Además de monopolizar la educación y perseguir a los herejes, la Iglesia se hizo cargo de los hospitales. El primero de ellos fue creado en 1557, con el fin de atender exclusivamente a españoles, el cual se sostuvo hasta 1604 gracias a la buena voluntad de unos cuantos vecinos. Después de esta fecha los juaninos se hicieron cargo de él y se empezó a conocer como San Juan de Dios. Otra institución de salud tapatía fue el hospital de San Miguel, fundado en 1588, con el patrocinio del cabildo eclesiástico. En Zacatecas, en 1608, comenzó a funcionar un hospital manejado también por los juaninos que se conoció con el nombre de Veracruz.
Salvo una revuelta de los indios tepehuanes ocurrida a mediados del siglo XVII,
el indígena no creó mayores problemas a los españoles durante la centuria y
fue incorporándose paulatinamente a la vida impuesta por los colonizadores.
Pero en este ambiente de aparente tranquilidad, no dejó de haber algunos escándalos
muy notorios por la conducta de altos funcionarios. Destaca entre ellos la disputa
del obispo Juan Ruiz Colmenero y el Cabildo Eclesiástico, alrededor de 1650,
por la administración de los diezmos. Pero las controversias más sonadas del
siglo XVII fueron protagonizadas por el obispo Juan de Santiago
de León Garabito, quien gobernó la diócesis de 1678 a 1695. Extravagante y ostentoso,
dicho prelado sancionó severamente a quien hacía lo mismo que él, profiriendo
amenazas de excomunión por doquier. Vale decir que rara vez perdió un pleito
gracias al respaldo irrestricto que tenía de las autoridades peninsulares. Garabito
también fue quien promovió el culto a las imágenes de la Virgen de Zapopan y
de San Juan de los Lagos, con lo que respondió a una necesidad popular.
