La Nueva Galicia quedó sujeta a partir de entonces a la autoridad militar del virrey de la Nueva España y a un rígido control hacendario por parte de éste y de las autoridades españolas, las cuales enviaron, en 1544, un visitador para que hiciese un análisis de la situación. Fue él quien planteó la necesidad de erigir un obispado y establecer una Real Audiencia, sugerencia que no tardó en ser escuchada.
En 1547, Pedro Gómez Maraver, primer obispo efectivo de Nueva Galicia, llegó a Compostela, asentamiento oficial de la mitra, aunque se volvió de inmediato a Guadalajara debido a lo inhóspito de aquel lugar. Cuatro años después lo sorprendió la muerte en España, cuando hacía gestiones para cambiar su sede episcopal de Compostela a Guadalajara.
Por su parte, la Real Audiencia de Nueva Galicia comenzó a tomar forma en 1547 cuando fueron nombrados sus cuatro primeros oidores. Al principio tendrían que remitirse a la Audiencia de México los asuntos mayores de 300 pesos o que pudieran implicar la pena capital, mas no tardó en ganar completa autonomía.
Los oidores de la audiencia neogallega también ejercían el cargo de alcaldes mayores, destacando la enérgica acción en contra de los abusos de los encomenderos que emprendió Lorenzo Lebrón de Quiñones, quien gozaba de la protección de don Luis de Velasco, a la sazón virrey de la Nueva España.
Las actividades económicas más importantes de esta zona fueron pronto la agricultura y la ganadería, tareas a las que se dedicaban los españoles en sus tierras de origen: Andalucía, Extremadura y las dos Castillas, principalmente.
La mano de obra indígena fue la base de toda la actividad productiva, en tanto que los españoles consideraban generalmente el trabajo manual denigrante para su hidalguía. Los encomenderos y propietarios, por otro lado, no podían aspirar a ser altos empleados de la Corona, ya que éstos se nombraban en España y solían abusar de sus amplias facultades, motivo por el cual eran mal vistos por quienes aquí residían.
El trabajo excesivo, los malos tratos, la pésima alimentación y las nuevas enfermedades fueron el azote de los indígenas durante la colonización. Se calcula que entre 1550 y 1650 su población se redujo en 90% aproximadamente, de modo que llegó incluso a temerse su completa extinción, como había sucedido en las Antillas. Debido a esto, se incrementó la compra de negros, quienes se sumaron al mestizaje regional y llegaron a desempeñar un papel de cierta importancia en Nueva Galicia durante el siglo XVII.
A fines de 1560, Guadalajara se convirtió en capital, luego de autorizarse el establecimiento en ella de las primeras autoridades civiles y eclesiásticas. Mas no por ello ganó armonía, pues de inmediato se produjeron sonados pleitos entre el obispo Pedro de Ayala y la audiencia, los cuales terminaron con la expulsión del impetuoso prelado. Tras su muerte, ocurrida en 1571, uno de sus antiguos enemigos, Francisco Gómez de Mendiola, funcionario de la Real Audiencia, fue nombrado su sucesor.
También abundaron en el siglo XVII las disputas entre la audiencia
y el ayuntamiento. Este último se quejaba de que la primera interfería en sus
asuntos y hasta pugnó por su desaparición. Dependientes de la audiencia eran
las Cajas Reales de Zacatecas y Guadalajara: la primera instituida en 1552,
a raíz de las ricas vetas de plata descubiertas en las cercanías de la Bufa.
Sin embargo, su ubicación geográfica y las instrucciones del virrey provocaron
que, desde principios del siglo XVII, el manejo directo de estos
caudales se hiciese en México.
