Pero providencias, armamento y patrullas de vigilancia fueron inútiles. El 8 de noviembre entraban las tropas insurgentes al mando de Rafael Arreaga y José Antonio de Torres, quienes depusieron al subdelegado Linares de su cargo.
Los comisionados del gobierno insurgente incautaron las propiedades de los europeos y la tropa saqueó las tiendas de Colima y las haciendas cercanas.
Las arbitrariedades cometidas por los insurgentes hicieron muy difícil el trabajo de Anguiano; le exigían con frecuencia efectivo que, a juicio del depositario, ponía en peligro aquellos capitales porque la mayoría de los europeos "estaban enlazados con crecidas deudas a muchos criollos y otros" que, por supuesto, patentizaban sus reclamaciones. Anguiano planteaba, además, otros motivos. "a más de tan crecida molienda, cuentas, contestaciones y afanes" que consumían su tiempo, a él le dolía en forma particular "la malquistación con todas las mujeres de ellos". Por eso presentó su renuncia a los comisionados. Estos respondieron el mismo día diciéndole que no había lugar a tal renuncia. Momentos después, salían de camino con la tropa, y desde el Trapiche le enviaron nuevo recado en el que le mostraban toda su confianza y amistad.
El 3 de marzo de 1811, José de la Cruz, intendente y gobernador de Guadalajara, enviaba con el padre comendador de los mercedarios, fray Mariano Ramírez, un ultimátum a los vecinos de Colima para que, abandonando las banderas insurgentes, rezaran a la legalidad. Ese mismo día, desde Zapotlán, el coronel Rosendo Porllier comunicaba la victoria alcanzada sobre los rebeldes "dejando el campo de batalla cubierto con más de mil cadáveres y en total dispersión las miserables gavillas de revoltosos".
Colima permaneció bajo la influencia del ejercito insurgente hasta el 6 de marzo de 1811. De inmediato comenzó la persecución de quienes abiertamente habían prestado servicios al partido de la insurrección. Como es lógico, el bachiller Ramírez cayó bajo sospecha. Ni más ni menos el sector más afectado por los sucesos pasados salió en su defensa; en efecto, las esposas de los europeos que habitaban en la Villa de Colima certificaron "la buena amistad que el Bachiller D. Francisco Ramírez profesaba a nuestros esposos, del amor y compasión con que miraba nuestras casas".
Si bien las comarcas más cercanas a Colima estaban bajo control realista, no sucedía lo mismo en otras zonas. Algunas partidas, a cuyo frente estaban hombres como los sacerdotes José Antonio Díaz y Venegas, Antonio Béjar, Fermín Urtiz, José Calixto, alias Cadenas, los hermanos Regalado, Ramón Brizuela y "un agustino que dicen se tiene por sobrino del Cura Hidalgo", asaltaban pueblos muy cercanos como Zapotlán, Tecalitlán y Atenquique, y dominaban Xilotlán, Coalcomán y otros. Al sur de Jalisco, en los límites con Colima, estaba la fuerte presencia de Gordiano Guzmán, quien en más de una ocasión incursionó sobre tierras colimotas.
Hubo intentos de salir en persecución de alguno de los cabecillas que merodeaban los alrededores, pero inútilmente. Entre alarmas varias, rumores sobre "victorias soñadas" y "nuevos cuerpos de insurgentes" que se levantaban por doquier con "armamentos fantásticos", arribó a la Villa de Colima el 4 de abril "a las cinco y media de la tarde" la noticia oficial de la aprehensión de Hidalgo. "Inflamados nuestros corazones del júbilo y alegría por tan interesante noticia, determinamos que a la hora de la llegada del correo, se indicara al público con un repique general y salva."
Por parte de la insurgencia no faltaron tampoco proyectos de tomar Colima. Ya desde esos días se abrigaban fuertes temores en Colima por un eventual ataque de partidas que operaban por Zapotlán, Zapotiltic, Tuxpan y Tamazula, haciendo que se apostaran grupos de vecinos en lugares estratégicos para su defensa; oficialmente se avisaba de brotes en Tomatlán y Purificación; y también se decía que el padre José Antonio Díaz pretendía atacar "viniéndose por Coahuayana".
Según avanzaban los días, los temores crecieron. El subdelegado José Sebastián Sánchez enviaba un atento oficio al cura de Colima poniéndole sobre aviso ante "un levantamiento de la plebe", quizá "en los días de la presente semana".
Por ello, sugería al padre Islas que mandase "suspender las procesiones acostumbradas, celebrándose solamente en los templos los respectivos oficios e instruyendo al público de las poderosas razones que impiden la demostración de bulto de los misterios santos de nuestra Redención". Pero el subdelegado asimismo encontraba reacios a muchos vecinos que se negaban a tomar las armas para defender la villa. Por fin José Calixto Martínez, alias Cadenas, pudo apoderarse de Colima el 3 de mayo, desalojándola, sin embargo, pocos días después. Fue el 16 de agosto cuando Ignacio Sandoval y Gallaga, luego de una refriega con los realistas en San Francisco Almoloyan, pudo ocupar Colima. En días sucesivos fueron arribando otras partidas —entre ellas las de Regalado y Martínez—, sumando la extraordinaria cifra de unos 5 000 hombres. Pero el 21 de agosto las fuerzas realistas de Manuel del Río hicieron huir a los insurgentes. El 27 de diciembre de aquel año, el capitán Guzmán y el cura José María Jerónimo Arzac derrotaron al insurgente Sandoval.
Tal estado de zozobra se prolongó por mucho tiempo. José Sixto Verduzco instruía a Pedro Regalado a fines de 1812 para que desde Coalcomán fuese hasta Colima para desalojar a los realistas, pero "evitando los latrocinios a que está impuesta esa tropa" y, en caso necesario, aplicar severos castigos a los culpables; al mismo tiempo, le recomendaba consideración con los vecinos y que ofreciera el perdón a quienes dejasen de luchar contra la causa de la libertad. El plan era bueno, pero nunca tuvo efecto. Apenas pudo Regalado llegar hasta Tonila al empezar 1814. No obstante, si bien no había forma de acercarse a la Villa de Colima, partidas de guerrilleros actuaban en Tonila, Minatitlán, Tamala, Ixtlahuacán, Maquilí y Ostula, entre otros puntos, lo cual no dejaba de ser una amenaza para viajeros, comerciantes, haciendas y ranchos, y causaba estragos en la economía regional. Por ejemplo, la producción de sal se derrumbó y las haciendas con trabajo podían mantener en pie sus cultivos y ganados, mientras que en lo político cada día se hacía más fuerte la dependencia de Guadalajara. Tiempos de desorden y de fidelidades arbitrarias, de crímenes y violencias gratuitas, de un despertar de las conciencias insurgentes, de una sorda crítica hacia los poderes establecidos, de luto y aventuras.
Aquellos años de turbulencia afectaron con mucha más hondura de lo que hasta hoy se ha creído la vida cotidiana de Colima y su región.
De repente, una fase de la historia local se cerró. Bajó el telón en la madrugada del 31 de mayo de 1818, cuando varios terremotos sacudieron los sueños y cimientos de la Villa de Colima en medio de una intensísima lluvia.
Al cura José Eugenio Bravo le tocó asentar en los libros parroquiales una escueta y dolorosa cifra: 89 muertos, las casas derruidas, los heridos, las viudas y huérfanos, la vida a la intemperie, el silencio del paisaje y los aullidos de los perros.
