LA GUERRILLA REPUBLICANA FUE EN AUMENTO hasta conformar ejércitos capaces de vencer a los restos del Imperio. Retirados los franceses, Riva Palacio entró a Toluca en febrero de 1867. Al acabar el mes partió con sus hombres al sitio de Querétaro. Vencido el Imperio se procedió a elecciones: el Estado de México volvió a tener gobernador constitucional a fines de 1867 en la persona de José María Martínez de la Concha.
Para entonces maduraba un doble proceso de desmembración. Desde 1861 se habían iniciado gestiones para buscar la erección del actual estado de Hidalgo. El 30 de enero de 1868 la legislatura del Estado de México se manifestó por partes iguales en favor y en contra de la erección. No obstante, la opinión de Juárez inclinaría definitivamente la balanza, de manera que las formalidades jurídicas pronto se cubrieron y el 16 de enero de 1869 el propio Ejecutivo de la República promulgaba el decreto federal del día anterior por el cual nacía el estado de Hidalgo.
El caso del estado de Morelos, salvo algunas diferencias, tuvo el mismo curso. A fines de 1867 los diputados de la región pidieron la subsistencia del tercer distrito político-militar, a pesar de que ya había terminado la guerra. En abril de 1869 se publicó el nacimiento del estado de Morelos, recortado, como el de Hidalgo, del que dejaba de ser extenso Estado de México. Entre las dos nuevas entidades se perdieron 25 811 kmē. Y seguía pendiente lo del Estado del Valle.
El gobernador Martínez de la Concha estuvo sujeto a fuertes presiones mientras se gestaban las nuevas entidades. Prefirió ausentarse en dos ocasiones, dando lugar a gobernadores provisionales: Cayetano Gómez Pérez y Antonio Zimbrón. Correspondió a éstos reprimir el movimiento que encabezaba, en Chalco, Julio López Chávez en favor del reparto de las haciendas entre los indígenas explotados.