Desde tiempos inmemoriales, los pobladores de la región colimeca se dedicaron al beneficio de la sal, en particular en torno a la laguna de Cuyutlán y tierras cercanas a Tecomán. Las Relaciones geográficas (1579-1581) de los pueblos comarcanos aluden con frecuencia a los tratos habidos entre ellos y los de Colima a propósito de la sal. Durante el siglo XVI, entre los tributos a pagar por los indígenas también se mencionaba la sal.
Los españoles, al parecer, en un primer momento no se preocuparon por explotar las salinas, pero según fue corriendo el siglo XVI y con él el desarrollo de la minería, más y más vecinos de Colima fueron aplicándose a ellas. En los periodos de zafra —meses de abril a junio— era nombrado un teniente de alcalde que administraba justicia y coordinaba los intereses muchas veces contrarios de vecinos e indígenas. Sintomático de este creciente interés es la merced para propios de "dos asientos de pesquería en la laguna o estero de Cuyutlán", concedida a la Villa de Colima el 12 de abril de 1600 por el conde de Monterrey. Estas salinas constituyeron los únicos propios que tuvo Colima durante cientos de años —situación que perduró hasta la última década del siglo XIX— y servían en especial "para sus peculiares agencias, urgencias y socorro a las necesidades que padece por los continuos temblores y temperamento calidísimo".
En los inventarios de 1622-1623 fueron declaradas en explotación 13 salinas que daban anualmente una producción de 2 500 fanegas, cuyo precio sin embargo oscilaba con frecuencia entre un peso, dos e incluso más la fanega. Las inversiones de los vecinos en las salinas, empero, apenas significaban 1.3%, aunque resultaban altamente redituables.
Una actividad económica que pudo ser importante y sin embargo poco se desarrolló en la región fue la pesca, tanto de perlas como en general.
Las comunidades indígenas pescaban en los ríos y su producto les servía para el trueque: "los naturales tratan unos con otros, maíz por ají, ají por frijoles, frijoles por camarones de río, y no otras cosas", se decía entonces. Hubo pueblos que tuvieron que apelar porque se les obligaba a trabajar en las pesquerías, indicio evidente de que algunos vecinos españoles las tuvieran y hay incluso noticias de que sacaban fuera de la provincia cargas de pescado salado.
A principios del siglo XVI la Villa de Colima y su provincia contaba con un centenar de vecinos y, a pesar de sentir el agobio por algunos ramos en crisis —la ganadería era uno de ellos—, tenían conciencia de su bonanza. El anciano Francisco Toscano Gorjón así la percibía, expresándolo con belleza: "tan ennoblecida [es] esta provincia y de tan gran trato".
La alcaldía mayor de Colima vivía ya en el siglo de la consolidación con identidad y conciencia histórica de sus raíces. Ello le daba un rostro que habría de seguir tallando cotidianamente.
