Tan pronto asumió el cargo, en 1846, Paredes se empeñó en instaurar una monarquía en México, asegurando que era la única forma de unir y consolidar la nación. Los federalistas de Jalisco y el jefe de la guarnición de Guadalajara, José María Yáñez, se apresuraron a manifestarse abierta y enérgicamente en su contra, en tanto que era depuesto Antonio Escobedo e instalado en su lugar Juan N. Cumplido, el último gobernador federalista en 1834. Para terminar con la insubordinación en la entidad, Paredes envió un grueso contingente, pero éste no alcanzó los resultados esperados. Por otro lado, Mariano Salas aprovechó el desamparo de la capital y se sublevó desde ahí contra el presidente, logrando ocupar su sitio rápidamente. Tras este acontecimiento, el federalismo quedó restablecido en Jalisco y se procedió a conformar una nueva legislatura estatal, compuesta por federalistas aguerridos como J. Guadalupe Montenegro y Gregorio Dávila.
Una de las primeras acciones para consolidar la nueva administración fue la publicación del periódico El Republicano Jalisciense, en el que se subrayaba que durante su primera época el federalismo no había tenido el tiempo suficiente para mostrar sus cualidades, a la vez que se tachaba al centralismo de "oprimir al pueblo".
Pronto el desencanto desplazó a la euforia al tenerse noticia de que soldados de Estados Unidos habían invadido el país, y uno de sus barcos de guerra anclaba frente al puerto de San Blas y lo bloqueaba por completo. De inmediato los jaliscienses se aprestaron a contribuir económicamente para enviar tropas contra los invasores, excepción hecha del clero que se negó a ayudar con otra cosa que no fueran "oraciones al cielo" para calmar la ira divina.
A mediados de 1847 se acordó una alianza militar con los estados de Aguascalientes, México, Querétaro, San Luis Potosí y Zacatecas, cuyo propósito fue rechazar el ataque de los yanquis, en tanto que se promovía hacerles la "guerra total". Pero el 2 de febrero de 1848 se firmó el Tratado de Guadalupe-Hidalgo que puso fin a la guerra y cedió más de la mitad del territorio al vencedor.
La derrota produjo honda consternación entre los jaliscienses, máxime que se temió la posibilidad de ser anexados completamente por los Estados Unidos. Este hecho coadyuvó a fortalecer un sentimiento unitario en la población.
Por otra parte, con la finalidad de solventar la persistente debilidad del
erario, a mediados de septiembre de 1848 el gobierno estatal realizó una amplia
consulta que mostró la preferencia por las contribuciones directas, pero no
se atrevió a aplicar la medida por carecer de estadísticas confiables. Sin embargo,
en febrero de 1849, esta inquietud se llevó hasta el Congreso Federal, pidiendo
que los impuestos fueran equitativos para todas las entidades de la República,
mas no se alcanzó el objetivo.
