Con este nuevo sistema administrativo, las antiguas alcaldías mayores y corregimientos se convirtieron en partidos, a cargo de un subdelegado designado por el intendente, quien era generalmente de origen peninsular, mientras los subdelegados fueron casi siempre criollos prominentes.
La intendencia de Guadalajara nació con 26 partidos y Colima se le incorporó en 1795, pero hacia 1801 Aguascalientes y Juchipila pasaron a Zacatecas. A cambio, el antiguo Gobierno de las Fronteras de San Luis de Colotlán se anexó a Guadalajara convertido en el partido de Bolaños, aunque el subdelegado residió siempre en Colotlán.
Después de permanecer igual por más de 150 años en 1777 la mitra tapatía perdió control de una vasta zona, con la que se creó la diócesis de Linares, pero fue compensada en 1795 con Zapotlán, Tuxpan, Colima y parte del territorio parroquial de La Barca, que habían dependido de la michoacana. En términos generales, puede decirse que el clero de Guadalajara había ganado en importancia pues encabezarlo era ya considerado una digna culminación de la carrera eclesiástica. Así lo muestra el que ahora todos los obispos de la diócesis murieran gobernando, a diferencia de tiempos idos, cuando eran más jóvenes y, con frecuencia, trasladados a otro sitio después de un cierto tiempo y de haber hecho suficientes méritos.
Al comenzar el siglo XVIII ya se observaba un importante repunte demográfico; no obstante, los caminos entre pueblos y ciudades no mejoraban. Solamente el que llevaba a los Pueblos de Ávalos guardaba condiciones aceptables, pero rutas accidentadas como las de Tepic y Zacatecas seguían en pésimo estado.
Para el cruce de ríos se recurría habitualmente al uso de canoas, cuyos derechos y cobros detentaban los españoles en puntos como La Barca, Ocotlán, San Cristóbal de la Barranca y Tololotlán. En este último punto hubo varios intentos de construir un puente, pero no cristalizaron sino hasta 1720, gracias al empeño del cura y las autoridades de Zapotlanejo, acortándose con ello de manera muy considerable el camino para llegar a Guadalajara.
El siglo XVIII se reconoce como de gran prosperidad, aunque ésta sólo sirvió para enriquecer aún más a los españoles y criollos poderosos, en perjuicio de los indios, cuyo peligro de extinguirse se había superado.
El incremento acusado de la población sin que aumentara el trabajo y la producción significó indigencia y desempleo, con el consecuente bandidaje; ello obligó al reclutamiento de gente sin adiestramiento militar para formar cuerpos de vigilancia y represión. Aparte de cerca de tres mil soldados ubicados en presidios y ciertos puntos clave, durante muchos años no hubo soldados regulares en Nueva Galicia, hasta que La Habana cayó en manos de los ingleses en 1761 y se temió que pudiesen llegar a las costas de México. Se recurrió entonces a la leva y, en 1764, salieron de Guadalajara los primeros reclutas a engrosar las filas del ejército virreinal.
Otros azotes que sufrió la región entre 1735 y 1747 fueron dos epidemias que causaron gran mortandad entre los indios. Las sequías también ocasionaron serios problemas en 1784 conocido como el "año del hambre", debido a la enorme escasez de maíz que sobrevino con las consecuentes enfermedades y muertes.
A causa de esas circunstancias, el obispo Antonio Alcalde decidió construir un hospital más amplio y funcional que el antiguo y ya deficiente nosocomio de San Miguel. Las obras se iniciaron en marzo de 1787 con dinero del propio prelado y en 1793 ya se encontraba funcionando a cargo de los betlemitas. No obstante, en 1795, acusados de malversar los fondos los religiosos se vieron obligados a retirarse hasta de la ciudad.
Otra institución de supuesta ayuda pública fue la Casa de Recogidas de Guadalajara, que funcionó desde 1748 para recluir mujeres de conducta "ligera". Este organismo clausuró sus puertas en los albores del siglo XIX, por los escándalos que involucraron a jerarcas de la Iglesia que se aprovechaban de las retenidas.
La obra cumbre de la beneficencia colonial fue la llamada Casa de la Misericordia,
conocida después como Hospicio Cabañas, ya que su promotor principal fue el
obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas y Crespo, quien decidió aprovechar parte de
las crecidas rentas mitrales para emprender su construcción. Se inició esta
gran tarea en 1803 sobre un proyecto elaborado en buena medida por Manuel Tolsá
y dirigido por José Gutiérrez. Sin haberse terminado, el 1 de febrero de 1810
empezó a trabajar la institución, pero fue cerrada ese mismo año a causa de
la insurgencia.
