Los esfuerzos borbónicos fracasaron en su intento de lograr la expansión española sobre las porciones territoriales situadas al norte del paralelo 30 o bien al norte del cinturón de presidios establecidos por el reglamento de 1772, propuesto por Rubí. Sin embargo, tuvieron mucho más éxito en cuanto a la pacificación de la frontera con los nómadas.
Los ataques de estos grupos indígenas comenzaron a disminuir después de 1790, lo que marcó un contraste con las décadas anteriores. ¿Cómo fue posible esta pacificación? Hay varias razones. Una de ellas es el aumento notable de soldados en la frontera, lo que posiblemente mejoró la capacidad de respuesta española. Sin embargo, este aumento militar no es suficiente para explicar el fenómeno, toda vez que los efectivos españoles aumentaron sostenidamente desde 1700 y, como se vio, la guerra se agudizó, sobre todo en la segunda mitad del siglo XVIII. Por ello hay que buscar otras razones. Una de ellas es sin duda el despliegue de una política heterodoxa, propuesta por el virrey Gálvez en 1786, consistente en la combinación de negociación y represión.
Bernardo de Gálvez, aquel comandante inspector de los presidios que vivió en Chihuahua en 1771, era el primer virrey de la Nueva España que tenía antecedentes en la lucha contra los nómadas del septentrión. Creía firmemente que la sola represión no era suficiente para controlar a los grupos nómadas. Ello significaba ofrecer y pactar la paz con distintos grupos, promover el divisionismo entre grupos indígenas enemigos (por ejemplo, alimentar las diferencias seculares entre apaches y comanches), buscar alianzas con algunos grupos, fomentar el consumo de alcohol y de otras mercancías que favorecieran la dependencia de los nómadas respecto de la economía española y ofrecer subsidios y dietas a los grupos pacificados. Algunos de estos últimos fueron asentados junto a los presidios de Janos, San Buenaventura, Carrizal, Norte, Namiquipa y San Elizario, en donde se intentó, con escaso éxito, fomentar su vocación agrícola. Incluso en alguna ocasión el comandante militar, el brigadier Salcedo, suspendió la entrega de raciones a los apaches pacificados para obligarlos a trabajar. Fue tal la agitación que provoco la medida, que el militar tuvo que dar marcha atrás. La entrega de raciones a los apaches pacificados, financiadas con dinero gubernamental, continuó de manera ininterrumpida hasta la década de 1830.
Este conjunto de medidas fue aplicado por la comandancia general, a pesar de los constantes cambios y divisiones que sufrió esa instancia gubernamental después de la salida de Teodoro de Croix. La comandancia se fraccionó en varias ocasiones en dos y hasta en tres partes, por ejemplo en las provincias de oriente y en las de occidente. Esa desorganización revelaba el fracaso del proyecto original de Gálvez respecto a la expansión española en el septentrión. Además, era resultado de la subordinación creciente de la comandancia general al virrey novohispano. En efecto, desde septiembre de 1785 la comandancia quedó subordinada a la autoridad del virrey.
El fracaso del proyecto de Gálvez, tan bien ilustrado por el triunfo de la figura del virrey sobre la del comandante general, era resultado, en el fondo, de la incapacidad del septentrión de generar los recursos pecuniarios suficientes para sostener el movimiento expansivo español. Esto significaba que los gastos originados por la comandancia y en general en el sostenimiento del aparato militar y administrativo del septentrión continuaron proviniendo del centro del país. En esa medida era difícil que cualquier virrey accediera de buena gana a patrocinar un proyecto que le significaba la pérdida de una porción territorial de la magnitud de las llamadas Provincias Internas.
En una de las tantas reorganizaciones de la comandancia general, en la que incluso se le unificó y se le devolvió su autonomía respecto al virrey, el comandante Pedro de Nava se estableció en la villa de Chihuahua. Con esa medida, las actividades de este aparato burocrático contribuyeron a dar más dinamismo a la economía local. Esto ocurrió en 1791 y se prolongó hasta bien entrada la década de la lucha de independencia. El arribo del comandante propició una madeja burocrática muy complicada, porque en la villa de Chihuahua funcionaban varias instancias de gobierno: el ayuntamiento, el corregidor, el subdelegado real y el comandante general. Tal vez por esa razón en 1793 se decidió extinguir el corregimiento de Chihuahua creado, como se vio, en 1718.
Desde esta población se ponía en práctica la política de pacificación de la frontera. A pesar de las dificultades en el envío de recursos, por ejemplo en 1805 y 1806, la comandancia general pudo sostener el aparato militar y los demás gastos que acarreaban los arreglos con los nómadas. Ello permitió años de relativa paz en la provincia, hecho que influyó en el comportamiento demográfico y económico descrito atrás.
Los ataques de los nómadas no impedían el funcionamiento de la economía septentrional, pero si la dificultaban y la inhibían. Al suspenderse esas correrías, la población sedentaria pudo ocupar nuevamente antiguas minas y ranchos, e incluso abrir nuevas áreas al cultivo y nuevos minerales, como Santa Rita del Cobre. Los caminos se volvieron más seguros, lo que facilitó el intercambio de mercancías y la circulación de personas.
