Mientras tanto, se organizaba el Imperio de Maximiliano, quien emprendió un primer viaje por el interior en agosto de 1864, pasando primero por Tlalnepantla rumbo a Querétaro y otras entidades. Entró de nuevo a nuestra provincia en octubre dirigiéndose a Toluca, donde permaneció unos días visitando oficinas públicas, iglesias, la cárcel y el Instituto Literario, así como paseando por aldeas cercanas del espléndido valle. Lo más importante de la visita fueron algunos nombramientos que escandalizaron a liberales y conservadores: Pascual González, que había sido gobernador liberal, quedó como prefecto imperial de la comarca, sucediendo así a Santiago Cuevas; y el constituyente, también liberal, Prisciliano Díaz González fue puesto al frente del municipio toluqueño.
Hasta marzo de 1865 el Imperio de Maximiliano conservó en general la misma división política que tenía la República, bien que los estados dejaron de serlo para convertirse en departamentos.
Mas luego se redistribuyeron las 22 entidades existentes en 50 con carácter centralista. Del territorio de nuestro estado se formaron total o parcialmente los departamentos del Valle de México, Tulancingo, Tula, Toluca, Puebla, Guerrero e Iturbide (actual Morelos).