En 1808, cuando las autoridades de la intendencia de Guadalajara se aprestaban a celebrar la entronización de Fernando VII, fueron sorprendidas con la noticia de que en Bayona el nuevo monarca había abdicado en favor de su padre Carlos IV y éste en Napoleón Bonaparte. De cualquier manera, después de sostener pláticas con el intendente y el presidente de la audiencia, el ayuntamiento decidió jurar fidelidad a Fernando VII.
Posteriormente llegó la invitación del virrey y del Ayuntamiento de México para reunir representantes de todos los cabildos de la Nueva España, a efecto de instalar un gobierno provisional que supliera al rey en su ausencia, mas los funcionarios tapatíos prefirieron reconocer en un primer momento a la Junta de Sevilla como la primera autoridad española; después se desdijeron en virtud de las posturas liberales adoptadas por dicha junta.
Debido a que el Ayuntamiento de México se empeñó en realizar su reunión, los ricos comerciantes de aquella ciudad encarcelaron a los miembros del cabildo, depusieron al virrey y dejaron en su lugar a un viejo militar de su confianza. Mientras tanto, crecía el rumor de que Napoleón se apoderaría de América, dando pie a que los criollos y peninsulares tapatíos hiciesen alardes de fidelidad y disposición de hacer entrega de cuanto fuese necesario para defender "la religión, el rey y la patria".
En abril de 1809, las autoridades tapatías juraron obediencia a la Suprema Junta Gubernativa de España e Indias, y nombraron al obispo Cabañas como su representante en ella. Pero la ocupación del suelo español por los invasores franceses hizo que Cabañas se abstuviera de viajar a España. En septiembre de 1810, el canónigo José Simeón de Uría fue electo diputado a las Cortes por la intendencia de Guadalajara. Él sí emprendió el viaje y a su paso por Querétaro tuvo noticia del levantamiento del cura Miguel Hidalgo en Dolores, de lo que avisó de inmediato a la capital de Jalisco. A pesar de los esfuerzos por mantenerlo en secreto, antes de finalizar el mes de septiembre el Grito de Dolores había ya encontrado eco. Para estas fechas, dos grupos de insurrectos hicieron su aparición en el horizonte de los tapatíos: uno con Toribio Huidobro, que se desplazaría entre Jalostotitlán, Arandas y Atotonilco para enfrentar las tropas fieles al rey cerca de La Barca; y otro por Sahuayo, Tizapán el Alto, Atoyac y Zacoalco, capitaneado por José Antonio Torres, un próspero hacendado del Bajío, conocido como "El Amo".
Se procedió entonces a exhortar a la unidad y obediencia y a organizar la defensa de Guadalajara armando un contingente con mozos y campesinos respaldados por soldados regulares provenientes de Colima, El Nayar y la zona norte. Por su parte, el obispo Cabañas creó un regimiento con sacerdotes y personas devotas, mientras lanzaba encendidas condenas a los insurgentes. Mas tales esfuerzos resultaron vanos y el 6 de noviembre los rebeldes salieron victoriosos tanto en La Barca como en Zacoalco, lo que dejó franco el camino a Guadalajara. Esto provocó que el prelado y un buen número de vecinos pudientes marcharan a San Blas en busca de refugio.
El 11 de noviembre de 1810, después de ofrecer toda suerte de garantías a sus pobladores, Torres entró en Guadalajara con su ejército compuesto de campesinos y gente pobre, causando sorpresa por su disciplinado comportamiento y austeridad. Más tarde se sumaron los vencedores de La Barca y como consecuencia se produjeron numerosos levantamientos en la región. Sobresale entre ellos el de José María Mercado y Juan José Zea, cura y subdelegado de Ahualulco, respectivamente, quienes lograron apoderarse del puerto de San Blas el 1 de diciembre de 1810.
Torres informó de inmediato a Hidalgo de sus logros y lo invitó a instalarse
en Guadalajara, pues éste no había sido bien acogido en Valladolid después de
su retirada de las inmediaciones de México y de su derrota en Aculco a manos
de Félix María Calleja. Al frente de casi siete mil jinetes, el párroco de Dolores
llegó a la capital neogallega el 26 de noviembre de 1810, donde se le ofreció
una apoteósica recepción.
