Desde Guadalajara, Hidalgo se dio a la tarea de reorganizar el movimiento y establecer claramente sus propósitos. Por un lado, designó a Ignacio López Rayón como secretario de Estado y del Despacho, y a José María Chico, de Gracia y Justicia. Por otro, el 29 de noviembre expidió un primer decreto a toda la nación aboliendo la esclavitud y, a la siguiente semana, promulgó un dictamen más preciso que firmaría con López Rayón. Para sostener la guerra impuso el cobro del 2% sobre el precio de las mercancías nacionales y del 3% sobre las importadas, en tanto que suprimió el uso de papel sellado y los estancos de pólvora, naipes y colorantes para telas. Asimismo, aprovechó que hubiese una imprenta en la ciudad y encargó al cura Francisco Severo Maldonado la publicación del periódico El Despertador Americano.
Hidalgo pretendió hacer desde Guadalajara los primeros contactos con Estados Unidos, enviando a ese país a Pascasio Ortiz Letona en calidad de embajador, pero éste cayó en manos del enemigo y no llegó a su destino. Igualmente, comisionó a varios simpatizantes para levantar en armas regiones tales como las provincias internas de Sonora, Sinaloa, Chihuahua y otras más, quienes tuvieron mayor éxito en su empresa.
Con el objeto de sofocar el movimiento, Félix María Calleja y José de la Cruz marcharon hacia Guadalajara con lo mejor del ejército del virreinato. Hidalgo salió a enfrentarlos con cerca de 80 mil hombres mal armados y peor organizados, entre quienes se contaban unos siete mil indios de Colotlán que sólo manejaban flecha y honda. La batalla tuvo lugar el 17 de enero de 1811 cerca de Zapotlanejo, en un lugar conocido como Puente de Calderón, con la total derrota de los insurgentes.
Los principales caudillos escaparon hacia el norte con una pequeña escolta, pero fueron apresados y fusilados. Calleja y De la Cruz, entre tanto, se apoderaron de Guadalajara dispuestos a borrar cualquier vestigio de rebelión. Calleja reinstaló en sus puestos a los tres miembros de la audiencia que no habían huido a San Blas, dictó varias órdenes, ignoró al intendente Abarca y perdonó a Severo Maldonado, con la condición de que editara un nuevo periódico en favor del gobierno.
Antes de partir, Calleja ordenó a De la Cruz recuperar San Blas y castigar a Mercado y a su gente. La noche del 31 de enero Mercado murió en forma accidental y los demás jefes fueron ejecutados después. A su regreso a Guadalajara, De la Cruz se enteró de su designación para quedar al frente del gobierno de la intendencia, pero no le resultó fácil someter a los otros rebeldes y los combates continuaron por casi toda la comarca, aunque sí logró que los grupos fuesen reduciéndose. La Iglesia arremetió con toda su fuerza contra los insurgentes, amenazándolos de excomunión y anatematizando el movimiento. Igual actitud tomaron los dirigentes de las instituciones educativas como la universidad y los seminarios Tridentino y Clerical.
En el norte, José Ángel Calvillo, cura de Colotlán, continuó causando dolores de cabeza. El 23 de marzo de 1811 venció a un contingente realista cerca de su parroquia, pero al año siguiente, después de fracasar en su intento de tomar Aguascalientes, se dice que fue hecho prisionero y fusilado, aunque también se afirma que se remontó a la sierra con los indios y ahí se quedó.
Quien más problemas causó con sus correrías en el sur fue Gordiano Guzmán. Para rechazar sus embates se recurrió a la formación de "tropas patrióticas" en las haciendas, pero los resultados alcanzados fueron muy pobres.
Al finalizar 1812, a causa del despojo y la agresión sufridos, varios pueblos indígenas de la ribera de Chapala se levantaron en armas. Su jefe, Encarnación Rosas, armó un grupo con hondas y piedras que repetidas veces enfrentó y derrotó a los soldados de la intendencia. Junto con el cura de Ocotlán, Marcos Castellanos, se refugiaron en la isla de Mezcala, donde padecieron lo indecible hasta noviembre de 1816, cuando De la Cruz accedió a reintegrar las tierras, repartir yuntas y exentarlos de tributos.
Otro grupo rebelde encabezado por Pedro Moreno se había fortificado desde 1814
en el cerro del Sombrero, cercano a Santa María de los Lagos. En junio de 1816
se le sumó con una pequeña tropa el republicano español Francisco Javier Mina,
quien había optado por luchar en México contra el despotismo de Fernando VII.
Para someterlos, el obispo de Guadalajara y su intendente patrocinaron un ejército
al mando de Pascual Liñán. Éste prefirió sitiar el cerro y obligar a sus defensores
a salir cuando carecieran de víveres y agua. Finalmente, Moreno murió en combate
y Mina fue fusilado.
