A través de territorio michoacano y después de hacer visita de inspección a las minas de Tamazula, que se había reservado para sí el capitán general, por la vieja ruta de Tuxpan que bordea el Volcán de Fuego, Francisco Cortés arribó a la Villa de Colima.
El gran Colima fue una realidad territorial, al menos desde 1524, cuando Francisco Cortés fue nombrado para este oficio hasta los años treinta de ese siglo, cuando Nuño de Guzmán afectó los intereses cortesianos en Jalisco y Nayarit.
El diseño del gran Colima lo fue elaborando Hernán Cortés a partir de aquella primera entrada imprevista e inoportuna realizada por una hueste amotinada. Desde aquel momento y durante años, Zacatula y Colima quedaron apareadas. En realidad a Cortés le resultaba de primera importancia dejar bien establecidas estas dos villas de españoles abiertas a la mar. Ya vimos, las dificultades que desde un principio afectaron el puerto zacatulano; quizá por ellos el interés cortesiano en afianzar la villa de frontera que era Colima. De ahí también que se considere la precaria situación institucional del finisterre novohispano: por un lado, Francisco Cortés no dispuso de libertad absoluta para incorporar en sus filas a quien quisiera; una serie de restricciones le fueron impuestas. Sin licencia expresa del capitán general nadie pudo ser alistado. En segundo lugar, el panorama del reino tarasco se veía amenazado por tensiones y la expedición prevista por la Instrucción cortesiana hacia el norte, como toda exploración y nueva conquista, era un arma de doble filo al no saberse con certeza los eventuales enemigos y escollos a sortear. El carácter militar con el que venía investido Francisco Cortés, sin duda favoreció en forma inmediata su gestión. Los hombres que le acompañaban, algunos de ellos vecinos de Colima pero que estaban en la ciudad de México, sabían que más allá de determinados objetivos por cumplir en esta villa, la más importante tarea sería explorar hacia el norte y, entre otros fines, descubrir el secreto de las Amazonas del que habían hablado en México Gonzalo de Sandoval y sus acompañantes. El atractivo de aquella misión podía sonsacar a los españoles apenas avecindados en Colima. Esto debía impedirse. El mejor medio para evitar el abandono de aquella población marginal sería fijar a sus pobladores con la garantía de sus encomiendas, por lo cual Hernán Cortés dispuso en la mencionada instrucción que tan pronto su lugarteniente prestase juramento ante el cabildo, haría público el repartimiento de los naturales de esas provincias.
Desde diciembre de 1523, como ya se dijo, habían sido expedidas algunas cédulas encomendando pueblos a vecinos de Colima, que probablemente confirmaban un repartimiento previo realizado por Gonzalo de Sandoval al concluir su campaña en este territorio. Sobre el particular conviene indicar que los capitanes tenían esta capacidad de decisión: ellos eran quienes conocían los méritos y servicios de sus soldados, las pérdidas que habían sufrido en combate con los naturales y los recursos que podían proporcionar los pueblos conquistados. Pero dichos repartos, como el llevado a efecto por Sandoval y el que habría de hacer Francisco Cortés, necesitaban la ratificación mediante la correspondiente cédula del capitán general, fuente originaria de todo derecho en la Nueva España en nombre del rey. Es bien sabido que no todos los conquistadores quedaron satisfechos con tales repartos; a veces cuando llegaba la cédula, los datos resultaban imprecisos o equivocados, por lo que algunos vecinos apelaban al sentirse agraviados. Un caso frecuente de alegatos era porque, a juicio de los encomenderos, la calidad de los pueblos no era proporcional a los servicios prestados durante la conquista.
Llama la atención la insistencia del capitán general sobre el cuidado que debían tener los encomenderos con los indios de la región; una y otra vez les insta a no cometer maltratos ni vejaciones en contra de ellos, sobre todo a no pedirles oro. En otra ocasión Hernán Cortés, insistiendo sobre este punto, alude a una de las primeras actividades más productivas a las que se dedicaron aquellos vecinos: la cría de puercos. Algunos vecinos, incluso, sacaban a vender lotes de cerdos al mercado de la ciudad de México.
