Aunque hubo varias expediciones a California durante los siglos XVI y XVII, hasta 1683 no lograron formalizarse los primeros asentamientos de europeos, encabezados por los jesuitas Eusebio Kino, Juan María de Salvatierra y Juan de Ugarte, así como por navegantes guiados por Isidro Atondo y Antillón. Kino pasó luego a la Pimería Alta y, después de remontarse hasta la desembocadura del río Colorado, estableció con certeza que California era península y no isla.
Entre tanto, enclavado en lo abrupto de la Sierra Madre, El Nayar constituía el único reducto que todavía quedaba fuera de la dominación por la ruta del Pacífico. La relación de los coras y huicholes que la poblaban con los blancos era apenas de un escaso intercambio de algunos productos por sal, algodón y mezcal, en tanto que fracasaban por completo los intentos de someterlos que se hicieron durante el segundo cuarto del siglo XVII, en 1701 y los que promovió la audiencia en 1704. Mas el repunte demográfico tanto de indios como de blancos, que comenzó al finalizar el siglo XVII, acabó por hacer más atractiva y posible la conquista de dichas tierras.
En 1709 se obtuvo permiso para que la Audiencia de Guadalajara llevase a cabo la empresa, encargándosela al franciscano Margil de Jesús, quien aceptó a condición de que no lo acompañara gente armada y de que, una vez conquistada la región, vivieran allí solamente indios. No obstante, fray Margil no alcanzó el éxito que tiempo atrás había obtenido en Huejuquilla: después de pasar por Guainamota, en un punto denominado La Puerta, él y su comitiva fueron parados en seco por los belicosos coras. De regreso, fray Margil envió al virrey y a la Real Audiencia sendas cartas asegurando que únicamente con las armas podrían someterse los indios.
En 1716, una nueva expedición alcanzó algunos resultados favorables al conseguir que el tonati Huestácatl accediera a que se convirtiera al cristianismo cuanto súbdito suyo así lo deseara. Al parecer, los bloqueos impuestos a los indios para tener acceso a la sal daban sus resultados. Gracias a las gestiones de Juan de la Torre, un capitán de Jerez que tenía buenas relaciones con los coras, un grupo de indígenas encabezados por Huestácatl viajó a la ciudad de México en 1721 para entrevistarse con el virrey, quien decidió amparar a los coras, reconoció a su jefe y sus fueros, los exentó del pago de tributos y les permitió el libre acceso a Acaponeta y Mezcaltitán, entre otras cosas. Los indios, a cambio, manifestaron acatar la autoridad del rey y convertirse al cristianismo por intermedio de los jesuitas. Pero los ancianos coras se volvieron en contra de Huestácatl por haber hecho demasiadas concesiones y éste prefirió volver a la sierra sin detenerse en Zacatecas y bautizarse, tal como lo había prometido.
Los españoles decidieron entonces actuar con toda la fuerza y, a fines de 1721,
Juan de la Torre y Juan Flores emprendieron una lucha a sangre y fuego contra
los nayaritas hasta lograr vencerlos a principios del año siguiente. La tierra
conquistada llevaría de momento el nombre de Nuevo Reino de Toledo y dependería
políticamente del virrey, en virtud de que éste había patrocinado la empresa
y, en lo judicial, de la Audiencia de Guadalajara.
