DOLOROSA FUE LA EXPERIENCIA de la soberanía. Aquélla se dio en propiedad cuando la República vivía su agonía, cuando dos añejos proyectos de nación el federalista y el centralista, o liberales y conservadores dejaron a un lado la discusión civil y se enzarzaron en guerra fratricida. En Colima se dieron estas corrientes, lucharon entre sí tales proyectos, pero lo amargo del conflicto, la sangre del general Manuel Álvarez, no cegaron a la sociedad.
La llegada del general José Silverio Núñez a Colima el 7 de septiembre de 1857 significó mucho más que un simple poner orden en una entidad federativa. Tres meses después, ante la proclamación del Plan de Tacubaya por Félix Zuloaga, Núñez declaró que Colima se mantenía fiel a los principios liberales y, por tanto, rechazaba el recientemente proclamado plan conservador. Apenas estrenado el año de 1858, Núñez salió de Colima por instrucciones del general Anastasio Parrodi quien luego se pasaría al bando conservador, dejando por gobernador sustituto a Ricardo Palacio. La principal tarea que éste tuvo que acometer, fue organizar las compañías de seguridad y aplicar medidas contra cualquier brote conspirador.
La lejanía y marginación tradicionales de Colima y las garantías que aquel estado de la Federación podía ofrecer decidieron a las debilísimas y raquíticas instituciones republicanas a buscar en él cobijo. De Guadalajara se trasladó Benito Juárez y su comitiva a la ciudad de Colima, a donde llegaron el 27 de marzo. Al día siguiente, tomando las instalaciones del gobierno local como residencia oficial del poder Ejecutivo, empezó a dictar acuerdos de importancia: la designación de Santos Degollado, ministro de la Guerra y general en jefe del Ejército Federal y de Pedro Ogazón, gobernador de Jalisco. Por instrucciones de Juárez, Melchor Ocampo, a la sazón encargado de las relaciones exteriores, envió al gobierno de Estados Unidos una comunicación en la que puntualizaba las bases de la autodeterminación y el principio de no intervención en los asuntos internos de las naciones.
El 5 de abril, el propio Ocampo se dirigía a todos los gobernadores del país informándoles de la imperiosa necesidad del gobierno federal de salir del territorio mexicano, medida de sobrevivencia y garantía de continuidad del único gobierno legítimo mexicano Mientras que se hiciera del conocimiento público el punto a donde se dirigía el presidente Juárez, se le conferían a Santos Degollado facultades extraordinarias en asuntos de hacienda y guerra. El 11 de abril, Benito Juárez se embarcaba en Manzanillo y la guerra de Reforma instalaba sus cuarteles en un escenario hasta entonces prácticamente desconocido en anteriores conflagraciones civiles: las tierras colindantes entre Jalisco y Colima.
En efecto, a poco de salir Juárez por Manzanillo, Santos Degollado abandonaba la plaza de Colima para trasladarse a Guadalajara. Allí, al saber que Miguel Miramón al frente del ejército conservador se dirigía a la capital tapatía, levantó el sitio de Guadalajara y se replegó a la barranca de Beltrán, cerca de Atenquique. Miramón llegó a Guadalajara el 23 de junio y el 26 persiguió a las fuerzas de Degollado. El 2 de julio, en la barranca de Beltrán, cada quien de un lado, los ejércitos se midieron. Ocho horas duró la refriega. Durante ocho horas la muerte cobró su tributo. Ambos bandos cantaron victoria.