A la llegada de los españoles existía un esquema de asentamientos humanos dispersos. Sus pobladores, dedicados al cultivo extensivo del maíz, se veían obligados a vivir cerca de sus campos de labranza. Existían también algunos centros ceremoniales cabeceras religiosas y económicas donde sólo residían gobernantes, sacerdotes y algunos nobles adonde acudían desde los campos los naturales durante las celebraciones religiosas, días de mercado, pago de tributo y cuando iban a prestar servicios personales en trabajos comunales. Ante esta situación, "los españoles pronto se dieron cuenta de que no podían ni explotar completamente ni catequizar efectivamente a un pueblo disperso en áreas remotas, donde evadirían el tributo y practicarían ritos prohibidos". Resultaba necesario, en primer lugar, congregar a los naturales alrededor de los pueblos indígenas establecidos y luego buscar lugares propicios para otros pueblos.
A principios de la década de los treinta, tan pronto llegaron los primeros misioneros franciscanos a Texcoco y Toluca, que eran los centros más importantes de los valles de México y Matlatzinco, se abocaron a organizar los asentamientos indígenas según lineamientos del virrey Antonio de Mendoza. Las directrices del virrey marcaron los primeros poblados en el centro de México en la década de 1540. Durante la segunda mitad del siglo XVI hubo una tendencia a asimilar los pueblos y grupos indígenas a villas o municipios españoles, donde fuese más fácil evangelizarlos y enseñarles a vivir en "policía". A éstos se les llamó pueblos de "congregación", "junta" o "policía" y, a fines del siglo XVI, se les conoció como pueblos de "reducción", en los que se siguieron los modelos y conceptos urbanísticos traídos de España, modificados en parte por la tradición indígena.
La Corona siguió dos modelos para apartar a los naturales de los españoles y de los esclavos africanos: estableció repúblicas de indios donde se separaba a los naturales del resto de la población, y congregó o redujo en poblaciones a los indios dispersos que carecían de residencia fija.
Los españoles designaron cuatro poblaciones del valle de México como ciudades, creándose una categoría urbana superior: Tenochtitlan y Texcoco en 1543, Xochimilco en 1559 y Tacuba en 1564. Incluso los misioneros franciscanos y dominicos reordenaron ocho centros para la conversión de los indios fuera de la ciudad de México. Tres situados en la ribera del lago: Coyoacán, Cuautitlán y Texcoco; otros tres en la comarca de pueblos acolhuas: Coatepec, Tepetlaoxtoc y Otumba; y dos en las tierras de los chalcas: Tlalmanalco y Chimalhuacán.
Los pueblos se establecían en los lugares más convenientes de cada región, "señalándoles largos términos para sus labranzas y dehesas y montes". En 1567 se ordenó que antes de organizarlos se tomaran en cuenta los puntos de vista de los caciques, de las órdenes religiosas y de los residentes de la zona para elegir el sitio adecuado a fin de que no sufrieran daño ni agravio. Al mismo tiempo se dotaría a los pueblos de autoridades indias y de tierras suficientes para sus actividades agrícolas, es decir, un fundo legal. A partir de entonces no se permitió establecer estancias de ganados de españoles ni caballerías de tierras cerca del pueblo. En 1687 se aumentó el fundo legal a 600 varas, debiéndose medir desde la última casa del pueblo y por "todos los cuatro vientos", y en 1695 se estipuló que la medición se hiciera desde el centro del pueblo, que casi siempre era la iglesia.
Las comunidades indígenas que tenían tradición de Tlatocáyotl (con tlatoani, señor o rey) se convirtieron en cabeceras, desde donde se administraban los barrios y estancias o pueblos sujetos. Las autoridades que residían allí se encargaban de recaudar los tributos y enviarlos al centro. (Gibson definió como "pueblo sujeto" a una comunidad que debe tributo, servicio y otras obligaciones a los funcionarios de la cabecera.)
Las estancias o barrios generalmente tenían su base prehispánica en la antigua unidad llamada tlaxilacalli, conocida también como calpulli, que era gobernada por jefes locales subordinados a la cabecera. En todas las jurisdicciones los pueblos tlatoanis se convirtieron en cabeceras, sedes del gobierno colonial en sus esferas política y eclesiástica; en ellos se estableció una doctrina que albergó a los clérigos e iglesias, y de ellas dependía un número de pueblos llamados "visitas". A esta organización se le conoció indistintamente con el nombre de doctrina, curato, partido y parroquia.
Al agrupar a los pobladores dispersos quedarían tierras desocupadas donde se podrían fundar pueblos de españoles y mestizos. Así, las tierras libres podían ser solicitadas como mercedes, pues esto no perjudicaba a ningún natural; además, estaban sin producir, en detrimento de la Corona y de la Colonia.
Aparentemente los motivos de los españoles eran altruistas; sin embargo, coexistían con otros menos nobles ya que las congregaciones eran el instrumento más eficaz para asegurar el sometimiento de la población a sus intereses económicos y religiosos. Así, resultó más sencillo contabilizar a los indígenas mediante las matrículas de tributos, obligarlos a prestar el servicio personal en forma más regular y, sobre todo, forzarlos a adoptar gradualmente las formas de vida española. En suma, los agrupamientos permitían mantener un mayor control sobre la población india.
Los primeros frailes también vieron la utilidad de la congregación ya que facilitaba
el adoctrinamiento y garantizaba la asistencia regular de los fieles a la iglesia.
Sin embargo, al percibir que los españoles explotaban cada vez más a los indígenas
y los contagiaban de sus malas costumbres y enfermedades, empezaron a oponerse
a estas congregaciones; no obstante, se vieron obligados a aceptarlas pues no
había otro camino para poder cristianizar a los naturales. Además, fueron ellos
[...] quienes primero se aprovecharon de este control absoluto de las nuevas poblaciones para dirigir y realizar uno de los proyectos constructivos más ambiciosos y espectaculares que recuerda la historia mexicana: la edificación de monasterios.
En las congregaciones coexistía un doble proyecto histórico-político y evangelizador; el primero intentó reducir la pluralidad cultural y política de los indígenas y crear una igualdad y homogeneidad que le permitiera tanto el control productivo y de mano de obra como la hegemonía cultural y política. El segundo intentó formar unidades relativamente autónomas dentro de la Colonia y del Estado español. Ante el indígena encomendado había que contraponer al indio congregado y crear un espacio de libertad y autonomía relativa donde era posible la misión. La religión en estos proyectos era bien aceptada para reforzar la hegemonía o para dar identidad al propio grupo.
Don Luis de Velasco llegó a la Nueva España en 1550 con instrucciones precisas sobre las congregaciones. Durante su mandato, y apoyado por los frailes, se seleccionaron los nuevos sitios para los monasterios y se proyectaron cabeceras y pueblos de visita en el valle de Toluca. Así se formaron las congregaciones de Capulhuac (1557), Atlapulco (1560), Zinacantepec (1560) y Metepec (1561). Algunos pueblos se juntaron en uno solo como sucedió con Calimaya y Tepemajalco. Estas reducciones cumplían con los deseos del rey, quien ordenó que se dieran todas las disposiciones necesarias para "que los indios de estas tierras que están derramados se junten en pueblos[...] con todo cuidado e diligencia, como cosa que mucho importa".
Hacia 1563 los labradores de Cuapanoaya y Huitzitzilapa, en el valle de Toluca,
rehusaron congregarse. En el valle de México, por esos años, se congregaron
Ecatepec (1560), Tenayuca con Teocalhueyacan se reunieron en el primer pueblo
(1560), Tizayuca (1563), Amecameca y Tenango Tepopola (1570), y Teotihuacan,
Tequisistlán y Tepexpan (1580), donde se congregaron los habitantes de ese valle.
En cada lugar se estableció un convento, punto central alrededor del cual se
situaba la población hispana que controlaba a los naturales. Los frailes se
encargarían de propagar la fe cristiana y de ejercser una vigilancia más estrecha
sobre la producción.
Los naturales se resistían a congregarse por temor a perder sus tierras de labranza, por tener que construir nuevas casas y por evitar ser obligados a prestar servicios personales al convento, casas reales, casas de los españoles y en la construcción de los edificios públicos. También procuraban evadir su registro en el padrón de tributarios del encomendero donde existían estas mercedes.
A fines del siglo XVI y principios del XVII, la Corona llevó a cabo un nuevo programa de congregación originado en parte por las epidemias de 1593-1605 que diezmaron a la población y exigieron un reacomodo de pueblos. Sólo que ahora se veía a la congregación como el restablecimiento de familias indígenas dispersas o de sujetos enteros en comunidades compactas conocidas como pueblos de reducción. Las justificaciones declaradas eran "la enseñanza del cristianismo, la eliminación de la ebriedad, la promoción de una vida indígena ordenada y la protección de los indios bajo el derecho español".
Desde el punto de vista político, ciertos lugares importantes en la época prehispánica dejaron de existir; en cambio, algunas comunidades recién formadas cobraron importancia, sobre todo las que habían estado subordinadas y que debido a los reacomodos reafirmaron su independencia como cabeceras. El ejemplo más claro es el de Chapa de Mota. En febrero de 1592, por orden del virrey Velasco, se congregaron 24 estancias en dos lugares: una en la cabecera Chapa hacia el pueblo de San Felipe y otra en San Luis, donde debieron reunirse cuatro estancias.
Los indígenas se oponían a las reducciones argumentando el arraigo local, la lejanía y calidad inferior de las nuevas tierras, la vulnerabilidad a los intrusos (pues la novedad atraía a la gente), la mezcla étnica (como sucedió en el norte de Acolman entre mexicas y acolhuas) y la diferencia del medio adonde los reducían porque cambiaba por completo la vida de su comunidad.
La tendencia fue Concentrar aún más la población indígena sobreviviente, hacerla
más accesible al control de encomenderos, hacendados y otros, y disponer de
las tierras para entregarlas a los españoles. Además, las crecientes ciudades
de la Nueva España y los centros mineros necesitaban una cantidad superior de
alimentos y vestidos de los que podía producir una menguada población rural
bajo el viejo sistema tributario Las nuevas instituciones de producción, como
obrajes y haciendas, fueron construidas en tierras y con mano de obra de estos
pueblos indígenas congregados o reducidos.