Fabela encontró "la mayoría de las escuelas del estado en malas o pésimas condiciones y en número insuficiente para la población escolar... No culpé entonces a nadie de esa dolorosa realidad, pero sí traté de remediarla en la forma que vosotros mismos podéis juzgar". Doscientas primarias fueron construidas, reconstruidas o puestas en servicio por el gobierno de Fabela. Entre los centros escolares sobresalían los ubicados en los siguientes municipios: Amecameca, Chalco, Lerma, San Martín de las Pirámides, Jocotítlán, Villa Cuauhtémoc, Atlacomulco, Melchor Ocampo y, muy especialmente, el Justo Sierra, en Toluca, para 2 400 alumnos.
Isidro Fabela contó en los afanes educativos con la colaboración de Adolfo Ramírez y siguió las directrices federales de la "unidad nacional". La atención debida al magisterio se concretó en un aumento salarial promedio de 33% y en la creación de la Escuela Normal para Profesores en Servicio no Titulados, que se adelantó al Instituto Nacional de Capacitación para el Magisterio. La campaña nacional de alfabetización se inició con entusiasmo.
Fabela otorgó legalmente al Instituto Científico y Literario una mayor autonomía, que en parte se tenía desde Labra. El instituto, reducido en alumnado pero incrementado en subsidio, pudo reemprender su marcha con una preparatoria, una escuela de ingeniería y una de pedagogía. Al frente del Instituto, Fabela colocó al licenciado Adolfo López Mateos. En fin, la obra educativa de Fabela fue aplaudida por muchos. Entre ellos Antonio Caso, quien llegó a expresarle: "Sigue construyendo escuelas, para que educando gobiernes."
Finalizó Fabela su gestión en septiembre de 1945. No había ofrecido ni prometido nada, desde luego, porque no había hecho campaña política y, además, porque "es mejor sorprender a la colectividad con una mejora inesperada que desilusionarla con una promesa incumplida". No se enriqueció en el mando. Porque "no vine al Estado de México a lucrar sino a gobernar [...] pues la experiencia universal nos demuestra que allí donde los gobernantes se enriquecen, el pueblo es pobre". No fincó su gobierno en la venganza o en la queja, sino en "una obra constructiva y perdurable", porque un pueblo "rico o pobre, laborioso o inactivo, ignorante o culto [...] tiene derecho a la atención diligente y al amor constante y puro de sus gobernantes [...] Ésa es la herencia que dejo".
