo misional en esa zona, pero que se habían visto obligados a abandonarlo a causa de los levantamientos de los años anteriores. En una junta celebrada en Parral en 1673, jesuitas y franciscanos resolvieron sus querellas y se ratificaron los linderos jurisdiccionales entre ambas órdenes: los conchos y las tierras bajas para los franciscanos, y los tarahumaras y las tierras altas para los jesuitas.
A partir de entonces, los jesuitas comenzaron una febril tarea misional que incluyó la refundación de misiones y la apertura de otras nuevas. Entre 1674 y 1676 los jesuitas fundaron las misiones de San Bernabé, Carichic, Nonoava, Coyáchic y Cerro Prieto. También repoblaron la misión del Papigochic. En estos años se abrió la zona conocida como la Bavícora a la explotación económica de los europeos; su fertilidad sería aprovechada por las misiones jesuitas.
Estos años de expansión fueron notables. El adinerado Valerio Cortés del Rey presumía de contar con 42 000 vacas en las riberas del Conchos. En 1679, cuando logró que la Corona autorizara la fundación de su mayorazgo, contaba con una fortuna que se calculaba en 300 mil pesos. El mayorazgo era un privilegio que otorgaba la Corona para garantizar la herencia de los bienes a uno solo de los hijos, por lo general el mayor. Era transmisible de generación en generación y era una forma de perpetuar la fortuna y el linaje de una familia. La producción agrícola de estos asentamientos circulaba de manera preponderante hacia Parral, el núcleo de población española más importante de la zona. Las misiones de Casas Grandes y de Nuestra Señora de Guadalupe enviaban sus excedentes al mercado parralense. El comercio con Santa Fe ya estaba plenamente establecido, sobre todo en el comercio de borregos y lana. Del mismo modo, los vínculos con Sonora, a través de la Sierra Madre, eran práctica cotidiana. Se intercambiaban semillas, piloncillo y trabajadores. Los yaquis continuaban llegando en buen número a Parral y al Valle de San Bartolomé. Jesuitas y franciscanos veían aumentar el número de indios evangelizados, los bautizos sumaban miles y las misiones lentamente comenzaban a adquirir un peso económico considerable. Además de lograr la autosuficiencia, las misiones tenían facultades para vender sus excedentes. Ésta fue una práctica común en las misiones de esta zona. Por otro lado, varios denuncios de tierra mostraban la paulatina expansión de los españoles hacia el oriente.
Sin embargo, las semillas de la violencia no habían sido extraídas de este suelo. La expansión española, civil y religiosa, que se ha reseñado atrás, había tenido lugar a costa de territorio indígena y traía consigo la intensificación de la explotación de los cursos tarahumaras y conchos: más trabajo, más tierra, más agua, más bosque de los indígenas quedaban bajo control español. Los indígenas parecían esperar una ocasión propicia.
