Después de recorrer más de dos mil kilómetros durante año y medio, Guzmán decidió volver al sur y consolidar lo ya sometido, previa fundación de una villa de españoles que le asegurara su hegemonía en lo que hoy es el centro del estado de Sinaloa. Así nació San Miguel de Culiacán el 29 de septiembre de 1531, cerca de donde quedó enclavada después; además, para que le sirviera de apoyo en su camino de regreso al sur fundó Chiametla.
Hacia 1531, Nuño supo que Luis de Castilla venía con instrucciones de Cortés a establecer una población por el rumbo de Xalisco, por lo que dispuso primero su rechazo por la fuerza e inmediatamente después el establecimiento de la villa del Espíritu Santo, en Tepic. También pretendió llamar a este territorio la Mayor España, pero la Corona ordenó que se conociera como Nueva Galicia y que su capital recibiera el nombre de Compostela; Nuño fue ratificado como gobernador.
Posteriormente, en 1532, Guzmán encargó a Juan de Oñate que erigiera un pueblo con el nombre de Guadalajara, su ciudad natal, al norte de la barranca del río Santiago, en plena región cazcana, para ganar así presencia en ella y propiciar la tan buscada comunicación con el golfo de México.
En cuanto regresó Cortés a la Nueva España comenzaron los pleitos con Guzmán por la posesión de Ahuacatlán y Xalisco. Pese a que la primera expedición que pasó por ahí había sido enviada por Cortés, estos parajes acabaron perteneciendo a Nueva Galicia en virtud de que Guzmán estableció una población de españoles y aseguró la impartición de la doctrina cristiana. Además, para ganar propiedades por la costa sur y evitar el avance de Cortés, al comenzar 1533, Guzmán encargó a Juan Fernández de Híjar que fundara por ahí una villa con el nombre de Purificación.
La búsqueda de más riquezas al noroeste de la Nueva Galicia llevó a que Cortés organizara dos expediciones marítimas por el litoral del Pacífico, entre 1532 y 1533. Las dos fracasaron, pero una de ellas, al mando de Diego Hurtado, primo de Cortés, cayó en manos de Guzmán. Un año y medio después, en 1535, Cortés se dirigió en pos de su enemigo pero el enfrentamiento no fue lo violento que se esperaba. Por el contrario, Guzmán dio facilidades a Cortés para que embarcara y recorriera el golfo que hoy lleva su nombre, y éste lo dejó tranquilo en sus dominios neogallegos.
Las exploraciones que dirigió Cortés y las que dispusieron más tarde los virreyes de Nueva España no descubrieron atractivos al norte de Nueva Galicia, lo que ocasionó el aplazamiento de la Colonización del noroeste mexicano por cerca de siglo y medio.
La primera organización regional se sustentó en las cinco villas fundadas por órdenes de Guzmán, pero ninguna de ellas permaneció en el mismo sitio diez años después. La más errante de todas fue Guadalajara. Primero estuvo en Nochistlán, a partir de 1532, donde la encontró Nuño dos años después, durante el viaje que realizó a la costa de golfo y, ante precario de su situación, autorizó su mudanza hacia el sur. Pero cuando retornó en 1535, contrariado porque no era ya gobernador de la provincia del Pánuco, se halló además con que Guadalajara se había asentado en Tonalá, siendo que este pueblo lo había preservado para su beneficio personal. En consecuencia, los pobladores de la villa fueron obligados a cruzar la barranca de nuevo y se establecieron en sus inmediaciones, cerca de Tlacotán. Ahí permaneció Guadalajara más tiempo, hasta que en 1542 se asentó definitivamente en el valle de Atemajac.
Era tal el interés de los españoles por tener un poblado en la región cazcana que, en 1539, sin importar su fragilidad, el rey concedió a Guadalajara escudo de armas y rango de ciudad, con todas sus prerrogativas.
Al finalizar 1536, Nuño de Guzmán había dejado a Cristóbal de Oñate interinamente en su lugar, para viajar a España con el fin de mejorar la opinión que de él tenía el monarca. Pero antes de cruzar el Atlántico fue encarcelado más de un año en la ciudad de México. Nuño no volvió, pues el rey lo reincorporó a su escolta personal, de donde había salido para su aventura americana.
El cargo de gobernador lo ocupó Diego Pérez de la Torre, quien se estableció en Tonalá, pero murió en 1538 a consecuencia de las heridas causadas por indígenas de Hostotipaquillo, encabezados por Coaxícar, cuando trataba de someterlos. El mando volvió provisionalmente a manos de Oñate.
La muerte del gobernador fue uno de los primeros episodios sangrientos de la devastadora rebelión de los indios que llegó a su punto culminante en 1541, al grado que el propio virrey Antonio de Mendoza en persona se viera obligado a intervenir. La dureza del régimen de vida impuesto a los indios fue la causa principal de la sublevación. A pesar de que las fuerzas de Oñate menguaban y los rebeldes daban trazas de ser más fuertes cada vez y la rebelión amenazaba con brotar hasta en regiones apartadas, como Tlaxcala, las autoridades de México subestimaron el alzamiento. No fue sino hasta que murió Pedro de Alvarado, como consecuencia de su fracaso en Nochistlán frente a los rebeldes de Tenamaxtli, al mediar 1541, cuando el virrey Antonio de Mendoza decidió atender los llamados del gobernador Oñate y partió de la ciudad de México rumbo a la Nueva Galicia con un contingente gigantesco. Entre tanto, el 28 de septiembre, Guadalajara estuvo cerca de ser arrasada por completo. Se dijo que de no ser la oportuna y violenta irrupción de San Miguel, quien se convirtió entonces en patrono de los tapatíos, su población hubiera sido arrasada por completo.
A su paso, el ejército de Mendoza destruyó pueblos enteros como Acatic y Tototlán. En octubre de 1541, acompañado de Oñate, se dirigió a uno de los puntos neurálgicos de la rebelión: el peñón de Nochistlán, y luego al escarpado cerro del Miztón, en pos de los rebeldes que ahí buscaron refugio, dándoles el golpe de gracia el 16 de diciembre de 1541.
Pero los indios no fueron exterminados ni la insurrección aniquilada por completo. Sobrevivientes de la masacre se retiraron a montes y cañadas donde los españoles no se atrevieran a continuar la lucha. Años después de concluida esta guerra del Miztón, las correrías de los cazcanes seguían presentándose esporádicamente.
A raíz de estos acontecimientos, el 14 de febrero de 1542 Guadalajara se estableció
definitivamente en la ribera poniente del río bautizado como San Juan de Dios,
en el valle de Atemajac, al sur de la barranca.
