Durante varias décadas se habían hecho diversos intentos para socavar el enorme poder económico del clero, no obstante seguía siendo el mayor latifundista. Los liberales consideraban que era uno de los principales obstáculos para el progreso y la modernización del país, en tanto que buscaban promover el desarrollo y el incremento de pequeños propietarios rurales. Pero este afán de favorecer la pequeña propiedad acabó lesionando también las posesiones comunales de los indígenas, lo que dio lugar a que se crearan numerosos ranchos a su costa. Sin embargo, fueron los ayuntamientos, compuestos por los más adinerados de cada localidad o controlados plenamente por ellos, los que perpetraron los principales despojos a los indios, justificándose por la urgencia de atender el gasto público o haciendo gala de toda suerte de trampas como el uso de escrituras falsas o el reacomodo de los linderos.
Además de ganar tierras para fincar en las inmediaciones de las poblaciones, se perseguía también eliminar al indio como competidor en el comercio agrícola y convertirlo en fuerza de trabajo barata. Hacia 1847, el titular del gobierno estatal, Joaquín Angulo, hizo un primer intento para paliar este mal, disponiendo que los ayuntamientos devolviesen sus tierras a sus antiguos propietarios. Pero la mayoría hizo caso omiso, lo que dio lugar a que los indios invadieran violentamente los predios de los que habían sido despojados. En consecuencia, el gobierno del estado se vio precisado a permitir que los hacendados se armaran y reclutaran mercenarios para rechazar los ataques. La contrarrespuesta no se hizo esperar en algunas partes. Ese año, campesinos de la región del Tuito, encabezados por Ventura Castillón, se sublevaron y causaron serios estragos en la comarca. En ésta y en otras partes fue necesaria una rápida y contundente represión para que volviera la paz.
Otros inconvenientes emanados de las medidas adoptadas fueron el aumento del pillaje y del bandolerismo, nutrido de manera muy notable por indios y mestizos que habían sido privados de sus únicas fuentes de subsistencia. Asimismo, creció sensiblemente el número de desposeídos que se hacinaban en las poblaciones grandes, en pos de limosnas y prestos a respaldar cualquier asonada que implicara saqueo o recompensa.
Como se dijo al ascender los conservadores al gobierno en 1834, lo primero que hicieron fue arremeter contra lo hecho por los liberales anteriormente. Tal fue el caso del Instituto del Estado, que fue suprimido para dar lugar a que se abriera de nuevo la universidad. La enseñanza elemental, por su parte, fue motivo de importantes reformas en Guadalajara por obra de Manuel López Cotilla, a quien el gobernador Escobedo encargó, en 1837, la conducción de la Junta Directiva de Instrucción Primaria.
En cambio, cuando los federalistas volvieron al mando en 1846, la educación pública recibió un nuevo impulso. Así, en septiembre de 1847, el gobernador Angulo dio a conocer su Plan General con la finalidad de incrementar y mejorar la instrucción. Para 1851 había logrado ya que hubiera 112 primarias oficiales en la entidad, 32 de las cuales estaban ubicadas en Guadalajara. Pero con el advenimiento al poder de Santa Anna y posteriormente con la Revolución de Ayutla y la Guerra de Tres Años, la enseñanza sufrió graves daños. De tal manera, en 1860, quedaban en Guadalajara sólo 19 escuelas públicas y, en 1867, al finalizar la guerra contra el imperio de Maximiliano, sólo subsistían once.
De acuerdo con el ánimo industrializador, en 1842 se creó en Guadalajara la Escuela de Artes y Oficios, a efecto de combatir la indigencia y capacitar oficiales en carpintería, herrería y tejeduría, estos últimos requeridos en especial para los muchos telares que funcionaban en la ciudad y sus contornos.
Aunque durante algún tiempo los gobiernos conciliadores de Joaquín Angulo y
Jesús López Portillo mantuvieron funcionando conjuntamente la Universidad y
el Instituto del Estado, en 1853, argumentando penurias económicas, el gobierno
los fusionó. Luego, en 1855, Santos Degollado dispuso un cierre a la Universidad
que resultaría prácticamente decisivo, pues la reapertura de 1860 duró apenas
unos meses.
