La Corona organizó la administración gubernamental de la Nueva España siguiendo la práctica castellana; tomó para el gobierno indígena dos caminos: uno, dejar a los naturales la dirección del sector local, o sea la administración municipal, y dos, retener la dirección de los sectores provincial y general, es decir, dividir el gobierno en dos esferas: una autónoma, con autoridades indígenas, y otra dependiente, con autoridades españolas.
En el gobierno dirigido por los españoles hubo tres secciones: la distrital o provincial, que encabezaban los corregidores y alcaldes mayores; la general o central novohispana, a cuyo frente estaba el virrey o un representante —como el presidente de la Audiencia o los gobernadores en los grandes distritos —, y, por último, la general o central hispana, que presidían el rey y el Consejo de Indias.
Así, el corregimiento fue una institución establecida para gobernar las ciudades y administrar justicia en las comarcas que dependían del rey. Con el paso del tiempo, y ante la decadencia de la encomienda, fue cobrando importancia hasta llenar el hueco dejado por los encomenderos al finiquitar sus mercedes.
La jurisdicción de los corregidores se inició con los naturales, y a partir de 1580, por real cédula, se extendió a los españoles. Como agentes del poder central, tuvieron un estrecho contacto con los indios: eran los encargados de recaudar los tributos; vigilar la administración y empleo de los bienes de la comunidad, la moral pública y privada, la contratación y el transporte; castigar sumariamente a los criminales; imponer contribuciones a las pulquerías para sufragar los presupuestos locales; regular las pesas, medidas y precios para evitar abusos de los mercaderes; convocar a los principales vecinos para resolver problemas importantes. El corregidor "[...] conferenciaba con los eclesiásticos para erigir templos y conventos; cuidaba de proveer medidas para el buen trato de los indios".
El principal deber de los corregidores era hacer ejecutar puntualmente las órdenes del cabildo; en ocasiones aprobaban en los cabildos las medidas que a ellos les interesaba establecer, y sus sugerencias sobre la inversión de los fondos eran tomadas como órdenes. Las amplias facultades de los corregidores se estimaban perjudiciales desde los tiempos del virrey don Antonio de Mendoza quien, considerando las quejas presentadas contra ellos, pidió al rey abolir el oficio y remplazarlo por el de alcalde mayor. Con el tiempo se sustituyeron sin llegar a desaparecer por completo. Posteriormente se nombraron también tenientes, alguaciles y escribanos.
El corregimiento exigió por su misma naturaleza una delimitación de zona, lo que conllevó un trazo del espacio geográfico; para ello, las unidades cabecera-sujeto fueron nuevamente la base esencial. El trazado del mapa de corregimiento resultó difícil de hacer e incluso no se pudo fijar en forma permanente por las encomiendas. Fue hasta 1550 cuando el corregimiento logró plena autoridad política sobre las áreas de la encomienda.
En teoría, los corregimientos eran limitados en tamaño, bien demarcados y contiguos unos a otros. Pero en la práctica los españoles, como los indígenas antes que ellos, hicieron distinciones más exactas de fronteras en las tierras bajas del valle de México y de Toluca con mayor densidad de población, que en las zonas montañosas remotas y dispersamente pobladas.
Así se organizó en 1531 el corregimiento de Otumba, de donde salió en 1544 el corregimiento de Oztotipac. En ese mismo año se formó el corregimiento de Tequisistlán, de donde surgiría en 1600 el corregimiento de Teotihuacan, al que se le anexaría Acolman en 1640, al transformarlo en alcaldía mayor. Un año después se delimitó geográficamente el corregimiento de Chiconautla, el cual fue sustituido en 1640 por la alcaldía mayor de San Cristóbal Ecatepec. En 1563 se fundó el corregimiento de Chalco, cuyos límites se movieron constantemente entre 1533 y 1553 entre Tlayacapan y Tlalmanalco. En 1534 Coatepec era cabecera de corregimiento. Hasta 1546 se delimitó a Tepotzotlán con siete pueblos de la región del lago del norte como corregimiento, y en 1566 se anexó parcialmente Jaltocan. De este corregimiento se desprendió, durante el siglo XVII, la alcaldía mayor de Tenayuca y el corregimiento independiente de Zumpango. Por último, alrededor de 1560 se delimitó el corregimiento de Zumpango de la Laguna, en el valle de México, que se transformó en alcaldía mayor en 1640.
La distribución geográfica de los corregimientos en el valle de Toluca fue la siguiente: en los primeros años de la década de 1530 la zona más poblada era la ribera de la laguna del Lerma, conocida como laguna de Matalcingo o Río Grande, la cual fue reclamada por el marqués del valle de Oaxaca como subordinada a su villa de Toluca. En 1534 la Audiencia tomó esa área como parte de la Corona, siendo el corregimiento de Metepec y Tepemachalco, Talasco, Teutenango y Jiquipilco y, años más tarde, Ixtlahuaca. Todas estas poblaciones fueron unidas alrededor de 1550 bajo un mismo corregimiento que denominaron alcaldía mayor del valle de Matalcingo, con su capital en Toluca. La extensión de la zona impidió su control y facilitó el surgimiento de corregimientos independientes, como el de Ixtlahuaca y Metepec. Éste fue el más grande e importante de la zona, y su alcalde mayor era nombrado directamente por el rey.
En 1532 Malinalco era la capital de la provincia de esa zona e incluía Atlatlauca y Suchiaca, que pronto fueron separadas en corregimientos independientes en 1534 y 1537, respectivamente. Por cuestiones geográficas la Audiencia anexó Tenango a Atlatlauca en 1550 para dar fluidez administrativa, pero al ver que no funcionaba se determinó asignar Tenango al valle de Matalcingo y Atlatlauca a Malinalco, ambas con la categoría de alcaldías mayores. Como los resultados fueron buenos, en 1558 se determinó que Suchiaca también quedara como alcaldía mayor anexa a Malinalco. En el siglo XVII la zona sufrió variaciones alrededor de 1647; en 1675 se volvió a combinar la jurisdicción de Tenango como cabecera, y en el siglo XVIII se transfirieron varias villas de Metepec a Tenango. Cerca de la ciudad de México se formó, en 1535, el corregimiento de San Mateo Atarasquillo, el cual pasó íntegramente a la ciudad de Lerma en el siglo XVII al ser fundada dentro de la jurisdicción.
En la provincia de la Plata, al sur del valle de Toluca, se crearon en 1536 los primeros corregimientos en Texcaltitlán y Amatepec. Posteriormente se fundaron dos alcaldías mayores, una en Sultepec en 1540 y otra en Temascaltepec. La primera fue al mismo tiempo corregimiento de Amatepec y Sultepec, con todas las villas indias de la región. Por su parte, Temascaltepec tuvo su propia jurisdicción en los vecinos del corregimiento de Tuzantla, cerca de Maravatio. En 1715 las dos alcaldías mayores fueron fusionadas en una: Temascaltepec-Sultepec. Zacualpan e Ixtapan, por su parte, se enlistaron como corregimientos en 1544. En 1563 el área estuvo bajo la alcaldía mayor de las minas de Zacualpan. La jurisdicción fue ampliada en 1578 por la transferencia de Coatepec y Cuitlapilco, que pertenecían a Sultepec, y alrededor de 1589 se le anexó Ixcateupan (que hoy corresponde al estado de Guerrero), quedando así conformada la zona del sur del valle.
En el norte del valle de Toluca la Corona tuvo que enfrentar algunas dificultades con los encomenderos para poder controlar la zona administrativamente. Alrededor de 1548 se nombraron justicias para los chichimecas tomando como base la provincia de Xilotepec; pronto se creó una alcaldía mayor con una inmensa jurisdicción, que se extendía hacia el occidente de los límites de Nueva Galicia, pues hacia el norte nunca se definió su frontera. Abarcaba Sichú y Pusinquio (San Luis de la Paz), Guanajuato. Tlalpujahua, San Miguel y Querétaro fueron separadas al final del siglo XVI en alcaldías mayores que se ciñeron a Cimapan (Hidalgo). La parte noroeste de la provincia de Jilotepec sufrió cambios en 1640 al separarse Hueychiapa y formar una alcaldía mayor independiente.
En los siglos XVII y XVIII, con el desarrollo de la vida económica colonial, la importancia de los corregimientos se acentuó aún más a causa de las prerrogativas y oportunidades que brindaban para enriquecerse. Lejos de aspirar a un buen sueldo, los corregidores buscaban hacer negocios que les redituaran buenas utilidades aprovechando, por supuesto, su posición. Sin embargo, se abolieron los corregimientos legalmente por las leyes de intendericia, siendo asumidas las posiciones de corregidores por subdelegados bajo la supervisión de intendentes.
Los ayuntamientos se establecieron en cuanto se fundaron las ciudades y villas. El cabildo o concejo municipal estaba integrado por alcaldes y regidores, cuya cifra variaba (uno o dos) en función del número de habitantes de la comunidad. Al principio eran elegidos por los vecinos, pero al paso del tiempo la Corona otorgó los cargos a perpetuidad y después fueron vendibles y renunciables. El cabildo legislaba localmente: expedía las ordenanzas municipales, cuidaba de las obras públicas, de mejorar las condiciones y la calidad del trabajo y la enseñanza elemental, de abastecer a la ciudad, así como de representarla en los pleitos que cualquier tribunal emprendiera en su contra y defender sus privilegios.
La administración de justicia tanto civil como criminal era competencia de los alcaldes ordinarios. Su jurisdicción era ordinaria y común, es decir, estaban exentos de ella los individuos que gozaban de algún fuero. Vigilaban la ciudad usando la vara de justicia, "incluso en la noche, por medio de rondas en las que también participaban el corregidor y el alguacil, y, temporalmente, en los caminos cuando desempeñaban el cargo de alcaldes de la Santa Hermandad".
Los integrantes del ayuntamiento tenían facultades específicas. El alcalde mayor ejercía las funciones judiciales de primera instancia. El alguacil procuraba preservar el orden en la ciudad. El mayordomo administraba los propios; el síndico cuidaba los intereses de la corporación. Otros miembros del cabildo eran el abogado y el escribano; éste debía ser "real", es decir, con título de la Corona en las ciudades y villas de importancia.
El patrimonio de los ayuntamientos se formaba con tierras llamadas propias y con otros bienes: los arbitrios, que consistían en alquileres de casas y tierras; el servicio personal de los indios en las obras públicas; las multas impuestas al ganado, y las licencias para fiestas de toros, gallos, juegos de azar y otros.
En un principio los pueblos indígenas mantuvieron sus antiguos modelos prehispánicos de gobierno local. Los caciques con título de gobernadoryotl regían desde la cabecera, y los principales estaban bajo su tutela administrando los sujetos, barrios o estancias con la ayuda de los tequitlatos.
El virrey don Antonio de Mendoza fue el primero en nombrar gobernadores y alcaldes ordinarios para los pueblos indígenas. A mediados del siglo XVI ya había cabildos en varios de ellos. En 1618 Felipe III fijó el número de integrantes de los cabildos indígenas. Sólo en Cierta medida el ayuntamiento de los pueblos indígenas se ajustó al de las ciudades y villas españolas.
Los cabildos indígenas constaban de los oficiales de república: el gobernadoryotl o juez-gobernador, alcaldes, regidores y alguacil, conocido más comúnmente como topil. Además, según las necesidades del pueblo, podía haber mayordomos, escribanos y alguaciles de doctrina, quienes formaban parte, a veces, de los pequeños concejos dependientes del cabildo municipal.
La elección de las autoridades no siguió la forma española, ya que existían variantes regionales según la costumbre indígena. El sistema de elección siempre era muy solemne. Estos cabildos fueron la célula del gobierno municipal al combinarse la tradición indígena de elección entre los miembros más destacados de la comunidad, y la española en su variante más democrática.
