Ya como presidente de la República, en abril de 1917, Carranza solicitó a cada estado que celebrara elecciones para establecer los poderes. Jalisco fue una de las primeras entidades que cumplió y, después de haber triunfado por un amplio margen en los comicios, Diéguez tomó posesión el 1 de junio de 1917. La Constitución del estado, firmada el 8 de julio siguiente, estableció que el gobernador ejercería el poder por cuatro años, lo mismo que los magistrados del Supremo Tribunal de Justicia, mientras que la Cámara de Diputados sería renovada cada dos.
A escasos 19 días de promulgada la Constitución, desde su exilio en los Estados
Unidos, el episcopado mexicano emitió un comunicado en contra de la Carta por
el menoscabo que se hacía de la libertad religiosa y los derechos de la Iglesia.
Para evitar un conflicto en ese momento, Carranza dejó sin reglamentar los artículos
que más incomodaban al clero. Solamente en Jalisco se acrecentaron las tensiones
debido a la subversión y clandestina presencia del arzobispo Orozco y Jiménez,
quien hacía llamados a su feligresía para desconocer la Constitución y tachaba
de sacrílegos sus preceptos. A tal punto llegaron las cosas, que las autoridades
decidieron, en mayo de 1918, el cierre temporal de algunos templos y pusieron
un límite al número de sacerdotes, quienes, para ejercer, debían estar previamente
registrados en la Secretaría de Gobierno del estado. Finalmente, el arzobispo
fue capturado y expulsado del país en julio de 1918. La suspensión de cultos
continuó hasta el 4 de febrero de 1919, cuando Diéguez fue persuadido por Carranza
a derogar los decretos conflictivos.
