LA PACIFICACIÓN DE LA FRONTERA, uno de los principales logros de la Comandancia General, comenzó a desmoronarse desde el inicio de la guerra de Independencia. El traslado de soldados presidiales hacia el centro del país a partir de 1810 y la falta de pago puntual de sueldos a esas tropas habían minado la defensa contra los indígenas. En Coahuila los ataques apaches volvieron en 1816 y 1817. En Sonora la situación se deterioró aún más, porque dos grupos de indios sedentarios organizaron varios levantamientos: los ópatas, un grupo que había prestado grandes servicios a los españoles contra los nómadas, se levantaron en 1819 y luego en 1824, en protesta por abusos de funcionarios y vecinos; más tarde, en 1825, los yaquis se sumaron a la rebeldía. En ambos casos, las autoridades de Chihuahua prestaron auxilio a las de Sonora para sofocar las rebeliones. De igual modo, el gobierno general había dejado de pagar los sínodos a los misioneros franciscanos de la Tarahumara, por lo que el gobierno chihuahuense había tenido que cubrir esas erogaciones.
En Chihuahua la guerra retornó a mediados de 1831, cuando una partida de comanches mató a dos capitanes cerca del río Bravo. Los comanches fueron reprimidos, pero respondieron con una insurrección general, a la que se sumaron poco después diversas partidas apaches (gileños, mimbreños y mescaleros). Este brote de violencia tuvo su origen en la decisión del comandante militar, el coronel José Joaquín Calvo, de suspender las raciones y subsidios a los indios pacificados.
El desgaste acarreado por el movimiento insurgente, la misma independencia del dominio español y el surgimiento del nuevo país organizado en estados soberanos, con gran margen de independencia entre sí y respecto al centro, propiciaron un debilitamiento del sistema militar así como de los arreglos de paz con los nómadas. También contaban el avance norteamericano y el desplazamiento de los comanches hacia el sur, así como los intercambios comerciales entre nómadas y comerciantes "angloamericanos", como se les llamaba entonces. El resultado fue el retorno de los años de violencia intermitente, de los asaltos a haciendas y ranchos, de los secuestros de personas y de los ataques a las caravanas y viajeros.
En octubre de 1831 el comandante Calvo declaró formalmente el estado de guerra contra los nómadas. En enero del año siguiente, entre 300 y 400 apaches se habían alzado y se dedicaban a atacar y robar en el perímetro comprendido entre Carretas, Concepción, Carrizal y San Buenaventura o Galeana. El gobernador Madero obtuvo facultades extraordinarias para hacer frente a la amenaza apache y se tomaron medidas para organizar y armar a los vecinos de los pueblos. En el otoño de 1834, luego de que la epidemia de cólera alcanzó a los habitantes de Chihuahua, los nómadas se acercaban a Durango, después de atacar varios puntos del sur chihuahuense, como lo informaba un periódico de la ciudad de México.
La reanudación de las hostilidades de los nómadas tenía lugar en un escenario político muy distinto al de la época colonial. Un incidente ilustra con claridad esas nuevas condiciones. Cuando se presentaron los primeros ataques comanches y apaches, el comandante Calvo organizó en agosto de 1832 una expedición hacia el norte del estado. Al llegar a la hacienda de Encinillas tuvo noticias de que José Urrea, comandante militar de Durango, se había sumado a la rebelión encabezada por Santa Anna en contra del presidente Bustamante. Calvo y el gobernador Madero expresaron su lealtad a Bustamante, por lo que Urrea decidió invadir el estado de Chihuahua. Calvo se vio obligado a dividir sus tropas y a marchar con una fuerza hacia el sur para hacer frente a la amenaza de Urrea. Por fortuna las negociaciones detuvieron el enfrentamiento: el 24 de octubre de 1832 se firmaba un tratado (de la Noria) que cesaba las hostilidades. Este tipo de conflictos era inimaginable en la época colonial.
En efecto, la entonces breve vida nacional había exhibido las grandes diferencias existentes entre las élites y grupos políticos en torno a cómo organizar al país recién independizado y mostraba también que, a diferencia de la época colonial, las inconformidades y polémicas se resolverían en buena medida por la vía de las armas. En las elecciones de 1829, para suceder a Guadalupe Victoria, se había dado la primera gran escisión de las muchas que viviría el país a lo largo del siglo XIX. En diciembre de 1829, el presidente en funciones, el general Vicente Guerrero, fue depuesto por los seguidores del Plan de Jalapa, que designaba presidente de la república a Anastasio Bustamante. En Chihuahua el comandante militar y el gobernador José María Arce apoyaron a Bustamante y reprimieron a los enemigos del Plan de Jalapa. Como resultado, un buen número de chihuahuenses tuvo que abandonar el estado, entre ellos el vicegobernador del estado, el abogado José María Ramírez y ocho de los 11 diputados.
Por otro lado, el retorno de los ataques apaches mostró que el poder político se hallaba sumido en una profunda crisis y que carecía de recursos para enfrentarlos. Las solicitudes de Cooperación pecuniaria a los particulares comenzaron a ser cosa común después de 1834, ya que el gobierno local carecía de fondos para las campañas militares. Ya había quedado atrás el superávit fiscal de la década anterior. Además, las divisiones nacionales impedían al gobierno general apoyar a los gobiernos estatales en su lucha contra los "bárbaros", como era la denominación común que recibían los nómadas. Ello condujo a un resentimiento creciente de la población local contra el gobierno general. En diciembre de 1834 un periódico chihuahuense, El Fanal, pedía de plano la anexión a los Estados Unidos para obtener protección; según ese mismo periódico, no tenía sentido seguir vinculado a una federación que era incapaz de aliviar el sufrimiento local.
El estado de guerra impuso un creciente militarismo en la entidad. En septiembre de ese mismo año de 1834 el Congreso local nombró gobernador de Chihuahua al comandante militar, el coronel José Joaquín Calvo. De ese modo se unificaban los mandos civil y militar en una sola persona. Calvo tomó diversas medidas contra los nómadas, por ejemplo la prohibición del comercio con apaches y comanches, bajo pena de muerte; la devolución a sus propietarios del ganado rescatado a los indios; el cobro de derecho de peaje como contribución de guerra, entre otras; también fomentó la dotación de armamento a los vecinos de haciendas y ranchos y organizó las milicias urbanas y rurales.
Aunque la guerra contra los "bárbaros" consumía buena parte del esfuerzo local, la economía, la sociedad e incluso la cultura mostraban signos de vitalidad. A fines de 1835 se descubrían unas riquísimas vetas de oro en el rincón suroeste del estado, no muy lejos de Batopilas. La noticia, como en la época colonial atrajo a gran número de personas, que pronto dieron vida a una nueva población: Guadalupe y Calvo. Lo de Guadalupe venía del culto guadalupano, mientras que lo de Calvo venía del apellido del gobernador y comandante militar. En 1836, inversionistas ingleses instalaban allí la primera máquina de vapor en la entidad.
Calvo era un ferviente partidario de la educación pública. Donó su sueldo de gobernador para apoyar el funcionamiento de diversas instituciones educativas; esa inusitada decisión garantizó la subsistencia de la escuela lancasteriana en la capital del estado, fundada apenas en 1834 y que era dirigida por el profesor Gignour. En marzo de 1835 abría sus puertas la escuela preparatoria, con el nombre de Instituto Literario del Estado, a cargo del abogado José María Bear. El 3 de abril de ese mismo año veía la luz el primer número del Periódico Oficial del Estado, donde se dio espacio a varios poetas locales, como Arellano y De Nava. De esta época son también las primeras obras geográficas sobre Chihuahua: las Noticias estadísticas, de José Agustín de Escudero, y el Ensayo estadístico del estado de Chihuahua, de Pedro García Conde. Estas dos obras son ahora de consulta obligada para cualquier estudioso; lástima que no se hayan reeditado últimamente.
