Desatada la guerra con los Estados Unidos, se restablece el fedralismo en agosto
de 1846. Al mes siguiente, el 12 de septiembre, el gobernador Olaguíbel reinstala
en Toluca los poderes del estado. Mas entró en dificultades con el gobierno
federal y con un sector de la propia legislatura, a tal grado que se le llegó
a inculpar de no colaborar oportunamente en la guerra nacional, bien que Pérez
Fernández, teniente gobernador, presentara pública vindicación. Sea de ello
lo que fuere, cuando el invasor se acercó al Estado de México Olaguíbel trató
de detenerlo esforzadamente; los diputados locales, encabezados por el sabio
Tomás Ramón del Moral, manifestaron que la causa de la guerra
no es siquiera una cuestión de simple acrecentamiento de territorios [...] es la pretensión de sujetarnos al carro de su política, para que en lo de adelante no podamos hacer el más insignificante arreglo, sin obtener el previo beneplácito de esa nación, exclusivamente preocupada de intereses materiales [...] Esta guerra no es sólo la cuestión de nuestra nacionalidad, sino la de todo el continente americano.
Los estadounidenses penetraron a nuestra provincia en agosto de 1847, llegaron a Chalco y de allí a Tlalpan, donde el teniente gobernador Pérez Fernández pensaba hacerles resistencia con tropas que nunca llegaron. En la defensa heroica de Chapultepec sólo participaron unos pocos elementos del batallón de Toluca, pues la mayoría desertó. En esa misma defensa Juan Álvarez se abstuvo de intervenir con un respetable contingente de surianos, ciudadanos todavía del Estado de México, aunque a punto de separarse para formar el de Guerrero.
El nombre de Olaguíbel está ligado con la educación en nuestra entidad. Gracias a su iniciativa el Instituto Literario reabrió sus puertas el 7 de junio de 1847. La dirección se encomendó a un discreto y joven liberal, Felipe Sánchez Solís. Entre los maestros se contaban Ignacio Ramírez y Felipe B. Berriozábal, y entre los alumnos destacaría Ignacio Altamirano.
