El día de Reyes de 1862 la República Mexicana recibía en Veracruz un presente fatal: tropas francesas e inglesas, sumándose a las españolas, venían a exigir el pago de ciertas deudas al gobierno de Juárez. Asunto que se iría arreglando, pero como Francia tenía otras intenciones, la República se vio entonces obligada a pasar por una prueba más: no sólo defender la soberanía del Estado hacia adentro, sino también la soberanía del país hacia fuera: la guerra civil de Reforma, todavía inconclusa, se transformaba en guerra nacional contra la Intervención. Participación muy señalada tuvo el Estado de México en la célebre batalla de Puebla el 5 de mayo de 1862: alrededor de 4 500 hombres de los cuatro puntos cardinales de la entidad, bajo las órdenes de Berriozábal, se batieron por la causa de la República contra el ejército de Lorencez.
Para entonces ya había ocurrido el cambio en la gubernatura de la entidad: ahora se hallaba Francisco Ortiz de Zárate, quien hubo de ejecutar una orden trascendental del presidente Juárez por la cual se creaban tres distritos militares: uno al occidente con capital en Toluca, otro al norte con capital en Actopan, y el tercero al sur con capital en Cuernavaca. Los distritos del oriente se agregarían al Distrito Federal. El decreto obedecía a necesidades de defensa, que en el caso del dilatado Estado de México se topaba con la dificultad de que varias regiones no podían "recibir los auxilios eficaces y directos que necesitan de su propia capital (Toluca)". Pero por otra parte esta división en distritos, realmente militares- políticos, y sobre todo la agregación de las poblaciones del valle de México a la gran ciudad, representaban aquella corriente que había pugnado por una división territorial más racional.
Llegaron los franceses a Toluca el 4 de julio de 1863. Venía al frente el general Bertier. No tardaron en ir ocupando el resto de la entidad: para fines de mes ya se habían apoderado de Tenancingo. El gobierno juarista se apresuró a organizar la resistencia: Vicente Riva Palacio, hijo de Mariano, fue designado gobernador y comandante militar del primer distrito del Estado de México, es decir, lo que actualmente conforma la entidad con excepción de su parte oriental. Y como en Michoacán seguía encendida la llama de la República, hacia allá se encaminó Riva Palacio para proveerse de gente, víveres y armamento. A mediados de 1864 se presentó a las órdenes de Riva Palacio Nicolás Romero, pesadilla que habría de ser de los intervencionistas a uno y otro lado de la sierra que divide México de Michoacán. Nijiní, Ixtlahuaca, La Jordana, Tenango del Valle, Toluca y Metepec fueron teatro de sus hazañas.
