La fiesta de la Pascua de Resurrección de 1525 se celebró el 16 de abril. Quizá algunas semanas después hizo su entrada en la Villa de Colima aquella tropa maltrecha que había ido tiempo atrás en busca de nuevas tierras. Llegaba cansada, llena de insatisfacciones. De repente la villa vio acrecentada su población hasta sumar alrededor de 200 vecinos, número muy elevado si se compara con las restantes poblaciones españolas de la Nueva España. Es posible que con ello la convivencia se hiciera agria. Los expedicionarios al llegar hallaron la zozobra que agobiaba a los vecinos. Los rumores por el fallecimiento de Hernán Cortés eran insistentes, la lucha por el poder en la capital novohispana se hacia cruel y la vida cotidiana en Colima era fiel reflejo de aquella crisis.
Una inmediata y urgente necesidad para Francisco Cortés fue proporcionar a los miembros de la expedición solares para sus casas y terrenos de huertas en las cercanías de la villa. Los altos costos de algunos materiales en un mercado inflacionario, por un lado, y las menguadas ganancias del botín, por otro, obligaban al cabildo de la villa a salir en auxilio de los vecinos. Era un imperativo obtener tierras para propios aunque a la sazón no existía villa de españoles en toda la Nueva España que los tuviera.
Es preciso, no obstante, suponer que algunos vecinos mostraron su descontento por los resultados obtenidos durante la expedición, culpando de ello a Francisco Cortés; otros vivían inciertos por las expectativas que podía ofrecer la vecindad de Colima. Poco a poco fueron desfilando hacia México o hacia otras regiones, sobre todo porque ya no estaba Hernán Cortés para exigir su residencia en Colima. La lealtad de muchos se puso en venta al mejor postor.
Corrieron aquellos meses inciertos. El 10 de noviembre de ese año se celebró en la ciudad de México una junta de procuradores de las villas españolas para obtener del rey algunas medidas para tranquilizar las provincias novohispanas. Pedro Sánchez Farfán representó a la ciudad de México, Juan Volante asistía por la Villa Rica, Juan Coronel por la Villa de Medellín, Alonso de Castrillo en representación de los vecinos de Coatzacoalcos, Alonso Álvarez acudía por Pánuco y Francisco Cortés por la Villa de Colima.
Por el progreso de la Nueva España, los procuradores pedían a Su Majestad mayor atención y, entre otras providencias, liberar el comercio con "las islas de este mar Océano como de cualesquier partes de los puertos de Castilla". Los procuradores eran particularmente sensibles al asunto de fondos y propios para proveer muchas cosas, así caminos como puentes.
No fue tan fácil llegar a un acuerdo porque había celos entre algunas villas y eran más urgentes los asuntos a presentar ante el rey: a saber, que los regidores fueran perpetuos y elegidos entre los que "han derramado su sangre en la conquista desta tierra".
Colima, a pesar de los pesares, permaneció siendo un baluarte de la causa cortesiana y cabeza de puente de un extenso territorio. De hecho, las tierras anexadas por la expedición a las órdenes de Francisco Cortés fueron durante un tiempo reconocidas como conquistas logradas por los vecinos de la Villa de Colima y, por tanto, tierras integrantes de esta provincia y bajo su jurisdicción. Esto explica algunos sucesos posteriores: la incorporación a la provincia de Colima de los enclaves cortesianos de Tamazula, Tuxpan y Zapotlán, por una parte, y la provincia de Amula, por otra.
De la misma forma, era evidente el afán de Nuño de Guzmán por destacar el abandono en que los vecinos de Colima tenían sus lejanas encomiendas repartidas por Francisco Cortés, y la falta de atención prestada a sus indios en cuanto a la doctrina cristiana y a los auxilios espirituales. Por último, una vez que aquellas tierras quedaron desligadas de la jurisdicción de Colima, aunque las encomiendas más al norte vinieron a formar el núcleo inicial de la Nueva Galicia, los pueblos en torno a Autlán, Ameca, Etzatlán, los pueblos de Ávalos, Amula y la provincia de Tamazula, Tuxpan y Zapotlán, mantuvieron su autonomía con respecto al reino neogalaico y se erigieron por siglos en frontera occidental de la Nueva España.
Cuando volvió Hernán Cortés de su triste desventura y recuperó en parte el poder perdido y sus prebendas, miraría a Colima con peculiar interés. El recuerdo de la expedición dirigida por su pariente le acicatea; aquel río que resultó el límite de la campaña le inquietaba y suscitaba en él numerosas expectativas, allende la Mar del Sur y en víspera de marchar a las Californias. Sus sueños tropezaron con un escollo: Nuño de Guzmán, cuya inacabable competencia iría creciendo a partir de la Navidad de 1529. Las tierras otrora pertenecientes a Colima y su provincia serían entonces zona de conflicto.
En Colima el marqués del Valle tuvo amigos e intereses; aquí tenía puerto para poder descubrir el ignoto Mar del Sur; aquí, llegada la oportunidad, firmaría la creación de su mayorazgo el 9 de enero de 1535.
Aquella villa de frontera tuvo durante las décadas de los veinte y los treinta del siglo XVI visos de erigirse con el tiempo en un enclave importante de cara al mar y hacia tierra adentro. El ocaso de Hernán Cortés, el alistamiento de algunos de sus vecinos en la hueste de Nuño de Guzmán, el señuelo nuevamente ávido por las intangibles Amazonas, las Siete Ciudades de oro y plata, la falaz abundancia de las minas y perlas del litoral, etcétera, motivarían, entre otras causas, el declive del gran Colima y el colapso de aquella villa, al tiempo que desaparecía, silencioso y casi ciego, Francisco Cortés, un conquistador malogrado pero que, en definitiva, supo dar genio y figura a la Villa de Coliman de la Nueva España.
Aquel hombre, a pesar de la incuria de sus contemporáneos y de la escasa valoración que los tiempos hicieron de él, sumó aptitudes merecedoras de mayor crédito. Su capacidad para organizar una amplia región del occidente de la Nueva España, la extensión dada a la misma, su atento observar —bitácora en mano— tierras y oportunidades, la actitud decidida de no arriesgar más hombres y tiempo, la conciliadora política con los naturales, el interés por procurar propios abundantes —el pueblo de Tuxpan en Jalisco— para la villa de Colima, son todos ellos elementos que no justifican la supuesta cobardía y la debilidad de carácter y mando que se le han atribuido a aquel conquistador.
El 8 de junio de 1532, a siete años de su fundación y por los días que falleciera Francisco Cortés, el cabildo de la Villa de Colima soñaba aún con un futuro prometedor. En carta al rey decían que eran 60 vecinos, solicitaban nombramiento de seis regidores perpetuos e informaban de la necesidad de enviar a la Corte un procurador que mirase por el acrecentamiento de la misma de cara a la pacificación de su provincia, de Michoacán y Jalisco.
Cuatro meses después, el 23 de octubre de ese mismo año, el mismo cabildo acordó "hacer descripción de esta tierra", que fue el primer padrón de Colima: los ahora 51 vecinos poblaban, sin embargo, una villa sin rostro ni ventura.
