Mientras sus colonias buscaban emanciparse a partir de 1810, España tuvo que luchar por sacar a los franceses de su propio territorio, en tanto que instalaban en Cádiz las Cortes que promulgaron una constitución liberal en 1812. Entre otras cosas, la nueva ley disponía que en lugar de las intendencias se establecieran provincias gobernadas por diputaciones formadas por individuos residentes en el propio territorio, ordenaba la creación de ayuntamientos de elección popular en localidades con más de mil habitantes y garantizaba la libertad de imprenta.
La provincia de Guadalajara abarcaba en un principio también a la intendencia de Zacatecas, de manera que al establecerse su diputación, el 20 de septiembre de 1813, quedó constituida por cuatro miembros tapatíos y tres zacatecanos. Un nuevo ayuntamiento se instaló en Guadalajara el 15 de junio y de ahí se prosiguió a hacer lo mismo con poblaciones de más de mil habitantes.
El gusto de los americanos por las disposiciones de la carta gaditana y el deseado retorno de Fernando VII a España en mayo de 1814 resultó efímero; cuando se preparaban los festejos se supo que Fernando había desconocido la Constitución de 1812 y dispuesto la reinstalación de las autoridades municipales anteriores a 1808.
En Guadalajara la medida fue muy bien vista por José de la Cruz, quien tuvo pésimas relaciones con la Diputación Provincial, si bien no ocurrió lo mismo con el obispo y todo el alto clero, pues quedaron nuevamente sometidos a la voluntad del rey y del virrey; además, resultaron lesionadas también las oligarquías y los grupos medios regionales al perder la injerencia en la administración de sus particularidades que habían alcanzado.
Después de 1814, la vida neogallega volvió a una aparente normalidad con la ayuda de un repunte económico derivado de la descarga en San Blas de barcos procedentes de Filipinas y otros lugares del Pacífico, en virtud de que José María Morelos y Pavón dominaba el camino entre Acapulco y la ciudad de México. Fueron cuantiosos los beneficios que este tráfico brindó a los comerciantes de Guadalajara y Tepic. Tanto que a esta localidad le fue concedida la categoría de ciudad en 1814, además de autorizarle la celebración de una feria comercial anual, donde se exentaría del cobro de impuestos.
La inseguridad rural propiciada por insurgentes y simples bandoleros hizo que mucha gente de diferentes estratos sociales se concentrara en Guadalajara. Así, en 1814, la capital tapatía alcanzó los 60 mil habitantes, a cambio de los 30 mil o 35 mil que había al despuntar el siglo XIX.
El 20 de mayo de 1811 se había cumplido también el antiguo anhelo de comerciantes y mineros de que hubiera una Casa de Moneda en Guadalajara; pero su existencia fue corta, pues el virrey Calleja se aprovechó de algunas irregularidades en la acuñación para pedir su clausura. Fue reabierta en 1816, y en 1818 cerró nuevamente sus puertas.
Tras la decadencia del movimiento de Morelos y su captura y muerte ocurrida en 1815, el puerto de Acapulco entró de nuevo en funciones y el comercio legal neogallego comenzó a declinar, encarecido por el flete terrestre y la interferencia de la ciudad de México. Esto dio lugar a una creciente inconformidad entre los criollos de Guadalajara.
A finales de la década la Nueva España fue sacudida con la noticia de que el
coronel Rafael Riego se había sublevado en España y de que Fernando VII se había
visto obligado a restablecer la Constitución de 1812; pero entre las autoridades
de Guadalajara privó la cautela y se negaron a jurar la carta gaditana hasta
que llegara la correspondiente orden virreinal, a principios de junio de 1820.
Con esta disposición la intendencia volvió a convertirse en provincia.
