Sin embargo, entre aquellos vecinos surgía la duda frente a la interpretación dada al bando oficial porque a sus oídos había llegado la noticia de que el movimiento insurgente lo capitaneaba su antiguo párroco don Miguel Hidalgo, quien —sabían— no podía prestarse a los devaneos de Napoleón. Las reacciones no tardaron en aparecer. El 6 de octubre el alcalde de San Francisco Almoloyan envió por cordillera un recado a las repúblicas de indios de Comala, Zacualpan, Coquimatlán, Tecomán, Tamala, Ixtlahuacán y Cuatlán.
El alcalde de Zacualpan remitió el Citatorio convocando a los indios de Juluapan por un correo que llegó a las dos de la tarde del día 8 a las Casas Reales de este pueblo. Allí estaba a la sazón el español José Antonio Tapia, teniente de Justicia, quien preguntó al alcalde del lugar, Pedro Juan García, si concurriría a la reunión de San Francisco. Como éste le contestó afirmativamente, de inmediato dio aviso de ello al subdelegado pidiéndole instrucciones, al entrar en sospecha de que los indios de Almoloyan pretendían alguna sublevación.
El subdelegado dictó órdenes de aprehensión y, una vez en la cárcel los sospechosos, notificó de los hechos a don Roque Abarca, anticipando su opinión al respecto: "hasta ahora parece que va resultando sincero el hecho de la convocatoria". En efecto, aquella alarma movió a los vecinos de San Francisco a proceder con urgencia porque temían un ataque inminente y no previeron las repercusiones que el hecho pudiera alcanzar, justamente por no dar cuenta previa al subdelegado. Así lo expresó la república de indios cuando pidió que su alcalde y "además hijos de este pueblo" fueran liberados de la cárcel, lo cual también avaló su cura.
Aquel suceso previno al Ayuntamiento de Colima para tomar providencias. En sesión capitular, entre otras medidas, se aumentó la vigilancia en los barrios. Pero Colima y su partido vivían en zozobra, las últimas nuevas alarmaron más a sus autoridades. El 12 de octubre hubo una reunión extraordinaria a la que asistieron el subdelegado Linares, los alcaldes ordinarios José Miguel Coronado y José Valdovinos, el diputado Alejo de la Madrid, el síndico procurador Juan Cayetano de Anguiano. Por igual estuvieron presentes otros vecinos principales: Tomás Bernardo de Quiroz, administrador de correos y diezmos, Fulgencio Díaz González, José Pascual Díaz, Martín de Anguiano y Francisco Solórzano, del comercio local, y José Rafael de Ursúa y Santiago de la plaza. Dio fe el escribano del cabildo, José Villasana. Ahí se anunció: "el ejército enemigo de la Insurrección" ha asaltado diversos pueblos, "saqueándolos y desolándolos", y se acercaba por las inmediaciones de Zapotlán el Grande pasando por Mazamitla. Urgía poner al vecindario "en acción de defensa por si acaso a él se inclinaren". Era preciso tomar de inmediato algunas providencias: entre ellas, que Martín Anguiano saliera a "Tecalitlán, Tamazula, Zapotiltic, Tuxpan e inmediaciones", y que Tomás Martínez del Campo se dirigiera "por el rumbo de las Barrancas hasta Tentic, o donde convenga".
Además, por haber sido enviadas las milicias en auxilio de Guadalajara, Colima estaba inerme para contener cualquiera revolución popular, justamente temible en las circunstancias del día". Para prevenirla se mandó organizar una fuerza de defensa interior de por lo menos 50 hombres. De ellos, 30 eran fusileros, armándose en el modo posible de fusiles y escopetas que encontrarían los vecinos, y de las lanzas que se habían mandado construir para el efecto. Los integrantes de esta fuerza debían mantenerse acuartelados, disciplinados y "prontos a cualquier hora que se necesiten".
El compromiso adquirido por el Ayuntamiento de Colima fue parco. Decidieron instruir al teniente de Tecalitlán para que estuviera "ojo avizor" y, si era preciso, diera apoyo al subdelegado de Zapotlán, pero nada más, porque para los capitulares "en la actualidad conviene meditar con preferente atención y dictar las providencias que basten a contener las revoluciones del pueblo inferior y sus horribles consecuencias", en el propio partido de Colima. Por ello libraron órdenes al comandante de la plaza para que pusiera un piquete de la infantería acuartelada a las puertas de la Real Cárcel como un acto de precaución de una fuga eventual de los presos, "favorecida acaso por el populacho", además, para que organizara "un cuerpo de patrullas de vigilancia, compuesto de los vecinos honrados de esta villa".
Se trataba de evitar que tal gente, "vaga, ociosa y sin destino ni ocupación", haga conferencias, convocatorias o tratados, "ni puedan reunirse, fomentar ni ejecutar una revolución tumultuaria". Para ello, día y noche se debían alternar las patrullas de vigilancia, poniendo especial cuidado en las concurrencias o reuniones que de ordinario se formaban en la noche en la Plaza Mayor, en la Nueva, en las calles más transitables, en los trucos, billares y vinaterías; y en suma, que el cuidado y vigilancia fueran continuos de día y de noche, sin interrupción.
El cabildo y los notables, por consiguiente, veían quizá el peligro mayor en el interior mismo de aquel vecindario. Sin embargo, comprendieron que tampoco se podía mantener un estado de sitio en aquella villa. Dos días después se hacía pública en Colima la censura eclesiástica lanzada contra el cura Hidalgo y contra sus compañeros de armas y cualesquiera que se alistaren bajo sus banderas. Con carácter de urgencia quedó ese mismo día constituida la Junta Provisional de Gobierno, Seguridad y Defensa de la Villa de Colima.
