Los primeros hallazgos mineros se hicieron hacia 1543 cerca de Compostela y, posteriormente, algunos más entre Guachinango e Ixtlán, pero los yacimientos más importantes fueron descubiertos a partir de 1546 en el cerro de la Bufa, Zacatecas.
Sorteando toda clase de ataques de indígenas que estuvieron a punto de hacerlos desistir, los españoles localizaron en 1548 vetas muy ricas en este lugar y en 1552 empezó a utilizarse el sistema de patio que remplazaba con mucha ventaja al tradicional de fundición. De esta manera, muy pronto creció el número de españoles que consolidaron la nueva población. Como la mayoría procedía de la ciudad de México y estaba relacionada estrechamente con ricos comerciantes de allá, los minerales extraídos se enviaban a la capital del virreinato. Para tratar de evitarlo, desde 1549 la Audiencia de Compostela nombró un alcalde mayor; sin embargo, sus empeños por recabar los impuestos que le correspondían fueron del todo vanos.
Los descubrimientos mineros en Zacatecas hicieron evidente la preponderancia de esta localidad sobre Compostela. Teniendo en cuenta además lo precario de las comunicaciones y el alto costo de transportación de los metales, los ricos tapatíos prefirieron invertir en el comercio, la agricultura y la ganadería. Zacatecas, en cambio, recibió un fuerte impulso con la creación en 1592 del Consulado de Comerciantes de la Ciudad de México, el cual invirtió grandes sumas en la minería. Esto contribuyó a que se buscara la autonomía zacatecana del resto de Nueva Galicia.
A pesar de la cuantiosa inversión y de contar con abundantes víveres y animales, Zacatecas tuvo que afrontar con frecuencia la falta de mano de obra. Aunque se trajeron esclavos negros para suplir a los indios, éstos no tuvieron el ingenio, ni la habilidad y la resistencia física de los naturales, quienes bajaban a las mayores profundidades sin amedrentarse por el frío o la humedad. Su salario, que oscilaba entre cinco y ocho pesos mensuales, representaba un gasto menor para el español, mientras que, además de su manutención, por cada negro llegó a pagarse entre los 274 y 311 pesos en 1656 y 1685.
A los indígenas, después de completar el tequio —cantidad mínima de mineral que debía extraerse en un día—, se les dejaba practicar la pepena en beneficio propio. Gracias a ello se descubrían nuevas vetas de mineral y se detectaba oportunamente su agotamiento. Pero cuando esto último ocurría era difícil retenerlos, a menos de que se hubiesen endeudado. Fue tal el abuso en este sentido que, en 1595, el virrey dispuso que no se pudieran adelantar más de ocho meses.
En menos de medio siglo Zacatecas se convirtió en la tercera ciudad en tamaño de toda la América septentrional, después de México y Puebla. Pronto se hicieron en ella cómodas casas, magníficos templos y sólidos edificios. Asimismo, las grandes inversiones en el comercio coadyuvaron a que la comarca fuera poblándose a pesar de su aridez.
La minería requería mercurio para su explotación, pero en virtud de su permanente
escasez, la Real Hacienda, que tenía Casas Reales en Guadalajara y Zacatecas,
ejerció sobre su distribución un control muy estricto mediante los llamados
"depósitos" o el sistema de consumido. El primero consistía en un préstamo considerable
de este metal, cuyo pago cubría el minero con un porcentaje de la plata que
refinaba. El sistema de "consumido" obligaba al minero a pagar en plata la cantidad
que se le había entregado.
