El 1 de agosto, con la renuncia del maderista Gutiérrez Allende, De la Barra nombró como gobernador provisional a un partidario suyo, Alberto Robles Gil, plenamente identificado con el recién creado partido Católico. Este partido se sumó al abrumador triunfo electoral de Madero para ser presidente, mas no ganó su candidato a la vicepresidencia, Francisco León de la Barra, sino el tabasqueño José María Pino Suárez.
Al asumir Madero el mando, el gobierno de Jalisco convocó a elecciones municipales para el 5 de noviembre de 1911. El Partido Católico obtuvo una gran mayoría de ayuntamientos, triunfo que refrendó en marzo de 1912, cuando llenó el Congreso local con afiliados. Con tal ventaja, se dio a la tarea de modificar la Ley de Instrucción Pública para dar validez a los estudios particulares sin necesidad de incorporarse a los oficiales. Por otro lado, el arzobispo José de Jesús Ortiz falleció en junio de 1912 y fue inhumado en el interior de la catedral sin que se presentase impedimento alguno. Además, en el mismo mes Madero prohijó que la mitad de los diputados federales por Jalisco fuesen comulgantes con el PCN.
En los comicios para gobernador, celebrados en noviembre de 1912, resultó electo José López Portillo y Rojas, gracias a que su programa coincidía con el Partido Católico. Tomó posesión de su cargo el 23 de octubre de 1912, con facultades extraordinarias y con el ánimo de pacificar la entidad a como diera lugar. En consecuencia, consiguió armas a bajo precio para terratenientes y comerciantes y promovió que éstos formaran sus propias guardias. Pero tuvo poco éxito en su empresa. La agitación más bien aumentaba por causa de la misma represión y porque los cambios promovidos por Madero eran demasiado tibios para circunstancias tan apremiantes. Así, en diciembre de 1912, Huejuquilla fue asaltada por una partida de orozquistas y Cocula fue tomada por simpatizantes de Félix Díaz. Guadalajara, a su vez, se convirtió en escenario de una gran huelga de ferrocarrileros.
La transición a la democracia había sembrado el temor entre los grupos oligárquicos, quienes se sumaron a la campaña orquestada por el embajador de Estados Unidos en contra del gobierno establecido. Su culminación fue el golpe de Estado que acabó entronizando al general Victoriano Huerta en la presidencia en febrero de 1913, tras el asesinato del presidente Madero y del vicepresidente Pino Suárez. En Jalisco, sólo algunas pequeñas muestras de inconformidad produjeron tales acontecimientos, mientras que no faltaron militantes del Partido Católico que apoyaron ostentosamente a los golpistas.
Pero en otras latitudes la asonada huertista provocó un mayor encono. El gobernador de Coahuila, Venustiano Carranza, proclamó el Plan de Guadalupe, que desconocía la usurpación y anunciaba la conformación del Ejército Constitucionalista, del que se proclamó su primer jefe.
Lo que sí despertó gran interés en Guadalajara fue el arribo del nuevo arzobispo
Francisco Orozco y Jiménez, a quien se dio una espectacular bienvenida el 9
de febrero de 1913. El prelado procedía de Chiapas, donde había tenido muchos
problemas a causa de su belicosidad. Su llegada acrecentó la soberbia del Partido
Católico y el desacato a las leyes del culto vigentes. En enero de 1914, a pesar
de la prohibición expresa del propio gobernador López Portillo, se llevó a cabo
una fastuosa marcha religiosa encabezada por el sacerdote. El mandatario lo
acusó de desacato a la autoridad civil, echándose encima al Congreso local y
a todo el Partido Católico Nacional. Finalmente, López Portillo fue llamado
al gabinete de Huerta y dejó al general José María Mier como encargado del poder
ejecutivo, lo que incrementó aún más la influencia de Orozco y Jiménez.
