Con la creación de las intendencias se intentó impulsar al gobierno provincial como una alternativa del papel dominante que habían cumplido las audiencias y el virrey, dotando al intendente de amplios poderes en los ramos de justicia, guerra, hacienda y policía. De esta manera, se constituyeron verdaderas capitales locales con una posición intermedia entre los distritos y la ciudad de México. En su estructura y formación territorial, las intendencias se basaron en los límites de las diócesis ya existentes y, en el fondo, fueron las "progenitoras de los estados modernos" de México. Así, en la Nueva España se crearon 12 intendencias en 1786: Guanajuato, México, Guadalajara, Yucatán, Oaxaca, Durango, San Luis Potosí, Michoacán, Zacatecas, Puebla, Veracruz y Sonora. Entre éstas, la Intendencia de México —que integraba los actuales estados de Hidalgo, Morelos, Guerrero y México— abarcó una extensión de 116 843 kmē de un total de 2 335 628 kmē, que se estimaron entonces para el conjunto de intendencias y provincias de la Nueva España. Albergó a una población estimada en 1 511 900 personas, es decir, un promedio de 12.9 personas por kilómetro cuadrado.
Por otro lado estaba el Marquesado del Valle, parte del cual se encontraba enclavado en el interior de la Intendencia de México. Después de varios y largos pleitos, en 1707 la Corona embargó las rentas del Marquesado a los descendientes de Cortés por la participación de éstos en contra de España y en favor de Austria; no obstante, fue restituido en 1726 y vuelto a embargar en 1734, también por problemas políticos, aunque este secuestro sólo duró poco tiempo. Luego, en 1809, por su colaboración con los franceses, el gobierno nacional español ordenó la confiscación del Marquesado, orden que se suprimió en 1816 sólo para recuperar el derecho a cobrar las rentas de las empresas y los censos de su estado. Al terminar el periodo colonial, en la Intendencia de México sólo quedaban las plazas de Toluca, el ingenio de San Antonio Atlacomulco, el palacio de Cuernavaca y la casa del corregidor en la primera de las ciudades mencionadas. A esto hay que añadir la pensión que pagaban los abastecedores de carne de Cuernavaca y Toluca, además de otros bienes y rentas ubicados en otras partes del país. Parece claro que en su agitada vida, el Marquesado estuvo sujeto a vaivenes impuestos principalmente por la relación de los descendientes de Cortés con la Corona. Con la creación del sistema de intendencias, al Marquesado se le respetó su independencia y las reformas en nada alteraron su existencia.
A pesar de los problemas que en el conjunto colonial se presentaron para la ejecución del Plan Borbónico, particularmente entre 1786-1804 por la aparición de graves crisis agrícolas, epidemias o guerras internacionales; las reformas alcanzaron su doble objetivo que fue el incremento de la aportación económica de la Colonia a la metrópoli, por una parte, y por otra, acentuaron la dependencia de ésta. En el interior, no obstante, esas reformas produjeron resultados imprevisibles, ya que el golpe y sangría que sufrió la Colonia con el nuevo sistema fiscal y mercantil, así como el que sufrió la Iglesia con la cédula de enajenación de los capitales de capellanías y obras pías, repercutió sensiblemente en la propiedad agraria, dada la extensión y alcance de las hipotecas que gravaban gran parte de haciendas y ranchos. En el plano social, parece que también fue generalizado el hecho de que un amplio sector de la clase media criolla había sido constantemente relegado en el control y manejo de los asuntos civiles y eclesiástícos. Por su parte, el sector más bajo del pueblo, compuesto por indios y castas, había llegado a un estado pobre y miserable agravado por epidemias y crisis agrícolas fuertes. De esta manera, frente a la perspectiva reformista de los criollos de la oligarquía y de la clase media, la degradación de la plebe miserable pronosticaba otra eventualidad de cambio mucho más amenazadora.
Por otra parte, todo el movimiento de alza de los niveles de la población significó en la realidad que, desde fines del siglo XVII y durante todo el siguiente, se incrementaran también las tensiones en el interior de las comunidades o de los pueblos de indios debido principalmente a la carencia de tierras, pues, como lo muestra Gibson, todas las tierras de "repartimiento" habían sido ya distribuidas, por una parte, y, por la otra, las haciendas se habían extendido a lo largo de las de comunidad. Ante la falta de tierras, familias enteras carecían de ellas para su subsistencia; otras arrendaban a las haciendas vecinas; muchas vivían juntas en cada casa y, cuando la situación era desesperante, "huían al monte improductivo", donde vivían "sin ley ni rey". Así, a fines del periodo colonial, comunidades enteras carecían de tierras, con excepción de sus propias casas. A esto vino a sumarse el hecho de que para el mismo período también habían crecido los sectores de mestizos y castas que presionaban y, cuando podían, se apropiaban de las tierras comunales, al menos en el centro de México.
De esta manera, desprotegidos de la seguridad que podía proporcionales la hacienda, los pueblos de indios se convirtieron en gran potencial para un levantamiento. Las crisis agrarias, la crisis de la minería regional que atravesaba por momentos difíciles y el peso de la tributación sólo vinieron a agravar las tensiones provocadas por el crecimiento de la población en el interior de los pueblos. Se había agudizado la dificultad de encontrar una alternativa en la agricultura. El desempleo de gran parte de sus pobladores determinó que en ciertos momentos, como los de 1810, fueran presa fácil del movimiento revolucionario.
