A la luz de estos acontecimientos, desde 1846 habían comenzado a formarse en Jalisco algunos grupos de egresados de las aulas laicas deseosos de participar directamente en la tarea pública. Entre ellos, que se leían tanto sus creaciones literarias como sus análisis de lo que acontecía, se encontraban figuras que después habrían de sobresalir, como fue el caso de Emeterio Robles Gil, Ignacio Luis Vallarta, Miguel Contreras Medellín, José María Vigil, entre algunos. Ellos fundaron una Junta Popular de Jóvenes que, en 1849, organizó una sociedad literaria denominada La Esperanza; a pesar de su corta vida, fue considerada después por José María Vigil, uno de sus miembros, "el punto de partida en que la juventud jalisciense combinó sus esfuerzos para marchar por la senda que le abriría los caminos literarios". Un año más tarde, con el auspicio del gobernador López Portillo se formó otra de mayor proyección llamada La Falange de Estudios, que en 1852 editaría la primera revista literaria de Jalisco, con artículos de los mejores autores de ese momento, sin importar su filiación política. Se llamó El Ensayo Literario.
Entre 1848 y 1852, la administración de Jalisco volvió a ser ocupada por personas nacidas en el estado, mas no por ello hubo concordia, pues dos bandos liberales acabaron siendo antagónicos. El radical tenía como líderes a Gregorio Dávila, Juan N. Cumplido y Jesús Camarena, mientras que los moderados eran comandados por Jesús López Portillo, J. Guadalupe Montenegro y el gobernador Joaquín Angulo, quien fue víctima durante toda su gestión de numerosos embates en la prensa de Guadalajara, pues se decía que su triunfo electoral había sido fraudulento y que el verdadero gobernante era Jesús López Portillo.
Angulo pudo concluir su período (1848-1852) gracias a que cedió algunas posiciones de su gabinete, pero a cambio designó a López Portillo como sucesor. Sólo que la animadversión y la exaltación iban en aumento en virtud de que se decía que las nuevas elecciones también habían sido un fraude. Además, López Portillo se distanció del presidente de la República, Mariano Arista, y entró después en conflicto con el obispo de Guadalajara, al rehusar exentar al clero del pago de impuestos. Por otro lado, su actuación contra el bandidaje fue de una dureza tal que toda la ciudadanía resultó afectada.
El 26 de julio de 1852, de manera sorpresiva, el jefe de la guarnición de Guadalajara, coronel José María Blancarte, se apoderó del Palacio de Gobierno al grito de "muera el traidor Portillo", provocando la huida del gobernador a Lagos. Gregorio Dávila asumió la gubernatura en su lugar.
La indiferencia del presidente Arista facilitó la caída del mandatario de Jalisco, a la vez que promovió que los conservadores comenzaran a procurar el retorno de Santa Anna. En un inicio pretendieron pactar con Dávila, pero ante su negativa se aliaron con el clero, la oligarquía y con Blancarte, en contra del presidente. Finalmente, el 13 de septiembre de 1852 acordaron invitar a Santa Anna para que ocupara de nueva cuenta la silla presidencial.
Debido a la fuerza alcanzada por los santanistas en Jalisco, Dávila se vio obligado a dejar el puesto al coronel Blancarte, en tanto que la jerarquía de la Iglesia y los ricos tapatíos se reunieron en octubre de 1852 para elaborar el llamado Plan del Hospicio, que proponía la conformación de un congreso general que nombrara un nuevo presidente, a la vez que pedía a Santa Anna retornar al país y designaba gobernador a José María Yáñez.
Santa Anna volvió al mando en abril de 1853 con las facultades de un verdadero
dictador. Sobrevino entonces una vuelta a las formas centralistas: el "General
Presidente" se convirtió en "Alteza Serenísima"; su cargo se declaró vitalicio
y con derecho a nombrar sucesor, amén de concedérsele poderes plenos en todos
los ramos. Su representante en Jalisco fue el general José María Ortega, quien
asumió la gubernatura el 16 de julio de 1853. Tantos años de inestabilidad suscitaron
una situación desoladora en la entidad, en gran parte atribuible a los estragos
causados por las luchas civiles.
