Los precios elevadísimos que caballo y yeguas adquirieron en el mercado de la Nueva España desde el momento de la Conquista y los años inmediatos acicatearon sin duda a los primeros criadores. Ya fue mencionada la pronta dedicación de algunos vecinos de Colima a la porcicultura, sin embargo, ésta decayó con el tiempo para que surgieran, primero, los rebaños de ovejas, y luego con vigor la cría de caballos y el ganado vacuno. El éxito de éstos dos últimos, como en otras regiones novohispanas, fue enorme.
El visitador Lorenzo Lebrón de Quiñones presenta una lista de los principales ganaderos de Colima: Francisco de Mendoza, en las tierras de Amula, tenía unas 3 000 o 4 000 vacas; Juan de Aguilar; 3 000 vacas y 300 yeguas; los herederos de Manuel de Cáceres, 2 000 vacas y 400 yeguas; Alonso de Ávalos, en términos de Miaguatlán, tenía unos 2 000 novillos; Beatriz López, 1 000 vacas y 200 yeguas; Alonso Miguel, 1 000 vacas y 150 yeguas; Antonio de Maya, 1 000 vacas y 100 yeguas; y otros vecinos, como Diego Téllez, Juan Fernández el Mozo, Juan Fernández el Viejo, Diego Morán, Jorge Carrillo, Martín Monje, Hernán Ruiz de la Peña, y Juan de Gámez —éste en términos de Tenamaztlán— eran prósperos ganaderos pero con menor número de cabezas. Una suma aproximada de cabezas, para 1554, la proporciona el mismo Lebrón de Quiñones: 15 880. En 1622-1623, el total del ganado declarado por una tercera parte de los vecinos, aunque éstos fueran los principales, ascendía a 42 420 cabezas. Entre los propietarios de mayor número de cabezas destacaban García Ramírez de Alarcón (24 800), Juan Fernández de Tene (16 000), Diego Árias Arellano (14 000), Domingo Vela de Grijalba (11 100), Álvaro García de Grijalba y Alonso Álvarez de Espinosa 11 000), capitán Matías del Hoyo (10 100) y Diego Mejía de la Torre (10 000).
Pronto fueron surgiendo algunos problemas. El primero de ellos, quizá, era la mano de obra especializada. Fue necesario incorporar a las estancias de ganado la presencia de mestizos y esclavos negros, a quienes se nombraba capitanes o mayorales al frente de cuadrillas de indios. El costo de ellos era elevado, por lo cual los tutores y administradores de las personas y bienes de los huérfanos, soslayaban la responsabilidad de atender debidamente los ganados de sus menores. Entonces el ganado huía de las estancias y ejidos de la villa para perderse en el monte. El ganado mostrenco causaba a veces estragos en los sembradíos de las comunidades indígenas del rumbo, cuyos naturales presentaban de inmediato sus quejas ante la autoridad correspondiente.
El fenómeno del ganado mostrenco y la abundante proliferación de la ganadería en los ejidos de la villa, donde los vecinos acostumbraban tener sus animales, facilitaba además prácticas ilegales e indebidas. De vez en cuando algún vecino aprovechado, fuera del tiempo de los herraderos autorizados, a escondidas, ponía su hierro al ganado montaraz y lo sacaba fuera de la provincia para su venta. Llegó un momento en el que autoridades y vecinos se sintieron impotentes ante los problemas que causaba la ganadería. Había incluso partidas de indios que, par las noches, salían de sus pueblos, se introducían en las estancias y mataban ganado para vender la carne a hurtadillas en sus comunidades.
De hecho, la ganadería vino a menos sobre todo cuando el precio de la carne se derrumbó. Sin embargo, todavía en el primer cuarto del siglo XVII, hacia 1622-1623, casi 9% de los capitales colimotes estaba invertidos en ella. Por otra parte resulta de particular interés que, para estas fechas, 40% del casi centenar de vecinos de la Villa de Colima poseía recuas propias para sacar sus productos fuera de la provincia, lo cual "demuestra el activo trato e intercambio" que había en ella y el espíritu emprendedor que a aquella comunidad alentaba.
