Entretanto, en Colima, el gobernador Palacio reprimía la conspiración del coronel Ignacio Martínez, jefe de las fuerzas republicanas en Colima, quien el 11 de julio fue pasado por las armas frente al convento de la Merced. Poco duró en el cargo Ricardo Palacio. Como sucedía en otros estados, los gobiernos en manos de civiles fueron cediendo su lugar a gobernadores militares: el 7 de agosto Palacio renunció para ser reemplazado por el tapatío general Miguel Contreras Medellín. Éste, a quien el Congreso le confirió amplísimas facultades, de inmediato suprimió alcabalas, estableció contribuciones, reorganizó los diversos ramos de la administración, mantuvo la tranquilidad pública, impuso un préstamo forzoso de 50 000 pesos, que tuvieron que pagar por partes iguales clero, comerciantes, industriales y propietarios, y exigió en forma anticipada el pago de un año de réditos sobre capitales impuestos en favor de bienes eclesiásticos y cofradías.
En diciembre, tronaron los cañones de nuevo en las barrancas. Miramón se desplazó desde Guadalajara, a la que había ocupado, tras los rastros de Degollado. Pudo romper las defensas de Atentique y, por el paso de Novillos, cayó sobre la plaza de Colima el día de Navidad. El general Contreras Medellín, gobernador del estado, había evacuado la ciudad previamente junto con su guarnición. Al ser informado Santos Degollado que Miramón estaba en Colima decidió acudir en defensa de la ciudad, pero Miramón le salió al encuentro, desbaratando al ejército federal en tierras de la hacienda de San Joaquín, el 26 de diciembre. Entre los hombres que cayeron prisioneros, estaban Daniel Larios, diputados por Colima al Congreso de la Unión y secretario general de gobierno, y Encarnación Reyes, alcalde de la ciudad, que fueron fusilados. Tras tomar algunas medidas urgentes —como recuperar parque y armamento de las fuerzas liberales en las posiciones de la barranca de Beltrán— el general Miguel Miramón y sus tropas volvieron a Guadalajara donde fueron jubilosamente recibidos el 30 de diciembre. En Colima quedó como jefe político el coronel José María Mendoza.
Hasta el 26 de marzo de 1859 estuvo Colima bajo régimen conservador. Ese día, sin disparar un solo tiro, Ogazón recuperó la plaza mientras que Calatayud huía con 1 300 hombres hacia Tepic por la costa. Urbano Gómez fue designado gobernador y convocó a elecciones para la integración de la II Legislatura local. También impuso un préstamo forzoso por 6 000 pesos y confiscó algunos bienes eclesiásticos. El 15 de septiembre expidió un decreto declarando que San Francisco de Almoloyan se llamaría en adelante Villa de Álvarez, en recuerdo del primer gobernador.
Urbano Gómez, con el objeto de afianzar el control liberal sobre la población y el territorio del estado de Colima, colocó en los puestos claves de la administración a algunos amigos suyos jaliscienses con quienes constituyó un grupo prácticamente cerrado al que no tenían acceso los políticos locales. Esto provocó descontentos que se hicieron más agudos cuando se opuso a convocar elecciones y reformar el artículo 65 de la Constitución del Estado en donde se señalaban las condiciones para ser gobernador, pretendiendo a su vez que el Congreso le prorrogara su periodo por seis meses más con el pretexto de la guerra civil que asolaba al país. Los diputados Francisco Javier Cuevas, Sebastián Fajardo, Ignacio Alcalá, Sixto de la Vega y José María Urzúa hicieron público el 3 de noviembre un manifiesto acusando al gobernador Gómez de represivo, de hacer mal uso de los fondos públicos y de promover la anexión de Colima a Jalisco. Perseguidos como "personas turbulentas" por Gómez, suspendieron las sesiones del Congreso el 16 de noviembre y huyeron a Tonila.
El ayuntamiento de Colima apoyó, sin embargo, la actitud del gobernador. El 17 de noviembre, el cabildo donde figuraban Francisco Campos, Agustín Alvarelli, Santiago Cárdenas, Francisco Gómez Palencia y José Grijalva, declaró que los legisladores disidentes luchaban exclusivamente por sus propios intereses. También los demás ayuntamientos de una u otra forma se adhirieron a Gómez. Para facilitar la salida política al conflicto, le pedían convocar a elecciones para gobernador y para cubrir las vacantes del Congreso por el abandono de los diputados ausentes. Realizadas éstas, fueron electas personas afectas a Urbano Gómez. La Legislatura quedó formalmente integrada el 1º de diciembre. El propio Gómez resultó elegido gobernador; rindiendo su protesta el 12 del mismo mes.
Los diputados rebeldes desconocieron la elección de gobernador y nombraron como gobernador sustituto a Ricardo Palacio. La división se acentuó y cada bando se armó para dirimir el conflicto por medio de las armas. Se logró que ambos gobernadores se entrevistasen en la hacienda de San Joaquín, decidiendo que el gobierno central tomara el asunto en sus manos. Los Poderes de la Unión, entonces, desconocieron a las autoridades de Colima y nombraron a Ogazón gobernador de la entidad, quien al no poder atender el cargo, lo entregó al coronel Salvador Brihuega el 16 de febrero de 1862. Al mes, Ogazón volvió a intervenir nombrando en sustitución de Brihuega a Manuel F. Toro. Dos meses después, Florencio Villarreal fue enviado desde México para asumir el gobierno. Manuel F. Toro, sin embargo, al mando de un grupo que fue llamado los Rifleros, tomó la plaza y depuso a Villarreal, embarcándolo en Manzanillo.
Toro, en el poder y al frente de lo que él llamaba "movimiento popular", utilizó al Congreso para ser electo gobernador y repitió la misma política que había hecho fracasar a Urbano Gómez, a saber, gobernar con un cerrado grupo de advenedizos. Villarreal, mientras tanto, al llegar a México informó con todo detalle de los sucesos en Colima. Entonces, el gobierno federal envió al coronel Julio García para tomar preso a Toro y restablecer el orden constitucional. Al negarse Toro a hacer entrega del cargo se produjeron incidentes entre las fuerzas locales y las de García, triunfando éstas. Detenido Toro y algunos de sus colaboradores, fueron remitidos a Guadalajara para ser sometidos a juicio militar. Mes y medio estuvo Julio García de gobernador; tiempo suficiente para decretar el servicio militar obligatorio para los hombres comprendidos entre los 18 y 50 años, derogar disposiciones de Toro y exigir un préstamo obligatorio de 20 000 pesos para gastos de guerra. Llamado para cumplir nueva misión, cedió la gubernatura a Ramón R. de la Vega, quien asumió el cargo en forma interina del 25 de noviembre de 1862 al 7 de febrero de 1863 cuando, después de convocar a elecciones, fue electo constitucionalmente.
Durante su administración el gobierno federal hizo entrega del archipiélago de las Revillagigedo como parte integrante del territorio estatal. Para tomar posesión legítima del mismo, don Ramón R. de la Vega organizó una expedición a la isla del Socorro. Además de poner en orden la destartalada hacienda pública, puso particular empeño en la educación creando la Dirección de Instrucción Pública y fundando el Liceo de Varones. Por otra parte, expidió la Ley de Instrucción Pública del estado, dividiendo a la enseñanza en primaria, secundaria y profesional. En el orden político se empeñó en hacer cumplir las disposiciones respecto a la elección de ayuntamientos donde no se hubieran realizado; expidió la convocatoria para elegir a los integrantes de la III Legislatura y reorganizó la Guardia Nacional.
